| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 25287 | 559 (0.610) | 38 (0.060) | 12/114 | NT | 7.8% | intergenic (+185/‑61) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | = 25310 | 508 (0.780) | intergenic (+208/‑38) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1721 total aligned reads displayed.
AAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTA > CP000731/25197‑25377 | gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTCATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt > 1:2633854/1‑91 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAACATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt > 1:1561395/1‑91 (MQ=255) agTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTa > 2:2734760/1‑91 (MQ=255) gTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTAt < 2:11832/91‑1 (MQ=255) aCGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCa > 1:3294722/1‑91 (MQ=255) cGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaa > 2:648849/1‑91 (MQ=255) cGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaa > 1:3827131/1‑91 (MQ=255) gAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaaa < 2:1115674/91‑1 (MQ=255) gAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaaa < 1:1413019/91‑1 (MQ=255) cGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAatat < 1:930366/91‑1 (MQ=255) aGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACAATTATAAAAAAAATATTTa < 2:3451784/91‑1 (MQ=255) cTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTaca < 1:2381749/91‑1 (MQ=255) tttCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTacac < 2:1927855/91‑1 (MQ=255) ttCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACt < 1:2526523/91‑1 (MQ=255) tatataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCAt > 1:2983982/1‑91 (MQ=255) tatataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCAt > 1:2010690/1‑91 (MQ=255) tatataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCAt > 1:3226655/1‑91 (MQ=255) atataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATa > 1:2725716‑M2/1‑90 (MQ=255) atataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATa < 2:760541‑M2/91‑2 (MQ=255) atataGTAATTGTTGTACTAATAAGGTGTTTTAAGATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATa > 2:2993359‑M2/1‑90 (MQ=255) tataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaa < 1:3571236‑M2/91‑3 (MQ=255) taGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaat < 1:3485808‑M2/91‑5 (MQ=255) gTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgt > 2:3082756‑M2/1‑85 (MQ=255) tAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtc < 1:545251‑M1/91‑31 (MQ=255) aaTTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtca < 1:2588560‑M2/91‑9 (MQ=255) aTTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaa > 2:1257765‑M2/1‑82 (MQ=255) ttGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaa > 2:402800‑M2/1‑81 (MQ=255) gTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaata < 1:407807‑M2/91‑13 (MQ=255) tttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatact < 1:85612‑M2/91‑15 (MQ=255) tttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatact < 1:492649‑M2/91‑15 (MQ=255) tttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACAAAAATAAAAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatact > 2:2097401‑M2/1‑77 (MQ=255) tACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatacttt < 2:2496225‑M2/91‑17 (MQ=255) aCTAATAAGGTGTTTAAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttt < 2:2859160‑M2/91‑18 (MQ=255) cTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatacttttt < 1:2809493‑M2/91‑19 (MQ=255) cTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatacttttt > 2:291860‑M2/1‑73 (MQ=255) cTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatacttttt > 2:1363636‑M2/1‑73 (MQ=255) aataaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACCTTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttac > 2:3539108‑M2/1‑71 (MQ=255) gtgtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTAt < 2:2589378/91‑1 (MQ=255) ttttAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAg > 2:2171021/1‑91 (MQ=255) ttttAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAg < 1:315588/91‑1 (MQ=255) ttttAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAg < 1:1673292/91‑1 (MQ=255) tttAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAgg > 1:2088883/1‑91 (MQ=255) aaaaTATATTATAATGTAAAAAGTATGTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGgtgt > 2:2251042/1‑91 (MQ=255) aaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTta < 2:3659224/91‑1 (MQ=255) aaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTta < 2:3763949/91‑1 (MQ=255) atatTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATaa > 2:3905891/1‑91 (MQ=255) tattatAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATTCTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAAt > 2:3183637/1‑91 (MQ=255) attatAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATg > 2:1445155/1‑91 (MQ=255) ttatAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGa < 1:1116741/91‑1 (MQ=255) ataATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAAt > 2:1732831/1‑91 (MQ=255) ataATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAAt > 1:2275473/1‑91 (MQ=255) aaTGTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacacctt < 1:1007795‑M1/91‑69 (MQ=255) AATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAAttt > 1:1358‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGTAAAAAGTATTTGACATTTatgggtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacacctta < 1:2892052‑M1/91‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |