| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 441303 | 155 (0.760) | 24 (0.130) | 12/142 | NT | 13.8% | intergenic (+20/+93) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 441313 | 163 (0.900) | intergenic (+30/+83) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
AAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATT > USA300TCH1516_ALE/441213‑441393 | aaGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACC > 2:89915‑M1/1‑91 (MQ=255)aaGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACC > 1:3252784‑M1/1‑91 (MQ=255) aGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCt > 1:1779647/1‑91 (MQ=255) gTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGACTAATTATATATAATAAAACCACCTg > 1:3667853/1‑91 (MQ=255) gTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTg > 1:3923315/1‑91 (MQ=255) gTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTg > 1:2381307/1‑91 (MQ=255) gTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTg < 2:3320158/91‑1 (MQ=255) gTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTg > 2:2094606/1‑91 (MQ=255) gTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTg > 2:2084359/1‑91 (MQ=255) tAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTAGGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGt < 2:3718788/91‑1 (MQ=255) aGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGtt > 2:2835719/1‑91 (MQ=255) aGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGtt > 2:1142233/1‑91 (MQ=255) aGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGtt > 1:2704051/1‑91 (MQ=255) gATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGttt > 1:1929366/1‑91 (MQ=255) 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gTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCcgtgcaaacag < 2:1727483‑M1/91‑12 (MQ=255) aaCCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCcgtgcaaacaggtg < 2:2385775‑M1/91‑15 (MQ=255) aaCCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtg > 2:2626582‑M2/1‑87 (MQ=255) ccGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggt > 2:818479‑M2/1‑85 (MQ=255) cgcgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggtt < 1:1101328‑M2/91‑8 (MQ=255) cgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGCGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggtttt > 1:3954701‑M2/1‑82 (MQ=255) gTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGttttt > 2:3409362/1‑91 (MQ=255) gTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGttttt > 2:3189172/1‑91 (MQ=255) gTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAt > 2:102336/1‑91 (MQ=255) tCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAtt < 1:1852153/91‑1 (MQ=255) cTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAttt < 2:3215296/91‑1 (MQ=255) tATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTg < 2:3126835/91‑1 (MQ=255) ttACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGtt < 1:2716022/91‑1 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTgg > 1:2615514/1‑91 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTgg < 1:1909488/91‑1 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTgg > 1:2951823/1‑91 (MQ=255) tCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGaaa > 1:2868722/1‑91 (MQ=255) aaaCCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAAtt > 1:1281521/1‑91 (MQ=255) aaCCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCATCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTa > 1:3944656/1‑91 (MQ=255) ccaccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACa > 1:3495991/1‑91 (MQ=255) caccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACaa > 1:3638011/1‑91 (MQ=255) ccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATa > 2:2790438/1‑91 (MQ=255) ccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATa > 2:1266967/1‑91 (MQ=255) aaGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAg > 2:1511976/1‑91 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACCATAAgg < 1:3080347/91‑1 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAgg > 2:717818/1‑91 (MQ=255) gCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGa > 1:3750376/1‑91 (MQ=255) aTTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGaa > 1:240205/1‑91 (MQ=255) ttGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGaaa < 2:197100/91‑1 (MQ=255) aGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAgg > 1:748803/1‑91 (MQ=255) gTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAggg > 2:642505/1‑91 (MQ=255) gTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAggg > 1:2094320/1‑91 (MQ=255) 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atatataATAAAACCACCtgtttgcacgggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtca > 1:1756525‑M1/1‑18 (MQ=255) atatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCt > 1:2278134/1‑91 (MQ=255) atatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCt > 1:3760600/1‑91 (MQ=255) tatataATAAAACCACCtgtttgcacgggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcat > 2:608517‑M1/1‑17 (MQ=255) tatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTa < 1:2647433/91‑1 (MQ=255) atataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTaa > 1:300876/1‑91 (MQ=255) tataATAAAACCGCCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTAAAAAAAGGAAAGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAg < 2:1648790/91‑1 (MQ=255) taataaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGtt < 2:2316643/91‑1 (MQ=255) 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caccTGTTTGCACGggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagactacgcggtt < 2:1326166‑M2/91‑78 (MQ=255) caccTGTTTGCACGggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggtcttgatgtaatgtcatagactacgcggtt < 2:2385876‑M2/91‑78 (MQ=255) acccgtgcaaacaggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttgggggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttg > 1:2265566‑M1/1‑3 (MQ=255) accTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTaa > 2:88950/1‑91 (MQ=255) cccgtgcaaacaggtggttttattatatataattatttccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttga > 1:2827597‑M1/1‑2 (MQ=255) cccgtgcaaacaggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttga > 2:2569771‑M1/1‑2 (MQ=255) cccgtgcaaacaggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttga > 2:2246401‑M1/1‑2 (MQ=255) cccgtgcaaacaggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttga > 1:613629‑M1/1‑2 (MQ=255) ccTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAAt < 2:1887521/91‑1 (MQ=255) ccgtgcaaacaggtggttttattatatataattatgcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttgac < 2:564682‑M1/91‑91 (MQ=255) cTGTTTGCACGggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttgac < 1:2292870‑M2/91‑81 (MQ=255) cTGTTTGCACGggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttgac < 2:3081846‑M2/91‑81 (MQ=255) cTGTTTGCACGggtggttttatcatatataattattcccactcaattgtgcttggcggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttgac < 2:2323057‑M2/91‑81 (MQ=255) cTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAAtt > 1:890026/1‑91 (MQ=255) | AAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATT > USA300TCH1516_ALE/441213‑441393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |