| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1834069 | 142 (0.700) | 8 (0.050) | 5/138 | NT | 6.0% | intergenic (+18/‑96) | osmC/USA300HOU_RS09140 | Peroxiredoxin OsmC/Soluble hydrogenase 42 kDa subunit |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1834086 | 130 (0.740) | intergenic (+35/‑79) | osmC/USA300HOU_RS09140 | Peroxiredoxin OsmC/Soluble hydrogenase 42 kDa subunit | |||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TAATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACTTTTTTAGGCTTTTAAATTTTCAGAAAATTTGCTAAAATAGTGAAATCTTATTTATAGGAGGCA > USA300TCH1516_ALE/1833979‑1834159 | gatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACg < 2:3417989‑M1/11‑1 (MQ=255) atTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGtt > 1:1692220/1‑91 (MQ=255) atTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGtt > 2:1264345/1‑91 (MQ=255) atTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGtt > 1:3181640/1‑91 (MQ=255) atTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGtt < 2:40002/91‑1 (MQ=255) ttGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGttt > 2:1468173/1‑91 (MQ=255) tGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTg < 2:2492441/91‑1 (MQ=255) tGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTg > 2:1732071/1‑91 (MQ=255) tGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCg > 2:3099589/1‑91 (MQ=255) tGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCg < 1:2705235/91‑1 (MQ=255) gATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCGGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGa < 1:3320400/91‑1 (MQ=255) aTTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGAc < 2:732199/91‑1 (MQ=255) tttCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACa < 1:352905/91‑1 (MQ=255) tttCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTCCGACa > 2:3641139/1‑91 (MQ=255) tttCAAATGCTGTAAGAAATAACGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACa < 2:3193706/91‑1 (MQ=255) ttCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACaa > 2:1909923/1‑91 (MQ=255) aaTGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAAtata > 1:1333967/1‑91 (MQ=255) atgcctcctataaataagatttcactattttagcaatttttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAg > 2:3572304‑M1/64‑91 (MQ=255) aTGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGctatattgtcgaacaaa < 2:858493‑M1/91‑18 (MQ=255) aTGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGctatattgtcgaacaaa < 1:1018861‑M1/91‑18 (MQ=255) gcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCg > 1:3793412‑M1/62‑91 (MQ=255) cTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGctatattgtcgaacaaacgt < 1:974143‑M1/91‑21 (MQ=255) 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ctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATc > 1:844453‑M1/57‑91 (MQ=255) ctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATc > 1:3242798‑M1/57‑91 (MQ=255) ataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCAc > 1:2172364‑M1/55‑91 (MQ=255) aataatGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGcgttatcactt > 1:647737‑M2/1‑80 (MQ=255) ataatGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACttt < 2:2774721/91‑1 (MQ=255) ataatGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACttt < 1:2562134/91‑1 (MQ=255) ataatGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACttt < 1:1756639/91‑1 (MQ=255) taatGTGGACATATAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACtttt < 1:3962497/91‑1 (MQ=255) aatGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACttttt < 2:2959659/91‑1 (MQ=255) atGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACtttttt < 2:386795/91‑1 (MQ=255) tgtgGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACTTTTTTa > 1:293562/1‑91 (MQ=255) gtgGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCAAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACTTTTTTAg < 1:3360416/91‑1 (MQ=255) gtagACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACTTTTTTAg < 2:370231/88‑1 (MQ=255) ggACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACTTTTTTAGGc > 2:3361278/1‑91 (MQ=255) ggACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACTTTTTTAGGc > 1:1038423/1‑91 (MQ=255) aCATAAAAACCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACTTTTTTAGGCtt < 1:934833/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |