| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 278640 | 178 (0.870) | 24 (0.130) | 8/140 | NT | 13.2% | intergenic (+235/+79) | USA300HOU_RS01215/gsiB | hypothetical protein/Glutathione‑binding protein GsiB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 278661 | 161 (0.900) | intergenic (+256/+58) | USA300HOU_RS01215/gsiB | hypothetical protein/Glutathione‑binding protein GsiB | |||||
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
AACATGATTCACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTATCGTTCAAT > USA300TCH1516_ALE/278550‑278730 | aaCATGATTCACTGAGAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATGAATACAATCATATAGGCAAATTAAACCACGCC > 1:3379076‑M1/1‑91 (MQ=255)aaCATGATTCACTGAAAGTACGTAATAATCCTTTTATTGTAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCCACTTAAACCACCCC > 2:817942‑M1/1‑91 (MQ=255) aCATGATTCACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCa > 2:1132227/1‑91 (MQ=255) aCATGATTCACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCa < 2:2413674/91‑1 (MQ=255) aCATGATTCACTGAAAGTATGAAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAGACAGAAATTAGTACAGGCATATAGGTAAGTGATACCCCGCCa < 2:2464880/91‑1 (MQ=255) aTGATTCACTGAAAGTATGTGATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATa < 1:1149270/91‑1 (MQ=255) aTGATTCACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATa > 1:2894547/1‑91 (MQ=255) tGATTCACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATaa < 1:1878125/91‑1 (MQ=255) gATTCACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAAt < 2:1380679/91‑1 (MQ=255) aTTCACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATc < 1:424450/91‑1 (MQ=255) aTTCACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATc < 2:3097106/91‑1 (MQ=255) aTTCACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATc > 1:1604168/1‑91 (MQ=255) tCACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCat < 2:855850/91‑1 (MQ=255) cACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCata > 2:2687998/1‑91 (MQ=255) aCTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCatat > 1:3575010/1‑91 (MQ=255) aaaGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGa > 1:3145561/1‑91 (MQ=255) aaaGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGa > 2:1971058/1‑91 (MQ=255) aGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATg > 2:2796406/1‑91 (MQ=255) gTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGa < 1:2209269/91‑1 (MQ=255) tATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGAc < 2:3756076/91‑1 (MQ=255) aacgattgaacgataagggagtgtgggacattgatttatgtctcagccctgcttcaactataaAAACCACGCCATAATCATATTGGATGAc > 1:2980274‑M1/64‑91 (MQ=255) aTGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCgaagtcatccaatatgatt < 2:796165‑M1/91‑20 (MQ=255) aTGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACt < 1:3832657/91‑1 (MQ=255) aTGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACt < 1:3100163/91‑1 (MQ=255) aTGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACt > 1:247143/1‑91 (MQ=255) tGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACtt > 1:2649276/1‑91 (MQ=255) gattgaacgataagggagtgtgggacattgatttatgtctcagccctgcttcaactataaGAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTc > 2:2180360‑M1/61‑91 (MQ=255) gattgaacgataagggagtgtgggacattgatttatgtctcagccctgcttcaactataaAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTc > 2:1769549‑M1/61‑91 (MQ=255) gattgaacgataagggagtgtgggacattgatttatgtctcagccctgcttcaactataaAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTc > 1:102563‑M1/61‑91 (MQ=255) gTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTc < 1:1792938/91‑1 (MQ=255) gTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTc < 2:492568/91‑1 (MQ=255) ttgaacgataagggagtgtgggacattgatttatgtctcagccctgcttcaactataaAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCgg > 1:3774277‑M1/59‑91 (MQ=255) aataatCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCgaagtcatccaatatgattatgg < 1:3247211‑M1/91‑24 (MQ=255) aataatCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCgg > 1:2326936‑M2/1‑89 (MQ=255) atCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCgaagtcatccaatatgattatggcgtg < 1:583833‑M1/91‑28 (MQ=255) atCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCggcgtg < 1:893540‑M2/91‑7 (MQ=255) atCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCggcgtg < 1:648611‑M2/91‑7 (MQ=255) tCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATCAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCggcgtgg > 2:3551719‑M2/1‑84 (MQ=255) tCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCggcgtgg > 2:2856799‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTTTATTGAAATTCATCAGACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCggcgtggtt < 2:3457548‑M2/91‑10 (MQ=255) aTTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCggcgtggtt < 1:2066889‑M2/91‑10 (MQ=255) aTTTTATTGAAATTCAGCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCggcgtggtt > 2:3781141‑M2/1‑82 (MQ=255) ttttATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCggcgtggttt > 1:1211939‑M2/1‑81 (MQ=255) ttATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGttttt < 2:2881882/91‑1 (MQ=255) aaTTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTg > 2:2555738/1‑91 (MQ=255) aaTTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTg > 2:2037402/1‑91 (MQ=255) aaTTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTg > 1:2843796/1‑91 (MQ=255) aaTTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTg > 1:797327/1‑91 (MQ=255) ttCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGaa > 2:697079/1‑91 (MQ=255) tcatcaAACAGAAATTAATACAATCAGATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAg < 2:1514570/91‑1 (MQ=255) catcaAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGc < 2:2562365/91‑1 (MQ=255) catcaAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGc < 2:1725706/91‑1 (MQ=255) atcaAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCa < 2:3312889/91‑1 (MQ=255) tcaAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACATCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAg < 2:3160606/91‑1 (MQ=255) caAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAgg < 1:2500682/91‑1 (MQ=255) aaaCAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAggg < 1:680708/91‑1 (MQ=255) aCAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCt < 1:1364125/91‑1 (MQ=255) cAGAAAGTATAACAGTCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACGTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTg < 2:3033349/91‑1 (MQ=255) aGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTAGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTga < 2:3246631/91‑1 (MQ=255) aaaTTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTgaga < 2:3884566/91‑1 (MQ=255) aaTTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGAc > 1:509440/1‑91 (MQ=255) aTTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACa < 2:759110/91‑1 (MQ=255) ttAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACAt > 2:1274938/1‑91 (MQ=255) ttAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACAt > 2:1191160/1‑91 (MQ=255) tAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATa > 1:1323392/1‑91 (MQ=255) aaTACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATaa > 1:3172346/1‑91 (MQ=255) aaTACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATaa > 1:2244897/1‑91 (MQ=255) aCAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATc < 1:772963/91‑1 (MQ=255) cAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCa > 2:1290676/1‑91 (MQ=255) atatAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTc < 1:1918321/91‑1 (MQ=255) ataAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTccc > 1:3840274/1‑91 (MQ=255) aGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCcaca > 2:2138825/1‑91 (MQ=255) aGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCcaca < 2:2970789/91‑1 (MQ=255) gCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCacac < 1:455591/91‑1 (MQ=255) cAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACt > 1:1560229/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAACCACGCCATAATCATGGTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATTGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCACACACTc < 2:3675741/91‑1 (MQ=255) aaaTTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTc > 1:1462289/1‑91 (MQ=255) aaaCCACGCCgaagtcatccaatatgattatggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaa < 1:1847770‑M1/91‑82 (MQ=255) aaaCCACGCCgaagtcatccaatatgattatggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaa < 1:2715512‑M1/91‑82 (MQ=255) aaaCCACGCCgaagtcatccaatatgattatggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaa > 1:749453‑M1/1‑10 (MQ=255) AAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTa < 1:960820‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTa > 1:365982‑M1/1‑91 (MQ=255) aaCCACGCCgaagtcatccaatatgattatggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaat > 1:3922197‑M1/1‑9 (MQ=255) AACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTAt < 2:3377212‑M1/91‑1 (MQ=255) aCCACGCCgaagtcatccaatatgattatggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattactttctgtttgatgaatttcaataaaatt > 2:3438777‑M1/1‑8 (MQ=255) ccgcGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTGGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTATCg < 2:578143/88‑1 (MQ=255) ccACGCCgaagtcatccaatatgattatggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaatga > 1:868712‑M1/1‑7 (MQ=255) CCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTATCg < 1:3271277‑M1/91‑1 (MQ=255) cACGCCATAATCATATTGGATGACTTCggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaatgat < 1:74886‑M2/91‑65 (MQ=255) CACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTATCGt < 2:3128597‑M1/91‑1 (MQ=255) aCGCCgaagtcatccaatatgattatggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaatgatt < 2:3530862‑M1/91‑87 (MQ=255) ACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTATCGtt < 1:3198450‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTATCGtt < 2:1860199‑M1/91‑1 (MQ=255) cGCCATAATCATATTGGATGACTTCggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaatgatta < 2:1117546‑M2/91‑67 (MQ=255) gCCgaagtcatccaatatgattatggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaatgattat > 2:986208‑M1/1‑3 (MQ=255) GCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTATCGTTCa > 1:1000711‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTATCGTTCa > 2:108747‑M1/1‑91 (MQ=255) cgaagtcatccaatatgattatggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaatgattatta > 1:563034‑M1/1‑1 (MQ=255) cATAATCATATTGGATGACTTCggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaatgattatta < 1:1636268‑M2/91‑70 (MQ=255) cATAATCATATTGGATGACTTCggcgtggtttaatttgcttatatgattgtattaatttctgtttgatgaatttcaataaaatgattatta < 2:2323631‑M2/91‑70 (MQ=255) | AACATGATTCACTGAAAGTATGTAATAATCATTTTATTGAAATTCATCAAACAGAAATTAATACAATCATATAAGCAAATTAAACCACGCCATAATCATATTGGATGACTTCGGCGTGGTTTTTATAGTTGAAGCAGGGCTGAGACATAAATCAATGTCCCACACTCCCTTATCGTTCAAT > USA300TCH1516_ALE/278550‑278730 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |