| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2383757 | 162 (0.800) | 13 (0.080) | 7/136 | NT | 8.1% | intergenic (‑76/+41) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2383774 | 159 (0.920) | intergenic (‑93/+24) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase | |||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
ACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCA > USA300TCH1516_ALE/2383685‑2383864 | aCTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAg < 2:1193012‑M2/91‑2 (MQ=255) cTTCCCCCCCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTATCTATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAACTGCCAGTCTTATGAgc < 2:2313261‑M2/91‑3 (MQ=255) ttCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcg > 2:1334346‑M2/1‑88 (MQ=255) ttCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcg < 1:2845797‑M2/91‑4 (MQ=255) tCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgt < 1:2580177‑M2/91‑5 (MQ=255) cccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgtt > 2:3232968‑M2/1‑86 (MQ=255) ccccTCTTTCACTATTTTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttc > 2:159781‑M2/1‑85 (MQ=255) ccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttc < 1:590025‑M2/91‑7 (MQ=255) ccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttc > 1:1243668‑M2/1‑85 (MQ=255) ccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttc > 1:1243739‑M2/1‑85 (MQ=255) cccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttca > 1:3859501‑M2/1‑84 (MQ=255) ccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcag < 2:1784854‑M2/91‑9 (MQ=255) tctTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagat > 2:1357800‑M2/1‑81 (MQ=255) tctTTCACTAGTTTCGATAATATTTTACTCAACCATTCTGTATTGTGTAAAAAATTCTTAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagat > 2:211289‑M2/1‑81 (MQ=255) ttCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTc < 2:3512684/91‑1 (MQ=255) tCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCa > 2:3854102/1‑91 (MQ=255) tCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCa > 2:3709343/1‑91 (MQ=255) tCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCa < 1:1309937/91‑1 (MQ=255) tCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATCACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCa > 2:490035/1‑91 (MQ=255) cACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAg < 1:3768363/91‑1 (MQ=255) cACTATATGCAAAAAGATTTTACTCGTCCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAg < 2:3428152/91‑1 (MQ=255) aCTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGt > 1:1023349/1‑91 (MQ=255) cTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTc < 2:1950612/91‑1 (MQ=255) atatTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGt > 1:413753/1‑91 (MQ=255) tatTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGtt < 1:1948646/91‑1 (MQ=255) tatTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGtt < 2:860077/91‑1 (MQ=255) atTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTa > 2:3161533/1‑91 (MQ=255) ttCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTaa > 2:1137330/1‑91 (MQ=255) tCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTAAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAAt < 1:1754821/91‑1 (MQ=255) aaaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTa < 1:3097560/91‑1 (MQ=255) atatTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAttt > 1:2218290/1‑91 (MQ=255) atatTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAttt > 2:3265149/1‑91 (MQ=255) tatTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAtttg > 2:3925770/1‑90 (MQ=255) atTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTACTTTc > 1:3288057/1‑91 (MQ=255) ttttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCg > 1:3371917/1‑91 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt < 1:3452219/91‑1 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt > 2:1180571/1‑91 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt > 1:250588/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |