New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | 987 = | 980 (0.470) | 192 (0.110) | 19/138 | NT | 19.2% | pseudogene (708/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein |
? | NC_012417 | 1013 = | 777 (0.430) | coding (182/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
Only 100 of 2422 total aligned reads displayed.
ACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTG > NC_012417/923‑1103 | cGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCtttt < 2:2693313/91‑1 (MQ=255) cGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCtttt > 1:1771382/1‑91 (MQ=255) gaagaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCttttt > 2:127012/1‑91 (MQ=255) aagaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCtttttt < 1:932401/91‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 2:160451/91‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 1:2004774/91‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg > 2:1473028/1‑91 (MQ=255) agaagaaAAAGCACAGACCATTACCGCAATTTGGAGTTTCGAAAGGCAGAATTATTATTTAAGTCATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 2:3947157/91‑1 (MQ=17) gaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgt < 1:3317337/91‑1 (MQ=255) gaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGa > 1:577680/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAt > 2:1802180/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAt > 2:2045637/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAt < 1:3026379/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAt > 1:725436/1‑91 (MQ=255) 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aatCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaa < 2:792909/89‑1 (MQ=255) aTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaa > 1:1849065/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaa > 2:3895924/1‑91 (MQ=255) aCCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTAC < 1:2262747‑M1/91‑1 (MQ=255) aCCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTAC < 2:1938140‑M1/91‑1 (MQ=255) aCCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTAC < 1:2947937‑M1/91‑1 (MQ=255) aCCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTAC < 1:2470325‑M1/91‑1 (MQ=255) ccGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACT > 1:507258‑M1/1‑91 (MQ=255) 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cattagtcaacactaatgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACaaaa > 1:1228452‑M2/23‑91 (MQ=255) cattagtcaacactaatgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACaaaa > 1:3258164‑M2/23‑91 (MQ=255) attagtcaacactaatgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACaaaaa > 1:1631749‑M2/22‑91 (MQ=255) ATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTTTTTATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTATGTCAAATGCTTGATGTAGTGTctcaacaa < 2:1331886‑M1/91‑4 (MQ=255) TTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTGGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAGTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAAt > 2:1118718‑M1/1‑91 (MQ=255) TAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATa > 2:348079‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAACAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATaa < 2:3037313‑M1/91‑1 (MQ=255) AGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATaa < 1:2884181‑M1/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |