| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2665491 | 149 (0.730) | 19 (0.110) | 11/138 | NT | 13.0% | intergenic (‑118/+61) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2665513 | 125 (0.710) | intergenic (‑140/+39) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain | |||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
ATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGT > USA300TCH1516_ALE/2665401‑2665581 | atatACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCT < 2:2807647‑M1/91‑1 (MQ=255) cGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTg < 1:2524198/91‑1 (MQ=255) gggCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTa < 1:36505/91‑1 (MQ=255) gcgcTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACt < 1:155621/91‑1 (MQ=255) cgcTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTa > 1:3068397/1‑91 (MQ=255) cgcTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTa < 2:1882409/91‑1 (MQ=255) gcTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTaa < 1:2934629/91‑1 (MQ=255) cTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAAt > 2:1144131/1‑91 (MQ=255) cTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAAt < 2:3471451/91‑1 (MQ=255) ttGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGAt < 2:411078/91‑1 (MQ=255) ttGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGAt < 1:3841335/91‑1 (MQ=255) ttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATcc > 2:791893‑M1/63‑91 (MQ=255) tggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataataAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCca > 1:3274084‑M1/62‑91 (MQ=255) cAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCca < 1:348170/91‑1 (MQ=255) cAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCca > 2:1470753/1‑91 (MQ=255) aaTCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTgtctggatcattagtaccag < 1:1117292‑M1/91‑21 (MQ=255) aaTCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCcag < 1:2360206/91‑1 (MQ=255) aTCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCCACTTCTTCAGAGCTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGCTCcaga > 2:283052/1‑91 (MQ=255) tCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTgtctggatcattagtaccagat < 1:1259959‑M1/91‑23 (MQ=255) cACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACa > 2:3408357‑M2/1‑90 (MQ=255) cACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACa > 2:786170‑M2/1‑90 (MQ=255) ttttttttgattAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACag < 2:2700226‑M2/87‑3 (MQ=255) aCTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACag < 1:1706575‑M2/91‑3 (MQ=255) cTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACaga > 1:2083020‑M2/1‑88 (MQ=255) agctgaagatatggttaaaaataattaatgggataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCcagacaga > 2:3271955‑M1/56‑91 (MQ=255) tATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTgtctggatcattagtaccagatagat < 1:1626670‑M1/91‑27 (MQ=255) ctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATg > 1:755137‑M1/54‑91 (MQ=255) ctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATg > 2:2060880‑M1/54‑91 (MQ=255) ctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATg > 1:1020353‑M1/54‑91 (MQ=255) aTTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatg < 2:350630‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatg > 2:189714‑M2/1‑86 (MQ=255) aTTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatg < 2:1226930‑M2/91‑6 (MQ=255) ttttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatgc < 2:241770‑M2/91‑7 (MQ=255) tgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGc > 1:3180457‑M1/53‑91 (MQ=255) ttGATTAGTATGCATTTTCCATAGATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTGATGATCCAGACagatgctt > 2:1777898‑M2/1‑83 (MQ=255) ttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatgctt < 2:2755012‑M2/91‑9 (MQ=255) ttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatgctt > 1:1159937‑M2/1‑83 (MQ=255) ttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatgctt < 2:3388152‑M2/91‑9 (MQ=255) ttAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCttt < 1:3885688/91‑1 (MQ=255) tAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAAAAAAGAAGCATCTgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttaa < 1:1784453‑M1/91‑36 (MQ=255) tggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCttttt > 1:3771919‑M1/45‑91 (MQ=255) aGTATGCATTTTCCATAAATCTCTCAACTTCTTCAGAGATAATTCAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCCTCttttt > 2:3369191/1‑91 (MQ=255) aGTATGCATATTCCATAAATCTTTCAACGTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCttttt < 2:3856280/91‑1 (MQ=255) gTATGCATTTTCCATAATTATTACACCTTCTTCAGAGATAATTAAGTAGAATCTATCTCGTACTAATGATCCAGACCGAAGCTTCtttttt > 2:2630198/1‑91 (MQ=255) gTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtttttt > 2:311746/1‑91 (MQ=255) tATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTa < 2:678366/91‑1 (MQ=255) tGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATc < 1:2567785/91‑1 (MQ=255) gCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTAtta > 2:2892217/1‑89 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCaa < 1:3938104/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTCTATCaa > 2:3377702/1‑91 (MQ=255) tttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAatat > 1:112339/1‑91 (MQ=255) tttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAatat < 1:1849083/91‑1 (MQ=255) tttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAatat < 2:3325443/91‑1 (MQ=255) ttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtt > 1:3619921/1‑91 (MQ=255) ccATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCTATAtttt > 2:2315942/1‑91 (MQ=255) cATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAttttc > 2:1937499/1‑90 (MQ=255) aTAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTAt < 2:3213708/91‑1 (MQ=255) tCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAtctc > 1:76109/1‑91 (MQ=255) tCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAtctc > 2:2553237/1‑91 (MQ=255) tCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAtccc > 2:1877959/1‑89 (MQ=255) aaCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCat > 1:866202/1‑91 (MQ=255) aCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatt < 1:1951960/91‑1 (MQ=255) cttcttCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatta < 1:2722859/91‑1 (MQ=255) tcttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaat < 2:558070/91‑1 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt > 2:2076500/1‑91 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt < 1:646068/91‑1 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt < 2:1711034/91‑1 (MQ=255) ctgcAGAGATAATTAAGAAGCATCTCTCTGGTACTATTGATCCAGACAGATGCTTCTTCTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatcaatt > 2:1210288/4‑91 (MQ=255) ttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatta < 2:1676334/91‑1 (MQ=255) gagaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAtttt < 2:1589330/91‑1 (MQ=255) aTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTaa < 2:1237744/91‑1 (MQ=255) aTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTaa < 1:2165116/91‑1 (MQ=255) aTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGCCAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCa < 2:775809/91‑1 (MQ=255) aTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCa < 2:1571359/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCat > 1:2838274/1‑91 (MQ=255) tAAGAAGCATCTATCTGGTACTCATGATCCAGACAGACGCCTCTTTTTTATCCCTCTTTCACTCTTATCTCATTCATTCTCTTTAACCata > 2:3561467/1‑91 (MQ=255) tAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCata < 1:1032993/91‑1 (MQ=255) aagaagCATCTgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaat < 2:875781‑M1/91‑81 (MQ=255) agaagCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACaggtgctgcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatc < 1:2743594‑M2/91‑60 (MQ=255) AGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATc > 2:2184168‑M1/1‑91 (MQ=255) aagCATCTgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaa > 1:497679‑M1/1‑8 (MQ=255) AAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGTTGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCtt > 1:1386085‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCtt > 2:1519676‑M1/1‑91 (MQ=255) agCATCTgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaaa > 1:454180‑M1/1‑7 (MQ=255) agCATCTgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaaa > 1:2390551‑M1/1‑7 (MQ=255) agCATCTgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaaa > 2:2682739‑M1/1‑7 (MQ=255) gCATCTgtctggatcattagtaccagatatatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaaaa < 1:3171529‑M1/91‑86 (MQ=255) GCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCa < 2:1951673‑M1/91‑1 (MQ=255) cATCTgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaaggcatactaatcaaaat < 2:3168797‑M1/91‑87 (MQ=255) cATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaaaat < 1:267754‑M2/91‑65 (MQ=255) atctatctGGTACTAATGATCCAGACagatgcttcttttttatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaaaata < 1:1280490‑M2/91‑66 (MQ=255) atctatctGGTACTAATGATCCAGACagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaaaata < 2:2904833‑M2/91‑66 (MQ=255) aTCTgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaaaata > 2:211783‑M1/1‑4 (MQ=255) aTCTgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaaaata > 1:2774500‑M1/1‑4 (MQ=255) tctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaaaatag < 2:2871659‑M1/91‑89 (MQ=255) tctatctGGTACTAATGATCCAGACagatgcatcttaattatctctgaagaagttgatagatttatggaaaatgcatactaatcaaaatag < 1:3512449‑M2/91‑67 (MQ=255) TCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCt < 2:1072818‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCt < 2:2447695‑M1/91‑1 (MQ=255) ctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttaattatctctgaagaagttgaaagatttatggaaaatgcatactaatcaaaatagt > 1:3494446‑M1/1‑2 (MQ=255) TATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtgt < 1:2281785‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGT > USA300TCH1516_ALE/2665401‑2665581 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |