New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 319232 | 206 (1.010) | 24 (0.160) +TCATAATAAAATGCATATC |
11/122 | NT | 12.9% | coding (368/405 nt) | USA300TCH1516_00272 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2432264 | 219 (1.080) | intergenic (+611/+36) | birA_2/USA300HOU_RS12525 | Bifunctional ligase/repressor BirA/hypothetical protein |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CAAGATCAAACACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTCGAAACATAATTCTTCTATTATATTTAAGATTTAACT > USA300TCH1516_ALE/319144‑319322 | cAAGATCAAACACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCg > 1:2618349/1‑91 (MQ=31) cAAGATCAAACACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCg > 1:2799234/1‑91 (MQ=31) aaGATCAAACACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGc > 2:824986/1‑91 (MQ=32) aaGATCAAACACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGc > 1:141335/1‑91 (MQ=32) aGATCAAACACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCt < 1:3811607/91‑1 (MQ=33) aGATCAAACACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCt < 2:2977967/91‑1 (MQ=33) aGATCAAACACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCt > 2:2697292/1‑91 (MQ=33) gATCAAACACCTTCTTATAGAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCtt < 2:349067/91‑1 (MQ=21) gATCAAACACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCtt < 1:3612146/91‑1 (MQ=34) tCAAACACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCg > 2:3300681/1‑86 (MQ=31) aaCACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTAtttt > 2:2612502/1‑91 (MQ=40) aaCACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTAtttt > 2:1330288/1‑91 (MQ=40) anacCTTCTNATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTAttttt < 1:2237977/91‑1 (MQ=255) acacCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTAttttt < 1:109001/91‑1 (MQ=255) cacCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTc > 2:2002617/1‑91 (MQ=255) cacCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTc > 2:2002508/1‑91 (MQ=255) cacCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTc < 2:3827377/91‑1 (MQ=255) acCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCt < 1:53696/91‑1 (MQ=255) ccTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCtt > 1:194092/1‑91 (MQ=255) ccTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCtt < 2:796593/91‑1 (MQ=255) ttcttATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTgg < 2:336753/91‑1 (MQ=255) ttcttATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTgg > 1:2918133/1‑91 (MQ=255) cttATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGAt > 2:928472/1‑91 (MQ=255) ttATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGAtt > 2:1701285/1‑91 (MQ=255) ttATAAAACTATTAATCGTCTTAGAGTGCATCCTAATACTGAAGCGTTAATTGAATCTTTCCTTATTCAGTTCGCTTGTTTTTATTGGAtt > 2:3718994/1‑91 (MQ=14) tataAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGAttt < 2:3335205/91‑1 (MQ=255) aaaaCTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCtt < 1:2105328/91‑1 (MQ=255) aaaCTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTg < 1:1300135/91‑1 (MQ=255) aCTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGTTTTTTTTGta > 2:2561485/1‑91 (MQ=255) aCTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGta < 1:238181/91‑1 (MQ=255) tATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGtata > 1:1840095/1‑91 (MQ=255) aTTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTatat < 2:2783724/91‑1 (MQ=255) aTTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTCTatat > 2:3653650/1‑91 (MQ=255) aTTAATAGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTCTTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTatat > 2:649648/1‑91 (MQ=255) aTTAATAGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTatat > 1:3538534/1‑91 (MQ=255) ttAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATc > 2:70080/1‑91 (MQ=255) tAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTAATCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCa < 1:3340517/91‑1 (MQ=255) aaTCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCAt > 1:1767791/1‑91 (MQ=255) aTCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCAtt > 2:1845407/1‑91 (MQ=255) aTCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCAtt > 2:2742347/1‑91 (MQ=255) ttttAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTaa < 2:1632614/91‑1 (MQ=255) ttAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGAATTTCTTGTATATCATTTTAAAg > 2:3025224/1‑91 (MQ=255) tAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGt < 1:3435449/91‑1 (MQ=255) agagTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTg < 1:1805724/91‑1 (MQ=255) agTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGCATCTTTATTTCTTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGAt > 2:1162148/1‑91 (MQ=255) gTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATa > 2:2322190/1‑91 (MQ=255) gTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATa < 2:3538437/91‑1 (MQ=255) gAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATaaa < 1:2425012/91‑1 (MQ=255) gAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTACGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATaaa < 1:3143247/91‑1 (MQ=255) aTCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGa > 2:3362173/1‑91 (MQ=255) aTCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGa > 1:2316391/1‑91 (MQ=255) tCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTtcataataaaatgcatatcaaaaaagctgatttctattaattatttgat < 2:397984‑M1/91‑50 (MQ=255) tCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTtcataataaaatgcatatcaaaaaagctgatttctattaattatttgat < 2:1107953‑M1/91‑50 (MQ=255) tCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTtcataataaaatgcatatcaaaaaagctgatttctattaattatttgat < 1:3170852‑M1/91‑50 (MQ=255) ccTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGata > 2:2067898/1‑91 (MQ=255) ccTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTtcataataaaatgcatatcaaaaaagctgatttctattaattatttgata < 1:1643214‑M1/91‑51 (MQ=255) ccTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTtcataataaaatgcatatcaaaaaagctgatttctattaattatttgata < 1:3936839‑M1/91‑51 (MQ=255) cTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTtcataataaaatgcatatcaaaaaagctgatttctattaattatttgatag < 2:70904‑M1/91‑52 (MQ=255) tAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATAtt < 1:118651/91‑1 (MQ=255) aaTACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATAttt > 2:1952863/1‑91 (MQ=255) aaTACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTACGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATAttt > 1:3326490/1‑91 (MQ=255) aaTACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTtcataataaaaggcatataaaaaaagctgatttctattaattatttgatagaa < 2:1031922‑M1/91‑54 (MQ=255) aTACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTc < 1:1502770/91‑1 (MQ=255) aTACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTc < 2:1357028/91‑1 (MQ=255) aTACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTc > 1:1357442/1‑91 (MQ=255) tACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTtcataataaaatgcatatcaaaaaagctgatttctattaattatttgatagaaat < 1:156950‑M1/91‑56 (MQ=255) aCTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTCGa < 1:768233/91‑1 (MQ=255) aCTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTCGa > 2:2768821/1‑91 (MQ=255) aCTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATCTTAAAGTGATAAAGATATTTCGa > 2:1119746/1‑91 (MQ=255) tGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTtcataataaaatgcatatcaaaaaagctgatttctattaattatttgatagaaatcag < 1:2443849‑M1/91‑59 (MQ=255) 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cAGTTCGCTTATTTTTCTTTTTTTTTTTGTATATCATTTTAAAGTGATAATGATCTTTCGACACCTAATTCTTCTATTATATTTAAGAttc > 2:3915806/1‑90 (MQ=255) aGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTCGAAACATAATTCTTCTATTATATTTAAGATTTa < 2:1751819/91‑1 (MQ=255) aGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTCGAAACATAATTCTTCTATTATATTTAAGATTTa < 2:3192068/91‑1 (MQ=255) gTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTCGAAACATAATTCTTCTATTATATTTAAGATTTaa < 1:3095222/91‑1 (MQ=255) ttCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTCGAAACATAATTCTTCTATTATATTTAAGATTTAAc < 2:21656/91‑1 (MQ=255) tCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTCGAAACATAATTCTTCTATTATATTTAAGATTTAACt < 1:1284207/91‑1 (MQ=255) | CAAGATCAAACACCTTCTTATAAAACTATTAATCGTTTTAGAGTGAATCCTAATACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTTAAAGTGATAAAGATATTTCGAAACATAATTCTTCTATTATATTTAAGATTTAACT > USA300TCH1516_ALE/319144‑319322 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |