| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 3772 = | 705 (0.770) | 75 (0.090) | 18/140 | NT | 10.8% | intergenic (+388/‑96) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 3805 = | 628 (0.790) | intergenic (+421/‑63) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1329 total aligned reads displayed.
GCATATATAAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGTAATTCAAAA > CP000731/3682‑3862 | gCATATATAAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATA > 2:176377‑M1/1‑91 (MQ=255)aaaaagtgatgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaa > 1:3109177‑M1/91‑91 (MQ=255) aaagtgatgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaaaa > 2:2728384‑M1/89‑91 (MQ=255) aaagtgatgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaaaa < 1:3216322‑M1/3‑1 (MQ=255) tatataAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAA > 2:1933504‑M1/1‑91 (MQ=255) agtgatgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAg > 2:820972‑M1/87‑91 (MQ=255) tataAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGC > 2:873574‑M1/1‑91 (MQ=255) gtgatgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGc < 2:1617112‑M1/6‑1 (MQ=255) gtgatgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGc > 2:265382‑M1/86‑91 (MQ=255) gtgatgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGc < 1:1487350‑M1/6‑1 (MQ=255) tgatgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCt < 1:1354127‑M1/7‑1 (MQ=255) ataAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCT > 2:3746909‑M1/1‑91 (MQ=255) taAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTA < 2:1999745‑M1/91‑1 (MQ=255) gatgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTa < 2:1309713‑M1/8‑1 (MQ=255) 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ttAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAg > 1:3727324/1‑91 (MQ=255) tggctataAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGa < 2:337837/87‑1 (MQ=255) aGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGAt < 1:3929881/91‑1 (MQ=255) atatAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATaa > 1:1002631/1‑91 (MQ=255) tataAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATaaa > 1:3547891/1‑91 (MQ=255) ataAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAg < 1:1614823/91‑1 (MQ=255) ataAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAg < 1:1170882/91‑1 (MQ=255) taAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGt > 1:1128926/1‑91 (MQ=255) gcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTg > 1:1823299‑M1/70‑91 (MQ=255) aaaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctg < 1:2887895‑M1/91‑13 (MQ=255) aaaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctg < 2:1479593‑M1/91‑13 (MQ=255) aaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctgg < 2:3168162‑M1/91‑14 (MQ=255) aaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGa > 1:1945057/1‑91 (MQ=255) aaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggg < 1:2435354‑M1/91‑15 (MQ=255) aCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctgggg < 2:367996‑M1/91‑16 (MQ=255) aCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg > 2:277815‑M2/1‑89 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |