| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2067939 | 221 (1.080) | 14 (0.080) | 8/138 | NT | 6.1% | intergenic (+52/‑368) | ppaC/mdlD | putative manganese‑dependent inorganic pyrophosphatase/NAD(P)‑dependent benzaldehyde dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2067962 | 239 (1.360) | intergenic (+75/‑345) | ppaC/mdlD | putative manganese‑dependent inorganic pyrophosphatase/NAD(P)‑dependent benzaldehyde dehydrogenase | |||||
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
CAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTT > USA300TCH1516_ALE/2067849‑2068029 | aaaTCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTa > 2:3064040/1‑91 (MQ=255) aaaTCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTa > 1:2364401/1‑91 (MQ=255) aaaTCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTa < 1:3517611/91‑1 (MQ=255) aaTCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTaa > 1:859903/1‑91 (MQ=255) aaTCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTaa > 2:496883/1‑91 (MQ=255) aaTCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTaa > 2:1288042/1‑91 (MQ=255) aaTCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTaa > 1:201319/1‑91 (MQ=255) cGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGt < 1:3394992/91‑1 (MQ=255) cTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAat < 2:3938226/91‑1 (MQ=255) cACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTgaaagtgaaataaattc < 1:2550961‑M1/91‑18 (MQ=255) cACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTc > 2:1419743/1‑91 (MQ=255) cACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGCCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTc < 1:2721642/91‑1 (MQ=255) aCTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCa > 2:2259629/1‑91 (MQ=255) tGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACt > 2:2384077/1‑91 (MQ=255) tGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACt > 1:3842531/1‑91 (MQ=255) aGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTgaaagtgaaataaattctacttt < 1:3183015‑M1/91‑24 (MQ=255) gCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCa > 2:290587‑M2/1‑90 (MQ=255) cATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaa < 1:3851784‑M2/91‑3 (MQ=255) aTTAACAAAATAATACTATATTACAGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaat > 2:3678713‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaatg > 1:2623761‑M2/1‑87 (MQ=255) tAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaatga > 2:39832‑M2/1‑86 (MQ=255) aaCAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaatgaa > 1:2532990‑M2/1‑85 (MQ=255) aaCAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaatgaa < 2:551194‑M2/91‑7 (MQ=255) aCAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaatgaac > 1:1792834‑M2/1‑84 (MQ=255) cAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAGCAGTTCATTgaaagtgaaataaattctactttaatgaact < 2:3258049‑M1/91‑32 (MQ=255) cAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaatgaact < 1:3256102‑M2/91‑9 (MQ=255) aaaTAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaatgaactgt < 1:1581741‑M2/91‑11 (MQ=255) ataataCTATAGTACTGTCTAATGATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGttt < 2:3021299/91‑1 (MQ=255) aataTTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGttttt > 2:2125773/1‑91 (MQ=255) aataCTATATTACTGTCTAATTACAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGttttt > 2:3577323/1‑91 (MQ=255) ataCTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGtttttt > 1:178606/1‑91 (MQ=255) taCTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTttta > 2:1052100/1‑91 (MQ=255) taCTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTttta < 2:2679765/91‑1 (MQ=255) taCTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTttta > 1:1010319/1‑91 (MQ=255) aCTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTtttat > 2:3231134/1‑91 (MQ=255) aCTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTtttat > 2:1721788/1‑91 (MQ=255) cTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAATTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTtttatt > 2:2092524/1‑91 (MQ=255) cTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTtttatt < 1:215046/91‑1 (MQ=255) cTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTtttatt > 2:2337316/1‑91 (MQ=255) cTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTtttatt > 1:3935305/1‑91 (MQ=255) atatTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTtttattta > 1:927333/1‑91 (MQ=255) tACTGTCTAATTATCGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGAAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGtt > 2:2630529/1‑91 (MQ=255) tACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGtt < 2:1313018/91‑1 (MQ=255) tACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGtt < 1:1193172/91‑1 (MQ=255) tAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTaa < 1:1884277/91‑1 (MQ=255) aaTTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAAt > 2:2479312/1‑91 (MQ=255) aaTTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAAt > 1:1274242/1‑91 (MQ=255) aTTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAAtt > 1:2344441/1‑91 (MQ=255) ttATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACTTTTTACTAAttt > 2:529210/1‑91 (MQ=255) tataGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTa > 2:197085/1‑91 (MQ=255) tataGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTa > 2:385729/1‑91 (MQ=255) taGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACa < 2:1640896/91‑1 (MQ=255) taGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACa < 1:2577107/91‑1 (MQ=255) aGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACac > 2:1370586/1‑90 (MQ=255) aGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACaa < 1:2831421/91‑1 (MQ=255) aGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTAATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACaa > 2:2242300/1‑91 (MQ=255) gACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAAc > 1:2865376/1‑91 (MQ=255) gACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAAc < 1:442534/91‑1 (MQ=255) aCATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAAcc > 1:2911183/1‑91 (MQ=255) aCATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAAcc < 2:1469262/91‑1 (MQ=255) aCATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAAcc < 1:522544/91‑1 (MQ=255) cATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAAccc > 1:2977245/1‑91 (MQ=255) aTGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCt > 1:1373622/1‑91 (MQ=255) aTGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCt < 2:1824670/91‑1 (MQ=255) aTGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCt < 2:3297795/91‑1 (MQ=255) aTTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCaa > 1:734158/1‑91 (MQ=255) taactaacAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAAtag < 1:2426502/91‑1 (MQ=255) taactaacAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAAtag > 2:2770598/1‑91 (MQ=255) actaacAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAAtagta > 1:2468570/1‑91 (MQ=255) actaacAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAAtagta > 1:1550412/1‑91 (MQ=255) ctaacAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAAtagtag < 1:1461894/91‑1 (MQ=255) ctaacAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAAtagtag < 2:2717333/91‑1 (MQ=255) taacAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATagtagt > 1:1594667/1‑91 (MQ=255) acAGTTCATTgaaagtgaaataaattctactttaatgaactgttagttaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattattt > 1:272587‑M1/1‑10 (MQ=255) cAGTTCATTgaaagtgaaataaattctactttaatgaactgttagttaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattatttt < 2:750627‑M1/91‑83 (MQ=255) cAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGtttt < 1:79666/91‑1 (MQ=255) cAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGtttt < 2:663126/91‑1 (MQ=255) cAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGtttt > 1:725977/1‑91 (MQ=255) cAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTAGTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGtttt < 2:1182097/91‑1 (MQ=255) aGTTCATTgaaagtgaaataaattctactttaatgaactgttagttaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattattttg < 2:1262185‑M1/91‑84 (MQ=255) aGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaatgaactgctagttaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattattttg < 2:3258050‑M2/91‑61 (MQ=255) aGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGttttt > 1:3623400/1‑91 (MQ=255) gTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaatgaactgttagttaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattattttgt < 2:3406400‑M2/91‑62 (MQ=255) gTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaatgaactgttagttaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattattttgt < 2:377823‑M2/91‑62 (MQ=255) gTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTa < 2:371900/91‑1 (MQ=255) ttCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTAt > 1:567410/1‑91 (MQ=255) tCATTgaaagtgaaataaattctactttaatgaactgttagttaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattattttgtta < 1:126465‑M1/91‑87 (MQ=255) tCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCaatgaactgttagttaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattattttgtta < 2:1299169‑M2/91‑64 (MQ=255) tCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTTTTTTTTTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTAtt > 2:1119331/1‑91 (MQ=255) cATTgaaagtgaaataaattctactttaatgaactgttagttaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattattttgttaa < 2:2549276‑M1/91‑88 (MQ=255) cATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTc > 2:3132846/1‑91 (MQ=255) aTTgaaagtgaaataaattctactttaatgaactgttagtcaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattattttgttaat > 2:3678443‑M1/1‑3 (MQ=255) aTTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTcc > 1:3809729/1‑91 (MQ=255) ttAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTTATTTTTAGTTTTTATTCCt > 2:778158/1‑91 (MQ=255) ttAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCt > 1:588762/1‑91 (MQ=255) ttAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCt < 1:3881210/91‑1 (MQ=255) tgaaagtgaaataaattctactttaatgaactgttagttaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattattttgttaatgc < 1:2334999‑M1/91‑91 (MQ=255) tgaaagtgaaagaaattctactttaatggactgttagttaaatacaacatgtctataattagacagtaatatagtattattttgttaatgc < 2:1554198‑M1/91‑91 (MQ=255) tAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACTCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCtt > 2:3606264/1‑91 (MQ=255) tAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTATTCCtt > 2:915992/1‑91 (MQ=255) | CAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTAAAGTAGAATTTATTTCACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTT > USA300TCH1516_ALE/2067849‑2068029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |