| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 25287 | 559 (0.610) | 38 (0.060) | 12/114 | NT | 7.8% | intergenic (+185/‑61) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | = 25310 | 508 (0.780) | intergenic (+208/‑38) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1541 total aligned reads displayed.
TATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGC > CP000731/25220‑25400 | gaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCatt < 2:3934850‑M1/6‑2 (MQ=255) gaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATa < 1:489605‑M1/6‑1 (MQ=255) atataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATa < 2:288222‑M2/91‑2 (MQ=255) atataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATa > 2:3308360‑M2/1‑90 (MQ=255) aaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATaa > 2:422498‑M1/85‑91 (MQ=255) ataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaa < 2:879520‑M2/91‑4 (MQ=255) 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gTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaata < 2:1361559‑M2/91‑13 (MQ=255) ttttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatac < 2:3384174‑M2/91‑14 (MQ=255) ttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGTCAGATAc > 2:59763‑M1/74‑91 (MQ=255) tttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatact < 1:3077483‑M2/91‑15 (MQ=255) tACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatacttt < 1:3634039‑M2/91‑17 (MQ=255) aCTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttt > 2:1750252‑M2/1‑74 (MQ=255) aCTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttt > 1:3008361‑M2/1‑74 (MQ=255) aCTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttt > 2:2342669‑M2/1‑74 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |