| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1911750 = | 135 (0.660) | 14 (0.070) | 5/148 | NT | 10.1% | coding (729/825 nt) | USA300TCH1516_01771 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2318662 = | NA (NA) | coding (42/300 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TGATGCAACTTTTATGAGAATGAAGGAAGACCATATGAAAAATGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTCGGTTAT > USA300TCH1516_ALE/1911660‑1911840 | tgaatcattgttaaaaatggaattaaagttctagtatctgttgggttttgaaataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgcta < 1:708855‑M1/1‑1 (MQ=255) gaatcattgttaaaaatggaattaaagttctagtatctgttgggttttgaaataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgctAt > 1:2361162‑M1/90‑91 (MQ=255) gaatcattgttaaaaatggaattaaagttctagtatctgttgggttttgaaataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgctAt > 2:2056343‑M1/90‑91 (MQ=255) aatcattgttaaaaatggaatttaagttctagtatctgttgggttttgagataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgctAtt > 2:3001285‑M1/89‑91 (MQ=255) atcattgttaaaaatggaattaaagttctagtatctgttgggttttgaaataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgctAttt > 1:1032073‑M1/88‑91 (MQ=255) atcattgttaaaaatggaattaaagttctagtatctgttgggttttgaaataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgctAttt < 1:828616‑M1/4‑1 (MQ=255) atcattgttaaaaatggaattaaagttctagtatctgttgggttttgaaataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgctAttt > 1:137649‑M1/88‑91 (MQ=255) atcattgttaaaaatggaagtagagttcgagtatctgttgggttttgaaataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgctAttt > 2:1126443‑M1/88‑91 (MQ=255) tcattgttaaaaatggaattaaagttctagtatctgttgggttttgaaataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgctATTTg > 1:3835597‑M1/87‑91 (MQ=255) tcattgttaaaaatggaattaaagttctagtatctgttgggttttgaaataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgctATTTg > 1:2815321‑M1/87‑91 (MQ=255) tcattgttaaaaatggaattaaagttctagtatctgttgggttttgaaataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgctATTTg > 1:2815306‑M1/87‑91 (MQ=255) cattgttaaaaatggaattaaagttctagtatctgttgggttttgaaataggtcataggataaaacaaattgagaatttgtcgctATTTGt > 2:3615740‑M1/86‑91 (MQ=255) tatGAAAAATGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCg < 2:3413362/91‑1 (MQ=31) atGAAAAATGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGa < 2:1489730/91‑1 (MQ=32) atGAAAAATGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGa < 2:1488064/91‑1 (MQ=32) atGAAAAATGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGa > 2:3160176/1‑91 (MQ=32) atGAAAAATGGCAAACTTAAGCCAGGATCCAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAAACCgc > 1:1683727/1‑90 (MQ=11) tGAAAAATGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGAc > 2:1230179/1‑91 (MQ=33) tGAAAAATGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGAc > 2:3766036/1‑91 (MQ=33) gAAAAATGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACa > 1:3770370/1‑91 (MQ=34) aaaaTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGa < 1:789113/91‑1 (MQ=33) aaaTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTGTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGAt < 2:3045392/91‑1 (MQ=18) aaTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAATCCCGACAGATa > 2:879705/1‑91 (MQ=21) aaTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATa < 2:2638294/91‑1 (MQ=34) aaTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATa < 1:915641/91‑1 (MQ=34) aaTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATa > 1:3514365/1‑91 (MQ=34) aTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATAc > 2:881955/1‑91 (MQ=34) aTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATAc < 1:564997/91‑1 (MQ=34) ggtcAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCGAAACCCGACAGATACTa < 2:1647945/88‑1 (MQ=255) ggCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTa < 2:1138441/91‑1 (MQ=34) ggCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAAACCGACAGATACTa > 2:613056/1‑91 (MQ=18) gCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAg > 1:967771/1‑91 (MQ=34) ccAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGa > 1:501592/1‑91 (MQ=33) ccAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGa > 2:577265/1‑91 (MQ=33) ccAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGa > 1:1468017/1‑91 (MQ=33) ccAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGa > 1:1467175/1‑91 (MQ=33) ccAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATCTCAAAACCCGACAGATACTAGa > 2:1298107/1‑91 (MQ=18) cAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGaa < 1:1880341/91‑1 (MQ=34) aCTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACt > 2:759440/1‑91 (MQ=34) aCTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACATATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACt > 1:3169978/1‑91 (MQ=21) cTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACtt > 1:1930973/1‑91 (MQ=34) cTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACtt < 2:2926179/91‑1 (MQ=33) tAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTa < 1:1615432/91‑1 (MQ=34) aaGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTaa < 1:3271226/91‑1 (MQ=34) aaGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTaa < 2:3088087/91‑1 (MQ=34) aGCCAGGATACAATTTACACATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAAt > 2:3456925/1‑91 (MQ=18) aGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAAt < 1:2576703/91‑1 (MQ=34) aGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAAt > 2:2525886/1‑91 (MQ=34) gCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAAtt < 1:3693939/91‑1 (MQ=34) ccAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTc > 1:1185259/1‑91 (MQ=33) ccAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTATTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTc < 2:3478580/91‑1 (MQ=21) cAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTcc > 2:3329663/1‑91 (MQ=34) ggATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGGTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCAt > 1:3812615/1‑91 (MQ=18) gATACAATTCACAAATAGCTACAAATTCTCAATTTGGTGTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCAtt < 2:504892/91‑1 (MQ=11) tACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCAtttt < 1:382303/91‑1 (MQ=34) tACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCAtttt > 1:2145761/1‑91 (MQ=34) aCAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCAttttt > 1:2446839/1‑91 (MQ=34) cAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTa < 2:3218114/91‑1 (MQ=34) cAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTa < 1:2109401/91‑1 (MQ=34) taaaacaaattgagaatttgtcgctATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAAc < 1:2068925‑M1/66‑1 (MQ=255) aTTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAAc < 1:2025257/91‑1 (MQ=34) aaaacaaattgagaatttgtcgctATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACa < 1:3242510‑M1/67‑1 (MQ=255) tACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAAt > 1:2759388/1‑91 (MQ=34) tACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAAt < 2:2981160/91‑1 (MQ=34) tACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAAt < 1:2267536/91‑1 (MQ=34) acaaattgagaatttgtcgctATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCAACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATg < 1:3630478‑M1/70‑1 (MQ=255) acaaattgagaatttgtcgctATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCAACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATg < 1:237575‑M1/70‑1 (MQ=255) aCAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATg < 1:2602684/91‑1 (MQ=34) cAAATCGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGa < 2:3206179/91‑1 (MQ=21) aaattgagaatttgtcgctATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCAACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGAt < 2:3235921‑M1/72‑1 (MQ=255) aaattgagaatttgtcgctATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCAACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGAt < 2:1258993‑M1/72‑1 (MQ=255) attgagaatttgtcgctATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCAACAGATACTAGAACATTAATCCCATTTTTAACAATGATTc < 1:858273‑M1/74‑1 (MQ=255) aTAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTc > 1:3283114/1‑91 (MQ=34) aTAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTc > 1:1247209/1‑91 (MQ=34) tAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCa < 1:1091556/91‑1 (MQ=34) aGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCaa < 1:1738812/91‑1 (MQ=34) gCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCaaa > 2:2307702/1‑91 (MQ=34) gCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCaaa < 1:954347/91‑1 (MQ=34) gCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCaaa > 2:1475593/1‑91 (MQ=34) gCGACAAAGTCTTGATTTGTTTTATCCTATGACCTAATTCGAATCCCGACATATAGTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGTTTTaaa < 2:2810147/91‑1 (MQ=11) cGACAAAGTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCaaaa < 1:30321/91‑1 (MQ=18) agaatttgtcgctATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCAACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCaaaa < 2:2099770‑M1/78‑1 (MQ=255) gACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGATAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAAAAATGATTCAAAAt > 1:3960719/1‑91 (MQ=255) gACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAAt < 2:2153074/91‑1 (MQ=34) aCAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATa > 2:2028301/1‑91 (MQ=34) cAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATAc < 2:1997266/91‑1 (MQ=34) cAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATAc > 1:1452388/1‑91 (MQ=34) aTTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCtt < 1:766650/91‑1 (MQ=34) ttCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTc > 2:1543210/1‑91 (MQ=34) ttCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTc < 2:344447/91‑1 (MQ=34) tctcAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTCg < 2:2021907/91‑1 (MQ=34) tctcAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTCg < 1:3361956/91‑1 (MQ=34) tctcAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTCg < 2:3724647/91‑1 (MQ=34) ttcAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCGGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTCgg < 2:3911026/90‑1 (MQ=21) tcAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTCGGt < 1:3767615/91‑1 (MQ=33) tcAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTCGGt < 2:604255/91‑1 (MQ=33) tcAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTCGGt > 1:1530806/1‑91 (MQ=34) cAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTCGGtt < 2:976635/91‑1 (MQ=34) ATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAATAATGATTCAAAATACCTTCggtttt < 2:2659733‑M1/91‑3 (MQ=255) ATTTGTCTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTCGGTTAt < 1:3076075‑M1/91‑1 (MQ=255) | TGATGCAACTTTTATGAGAATGAAGGAAGACCATATGAAAAATGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACAAATTCTCAATTTGTTTTATCCTATGACCTATTTCAAAACCCGACAGATACTAGAACTTTAATTCCATTTTTAACAATGATTCAAAATACCTTCGGTTAT > USA300TCH1516_ALE/1911660‑1911840 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |