| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1911930 = | 183 (0.900) | 8 (0.040) | 3/142 | NT | 6.4% | coding (52/609 nt) | USA300HOU_RS15290 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2318846 = | 73 (0.400) | coding (226/300 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TTTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACATTTTCAACACTCAAAATTGGAAATATGACGAACTTAATGATGAATTTATATGT > USA300TCH1516_ALE/1911840‑1912019 | tttGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGt < 1:3587799/91‑1 (MQ=35)gtcatatttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgtt > 2:776832‑M1/91‑91 (MQ=255)gtcatatttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgtt > 1:833337‑M1/91‑91 (MQ=255)gtcatatttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgtt > 1:119711‑M1/91‑91 (MQ=255) tcatatttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgttt > 2:2158085‑M1/90‑91 (MQ=255) tGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGttt > 2:708962/1‑91 (MQ=33) atatttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgtTtta > 2:1054895‑M1/88‑91 (MQ=255) atatttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgtTtta > 2:2367108‑M1/88‑91 (MQ=255) tatttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgtTttat > 2:1232952‑M1/87‑91 (MQ=255) atttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgtTttatt > 2:2882913‑M1/86‑91 (MQ=255) atttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgtTttatt < 2:2500234‑M1/6‑1 (MQ=255) aGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTttatt > 2:2549826/1‑91 (MQ=33) tttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgtTttatta > 1:677531‑M1/85‑91 (MQ=255) tttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgtTttatta < 1:692399‑M1/7‑1 (MQ=255) tttccaattttaagtgttgaaaatgtcacttttaaactttctagttttatctttaataaacatgccatacgtaataagtggcgtTttatta > 1:3630227‑M1/85‑91 (MQ=255) gCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTttatta > 1:1943317/1‑91 (MQ=34) cTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTaa < 1:223177/91‑1 (MQ=34) cTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTaa < 1:124866/91‑1 (MQ=34) aTGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGa < 2:2859855/91‑1 (MQ=34) cAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATaa > 2:3932390/1‑91 (MQ=34) cAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATaa > 1:2489157/1‑91 (MQ=34) aGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATaaa > 2:1056122/1‑91 (MQ=34) 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tGAGCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGttt > 1:2635700/1‑91 (MQ=34) gCAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTaaa > 2:2356002/1‑91 (MQ=34) cAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTaaaa > 1:2518375/1‑91 (MQ=34) cAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTaaaa > 2:1890284/1‑91 (MQ=34) cAAAACTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTaaaa > 1:1547396/1‑91 (MQ=34) aaaCTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGt > 1:3274003/1‑91 (MQ=34) aaCTATATGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTg > 2:2290116/1‑91 (MQ=34) tataTGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACa < 1:2185793/91‑1 (MQ=34) tataTGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACa > 1:2862203/1‑91 (MQ=34) atatGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACAt < 2:1467756/91‑1 (MQ=33) tatGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGTCACTTATTATGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTGAAAGTGACAtt > 2:3008487/1‑91 (MQ=255) tatGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACAtt < 1:2447793/91‑1 (MQ=34) tGGCCATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACAtttt > 1:1993786/1‑91 (MQ=34) ccATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATCGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACATTTTCaa > 1:3427020/1‑91 (MQ=17) cATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACATTTTCAac < 1:1101956/91‑1 (MQ=31) taGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTCAAAGTGACATTTTCAACACTCa > 2:3190894/1‑91 (MQ=17) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |