| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2665491 | 149 (0.730) | 19 (0.110) | 11/138 | NT | 13.0% | intergenic (‑118/+61) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2665513 | 125 (0.710) | intergenic (‑140/+39) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain | |||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATT > USA300TCH1516_ALE/2665423‑2665603 | tCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCcagac > 1:380370/1‑91 (MQ=255) cACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACa > 2:786170‑M2/1‑90 (MQ=255) cACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACa < 2:1835058‑M2/91‑2 (MQ=255) aCTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACag < 2:1585853‑M2/91‑3 (MQ=255) aCTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACag > 1:3494446‑M2/1‑89 (MQ=255) aCTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACag < 1:1706575‑M2/91‑3 (MQ=255) cTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACaga < 2:2871659‑M2/91‑4 (MQ=255) cTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACaga > 1:2083020‑M2/1‑88 (MQ=255) agctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCcagacaga > 2:3272014‑M1/56‑91 (MQ=255) gctgaagatatggttcaaaataatttctgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGAt > 2:3420248‑M1/55‑91 (MQ=255) ctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATg > 1:755137‑M1/54‑91 (MQ=255) aTTTTGATTAGTATGCCTTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatg < 2:3168797‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatg < 2:1226930‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatg < 2:350630‑M2/91‑6 (MQ=255) tgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGc > 1:3180457‑M1/53‑91 (MQ=255) tgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCGATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGc > 1:3143499‑M1/53‑91 (MQ=255) tttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatgct > 2:2682739‑M2/1‑84 (MQ=255) tttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatgct > 1:2390551‑M2/1‑84 (MQ=255) ttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatgctt < 2:2755012‑M2/91‑9 (MQ=255) ttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatgctt > 1:497679‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACagatgcttctt < 2:875781‑M2/91‑12 (MQ=255) ttAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCttt > 1:1747348/1‑91 (MQ=255) ttAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCttt < 1:3885688/91‑1 (MQ=255) tAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtttt > 2:1772192/1‑91 (MQ=255) gTATGCATTTTCCATAATTATTACACCTTCTTCAGAGATAATTAAGTAGAATCTATCTCGTACTAATGATCCAGACCGAAGCTTCtttttt > 2:2630198/1‑91 (MQ=255) gTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtttttt > 2:311746/1‑91 (MQ=255) gTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtttttt > 1:1436172/1‑91 (MQ=255) tGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATc < 1:2567785/91‑1 (MQ=255) gCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGACGCATCTATCTGGTACTAATGATCTAGACAGATGCTTCTTTTTTATCa > 2:2892264/1‑91 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCaa < 1:283018/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCaa < 1:3938104/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTCTATCaa > 2:3377702/1‑91 (MQ=255) aTTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAat < 1:3716061/91‑1 (MQ=255) ttttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAata > 1:1033061/1‑91 (MQ=255) ttttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAata > 1:1032841/1‑91 (MQ=255) tttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAatat > 1:112339/1‑91 (MQ=255) tttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAatat < 2:3325443/91‑1 (MQ=255) ttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtt > 1:3619921/1‑91 (MQ=255) ccATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtttt < 1:426138/91‑1 (MQ=255) cATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAttttc > 2:1937499/1‑90 (MQ=255) aTAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTAt < 2:2789713/91‑1 (MQ=255) cTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCAGCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAt < 1:3375492/91‑1 (MQ=255) tCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAtctc > 2:1878047/1‑91 (MQ=255) tCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAtctc > 2:2553237/1‑91 (MQ=255) cAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCa < 2:148482/91‑1 (MQ=255) aaCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCat > 1:866202/1‑91 (MQ=255) aCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatt < 2:2035644/91‑1 (MQ=255) aCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatt < 1:1951960/91‑1 (MQ=255) aCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatt > 2:2416727/1‑91 (MQ=255) cttcttCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatta < 2:664061/91‑1 (MQ=255) cttcttCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatta < 1:2724154/91‑1 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAATAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt < 2:2496493/91‑1 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt > 2:2076422/1‑91 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt < 1:646068/91‑1 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt < 2:1711034/91‑1 (MQ=255) ctgcAGAGATAATTAAGAAGCATCTCTCTGGTACTATTGATCCAGACAGATGCTTCTTCTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatcaatt > 2:1210288/4‑91 (MQ=255) ttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatta < 2:1676157/91‑1 (MQ=255) gagaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAtttt < 2:2162360/91‑1 (MQ=255) agaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAttttt > 1:2857948/1‑91 (MQ=255) gaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTa > 2:3401261/1‑91 (MQ=255) tAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAc < 1:1803752/91‑1 (MQ=255) tAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAc > 1:1303674/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |