| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 987 = | 980 (0.470) | 192 (0.110) | 19/138 | NT | 19.2% | pseudogene (708/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein |
| ? | NC_012417 | 1013 = | 777 (0.430) | coding (182/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 3129 total aligned reads displayed.
TGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCAC > NC_012417/897‑1077 | aatatattgcgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaa > 2:78061‑M1/91‑91 (MQ=255) aGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGAC < 2:2611249‑M1/91‑1 (MQ=255) aGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGAC < 1:2318388‑M1/91‑1 (MQ=255) aGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGAC > 2:1791736‑M1/1‑91 (MQ=255) gTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACA < 1:71354‑M1/91‑1 (MQ=255) attgcgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACa < 1:981919‑M1/6‑1 (MQ=255) ttgcgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACAt < 2:400198‑M1/7‑1 (MQ=255) tgatgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACAT < 1:2771131‑M1/91‑1 (MQ=255) tgatgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACAT < 1:2443122‑M1/91‑1 (MQ=255) tgatgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACAT < 1:861145‑M1/91‑1 (MQ=255) cgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAg > 1:1431943‑M1/82‑91 (MQ=255) gtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAgt < 2:480685‑M1/11‑1 (MQ=255) aaGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAgtg < 2:1555001/91‑1 (MQ=255) aGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAgtgt > 1:1058291/1‑91 (MQ=255) aGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAgtgt > 2:689974/1‑91 (MQ=255) aaTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGtt < 2:2319820/90‑1 (MQ=255) aTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaac < 2:2246626‑M1/91‑5 (MQ=255) aTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaac < 1:3197940‑M1/91‑5 (MQ=255) tAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaaca < 1:2605798‑M1/91‑6 (MQ=255) aaaaCAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaacac < 2:1200099‑M1/91‑7 (MQ=255) aaaaCAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaacac < 2:2425427‑M1/91‑7 (MQ=255) aaaCAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGact < 2:2836482‑M2/91‑4 (MQ=255) tattgttgtgacactacatacagcaatagtaaaaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTa > 2:3212863‑M1/73‑91 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGacta > 2:1999288‑M2/1‑87 (MQ=255) aacaacAGACAAAAAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGacta > 2:2505870‑M2/1‑87 (MQ=255) atttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTaa > 2:945593‑M1/72‑91 (MQ=255) tttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAAt > 1:1631749‑M1/71‑91 (MQ=255) caacaGACGAAGAAGAAAGAGCACATGCAATTACCGCAATTTGGGATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGGCATTAGGcaacactaat < 2:1679154‑M1/91‑11 (MQ=255) caacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaat > 1:2554665‑M2/1‑85 (MQ=255) ttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATg > 2:3318576‑M1/70‑91 (MQ=255) tattgtgacactacatacagcagttgtgacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATg > 2:1478046‑M1/70‑91 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACAGACAATTACCGAAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatg > 2:3627189‑M2/1‑84 (MQ=255) tttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATGt > 2:2042358‑M1/69‑91 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt < 1:2703684‑M2/91‑9 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt > 1:2937542‑M2/1‑83 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt > 1:549686‑M2/1‑83 (MQ=255) caGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtc < 2:1879473‑M2/91‑10 (MQ=255) aCGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCttt < 1:1703857/91‑1 (MQ=255) gaagaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCttttt > 2:127012/1‑91 (MQ=255) aagaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCtttttt < 1:1488528/91‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg > 2:3823374/1‑91 (MQ=255) aagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCACAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgtt > 1:3132332/1‑91 (MQ=255) aagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgtt < 1:782608/91‑1 (MQ=255) aagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgtt < 1:3007632/91‑1 (MQ=255) aagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgtt < 2:627343/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAt < 1:623782/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAt > 2:3904935/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATCAGTTATCactaatgtcttgaataataat > 1:1979160‑M2/1‑70 (MQ=255) aGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt > 1:486453/1‑91 (MQ=255) aGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 2:2749256/91‑1 (MQ=255) aGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 2:1072712/91‑1 (MQ=255) cacaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTta > 2:3130707/1‑91 (MQ=255) acaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTTAttttttct > 2:1728778/1‑89 (MQ=255) acaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtat < 1:2496116/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |