| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 580753 | 144 (0.710) | 13 (0.080) | 7/130 | NT | 9.6% | intergenic (+47/‑34) | USA300HOU_RS02805/sigH | hypothetical protein/RNA polymerase sigma‑H factor |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 580772 | 129 (0.780) | intergenic (+66/‑15) | USA300HOU_RS02805/sigH | hypothetical protein/RNA polymerase sigma‑H factor | |||||
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
TTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAAT > USA300TCH1516_ALE/580663‑580843 | ttGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACC < 1:544430‑M1/91‑1 (MQ=255) tacAGAAATTAAAAAGATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCt < 2:1511609/89‑1 (MQ=255) gCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCtt < 2:3233067/91‑1 (MQ=255) cAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTa > 2:699660/1‑91 (MQ=255) cAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTa < 1:1636966/91‑1 (MQ=255) aTTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAAtt > 1:3316179/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAAtttt > 1:3224517/1‑91 (MQ=255) tGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTta < 1:256428/91‑1 (MQ=255) gAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTtag > 2:2220458/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTtaga < 2:2350709/91‑1 (MQ=255) aaaaaTACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTtagat > 1:907638/1‑91 (MQ=255) aaaaaTACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTtagat < 1:2361544/91‑1 (MQ=255) aTACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGaa < 1:2509452/91‑1 (MQ=255) tACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAg < 2:180762/91‑1 (MQ=255) aCGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAgg < 1:1985485/91‑1 (MQ=255) cGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGg > 1:1885439‑M2/1‑90 (MQ=255) tttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAgggg > 1:214885‑M1/56‑91 (MQ=255) gAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAGTTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGgg > 2:3482932‑M2/1‑89 (MQ=255) gAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGgg < 2:296391‑M2/91‑3 (MQ=255) gAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGgg < 1:28190‑M2/91‑3 (MQ=255) gAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGgg > 2:300014‑M2/1‑89 (MQ=255) aaGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggt < 1:771270‑M1/91‑23 (MQ=255) aaGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggt < 2:369202‑M1/91‑23 (MQ=255) agagGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggtt < 2:1219409‑M1/91‑24 (MQ=255) agagGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggtt < 1:1777728‑M1/91‑24 (MQ=255) gagGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggtta > 2:3808812‑M2/1‑86 (MQ=255) attgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTa > 2:1988354‑M1/53‑91 (MQ=255) ttgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAg > 1:28300‑M1/52‑91 (MQ=255) agGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggttag < 1:2180858‑M1/91‑26 (MQ=255) agGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTGGAACTTTTGAATCTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttag < 1:3149935‑M2/91‑7 (MQ=255) tgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGt > 1:2648917‑M1/51‑91 (MQ=255) gACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtt > 1:3439803‑M2/1‑83 (MQ=255) gACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtt > 2:3355217‑M2/1‑83 (MQ=255) gACATCATAAGAAATGACACTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtt > 1:166389‑M2/1‑83 (MQ=255) cttgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTa > 2:3927729‑M1/48‑91 (MQ=255) attgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTa > 1:2791433‑M1/48‑91 (MQ=255) ttgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTaa > 1:139765‑M1/47‑91 (MQ=255) atcatAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTCGATAGAAGGggttagtttaa < 2:2387575‑M2/91‑12 (MQ=255) tcatAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtttaat > 2:3264263‑M2/1‑79 (MQ=255) catAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATCTTAGATAGAAGGggttagtttaata < 2:2893248‑M2/91‑14 (MQ=255) atAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtttaatat < 2:1140210‑M2/91‑15 (MQ=255) tAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtttaatatt < 2:3038075‑M2/91‑16 (MQ=255) aaaTGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGaa > 2:2714265/1‑91 (MQ=255) aTGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAAt < 2:1873940/91‑1 (MQ=255) aTGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAAt < 2:1308656/91‑1 (MQ=255) aTGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAAt < 2:849172/91‑1 (MQ=255) aCATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACg < 1:2926588/91‑1 (MQ=255) aCATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACg > 1:224735/1‑91 (MQ=255) aTTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGAt < 2:2785180/91‑1 (MQ=255) tCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTg > 1:266526/1‑91 (MQ=255) gTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACa > 2:1055739/1‑91 (MQ=255) tCTTGAAAATTTGAATGTAACAATAATAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTc < 2:3431116/91‑1 (MQ=255) cTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCa < 1:1906819/91‑1 (MQ=255) ttGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCaa > 2:429750/1‑91 (MQ=255) gAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGa > 2:3589591/1‑91 (MQ=255) aaaTTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGAc < 1:977647/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGAc > 2:2045984/1‑91 (MQ=255) aaaTTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGAc < 2:1748089/91‑1 (MQ=255) tttGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTa < 1:2073787/91‑1 (MQ=255) ttGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTAc < 1:3094712/91‑1 (MQ=255) tGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACa > 2:1589664/1‑91 (MQ=255) aaTGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAAt > 1:1181500/1‑91 (MQ=255) aaTGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAAt < 1:1922280/91‑1 (MQ=255) aTGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATc > 1:3622415/1‑91 (MQ=255) gTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCaa < 1:747454/91‑1 (MQ=255) tAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCaaa > 1:859098/1‑91 (MQ=255) aaCAATATTAAACTAAGCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAAc < 2:3786309/91‑1 (MQ=255) aCAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACg > 2:2869673/1‑91 (MQ=255) aCAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACg < 1:167427/91‑1 (MQ=255) aaTATTAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttctta < 2:18473‑M1/91‑77 (MQ=255) atatTAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttat < 1:931226‑M1/91‑78 (MQ=255) ATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTaa < 1:2492823‑M1/91‑1 (MQ=255) ATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACCTaa < 1:3064719‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACa > 2:242476‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACa < 1:135183‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgat > 1:975215‑M1/1‑11 (MQ=255) ttAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgat > 1:2940779‑M1/1‑11 (MQ=255) ttAAACTAACCTAAAATTTTAGATAGAAGGggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgat < 1:3036677‑M2/91‑62 (MQ=255) tcAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGCTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACACTCAAACGTAACAAt < 2:546260‑M1/89‑1 (MQ=255) tAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatg < 1:3342630‑M1/91‑82 (MQ=255) tAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatg > 2:487309‑M1/1‑10 (MQ=255) tAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatg < 1:2852009‑M2/91‑63 (MQ=255) TAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAAt > 1:502706‑M1/1‑91 (MQ=255) AAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATg < 1:468727‑M1/91‑1 (MQ=255) aaCTAACCccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatgtc > 1:1051412‑M1/1‑8 (MQ=255) aCTAACCccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatgtcc > 1:354169‑M1/1‑7 (MQ=255) aCTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatgtcc < 1:3877923‑M2/91‑66 (MQ=255) tAACCccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatgtcctc > 2:2562847‑M1/1‑5 (MQ=255) aaCCccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatgtcctct > 1:2997777‑M1/1‑4 (MQ=255) AACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATa > 2:2126786‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATa > 2:1692105‑M1/1‑91 (MQ=255) aCCccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatgtcctctt < 2:2675987‑M1/91‑89 (MQ=255) aCCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatgtcctctt < 2:369373‑M2/91‑70 (MQ=255) aCCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatgtcctctt < 1:771415‑M2/91‑70 (MQ=255) ACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAGTaa < 1:3553849‑M1/91‑1 (MQ=255) ccccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaatttcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatgtcctcttc > 2:121356‑M1/1‑2 (MQ=255) ccccttctatctaaaatttaaggttagtttaatattgttacattcaaaaattcaagatgacggaaatgtcatttcttatgatgtcctcttc > 2:3482931‑M1/1‑2 (MQ=255) CCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATaaa > 1:3815441‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATaaa < 1:1077275‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAAt > 2:2450436‑M1/1‑91 (MQ=255) | TTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAAT > USA300TCH1516_ALE/580663‑580843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |