| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1911930 = | 183 (0.900) | 8 (0.040) | 3/142 | NT | 6.4% | coding (52/609 nt) | USA300HOU_RS15290 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2318846 = | 73 (0.400) | coding (226/300 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
ACCTTCGGTTATTTACCGGAGTATATTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCTATTATAGATGATTTTAATAAAACGCCACTTATTACGTATGGCATGTTTATTAAAGATAAAACTAGAAAGTTTAAAAGTGACATTTTCAACACTTAAAATTGGAAATATGACG > USA300TCH1516_ALE/2318756‑2318936 | aCCTTCGGTTATTTACCGGAGTATATTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCTATTATAGATGATTTTAATaaaa < 2:3054734/91‑1 (MQ=34) ccTTCGGTTATTTACCGGAGTATATTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCTATTATAGATGATTTTAATAAAAc > 1:244540/1‑91 (MQ=34) ccTTCGGTTATTTACCGGAGTATATTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCTATTATAGATGATTTTAATAAAAc > 2:2301458/1‑91 (MQ=34) ttCGGTTATTTACCGGAGTATATTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCTATTATAGATGATTTTAATAAAACGc < 1:952911/91‑1 (MQ=33) ttCGGTTATTTACCGGAGTATATTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCTATTATAGATGATTTTAATAAAACGc > 2:2172444/1‑91 (MQ=34) tCGGTTATTTACCGGAGTATATTGTAGCTGATGCAGGTTATGGTAGTGAGCAAAACTATATGGCTATTATAGATGATTTTAATAAAACGcc > 2:3867604/1‑91 (MQ=34) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |