| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2383757 | 162 (0.800) | 13 (0.080) | 7/136 | NT | 8.1% | intergenic (‑76/+41) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2383774 | 159 (0.920) | intergenic (‑93/+24) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase | |||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAAC > USA300TCH1516_ALE/2383667‑2383847 | tAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGC < 2:653520‑M1/91‑1 (MQ=255) gCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCaa < 2:1758876/91‑1 (MQ=255) ttttttATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAAt < 2:1217192/91‑1 (MQ=255) ttttttATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAAt > 1:1260261/1‑91 (MQ=255) ttttATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGa < 1:668067/91‑1 (MQ=255) ttttATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGa < 2:1295655/91‑1 (MQ=255) 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ccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttc > 1:1243668‑M2/1‑85 (MQ=255) ccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttc > 1:1243728‑M2/1‑85 (MQ=255) cccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttca < 2:227445‑M2/91‑8 (MQ=255) ccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCtcataagactgtcatttgcgttcag < 2:2902405‑M1/91‑26 (MQ=255) tctTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagat > 1:2110632‑M2/1‑81 (MQ=255) tctTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagat > 1:2521680‑M2/1‑81 (MQ=255) tctTTCACTAGTTTCGATAATATTTTACTCAACCATTCTGTATTGTGTAAAAAATTCTTAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagat > 2:211289‑M2/1‑81 (MQ=255) tCACTATATTCATAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTCAACGCAACTGACAGTCTTATGCGCGTTCAGATTTCa > 2:3854592/1‑91 (MQ=255) tCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCa < 1:1309937/91‑1 (MQ=255) tCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCa > 2:3709343/1‑91 (MQ=255) cACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAg > 1:1144486/1‑91 (MQ=255) cACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAg < 1:3768363/91‑1 (MQ=255) aCTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGt > 1:1023349/1‑91 (MQ=255) cTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTc > 1:3383424/1‑91 (MQ=255) atatTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGt > 1:414004/1‑91 (MQ=255) tatTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGtt < 2:860077/91‑1 (MQ=255) tatTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGtt < 1:1948646/91‑1 (MQ=255) tatTAAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGtt < 2:1819176/91‑1 (MQ=255) atTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTATGTGAAAAAATCCGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTa > 1:3149434/1‑91 (MQ=255) aaaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTa > 2:3107148/1‑91 (MQ=255) atatTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAttt > 2:3265149/1‑91 (MQ=255) atatTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAttt > 1:2218290/1‑91 (MQ=255) atatTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAttt > 1:1671453/1‑91 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt > 2:408423/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |