| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 754401 | 164 (0.810) | 22 (0.120) | 12/146 | NT | 12.6% | coding (379/459 nt) | USA300HOU_RS03685 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 754417 | 155 (0.830) | coding (363/459 nt) | USA300HOU_RS03685 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TCGTTTCATGTTAATCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAATTGTATAT > USA300TCH1516_ALE/754311‑754491 | tCGTTTCATGTTAATCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGG > 2:1020724‑M1/1‑91 (MQ=255)tCGTTTCATGTTAATCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGG > 2:351476‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTTCATGTTAATCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTgggg > 1:1081671/1‑91 (MQ=255) gTTTCATGTTAATCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTgggg < 2:1209952/91‑1 (MQ=255) tttCATGTTCATCCAGCTCCTTAATTCGGTGACTGCGTTTTAATAGTGGTTGTTCACACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTggggg < 2:3566759/91‑1 (MQ=255) ttCATGTTAATCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGa < 1:2023975/91‑1 (MQ=255) tCATGTTAATCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGAc > 1:1339942/1‑91 (MQ=255) cATGTTAATCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGAcc < 2:2410161/91‑1 (MQ=255) aTGTTAATCCAGCTCCTTAATTCGATGGATGACTTGTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCt < 2:549975/91‑1 (MQ=255) aTGTTAATCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCt < 1:3843292/91‑1 (MQ=255) aaTCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTtgtg > 1:1560874/1‑91 (MQ=255) aaTCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTtgtg > 2:2938546/1‑91 (MQ=255) aTCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTgg < 2:1943840/91‑1 (MQ=255) ccAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCg < 1:2877173/91‑1 (MQ=255) ccAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCg > 1:2411127/1‑91 (MQ=255) cAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGtcgccacaaaggtccc < 1:1835460‑M1/91‑17 (MQ=255) aGCTCCTTAGTTCGATGACTGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAc > 2:2528729‑M2/1‑90 (MQ=255) aGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGtcgccacaaaggtcccc < 2:2308490‑M1/91‑18 (MQ=255) aGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGtcgccacaaaggtcccc < 1:1150307‑M1/91‑18 (MQ=255) aGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGtcgccacaaaggtcccc < 2:262397‑M1/91‑18 (MQ=255) aGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAc > 1:3506552‑M2/1‑90 (MQ=255) aGCTCCTGAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGtcgccacaagggtcccc < 2:81682‑M1/91‑18 (MQ=255) gCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGTTCTTGTTTTGTAAAAGGTGGGGGACTTTTGTGGCGAcc < 2:2700806‑M2/91‑3 (MQ=255) gCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAcc < 2:3315336‑M2/91‑3 (MQ=255) cTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAcca > 1:3767361‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGtcgccacaaaggtcccccacctt < 1:2055787‑M1/91‑24 (MQ=255) ttAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAccacctt < 2:109906‑M2/91‑8 (MQ=255) tAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTg > 1:1557147/1‑91 (MQ=255) aTTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGtt < 1:1458383/91‑1 (MQ=255) ttCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGttt < 2:3333316/91‑1 (MQ=255) tCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGtttt < 1:2966302/91‑1 (MQ=255) tCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGtttt < 2:2895963/91‑1 (MQ=255) tCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGtttt < 2:25916/91‑1 (MQ=255) gATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCt < 1:404355/91‑1 (MQ=255) gATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCt < 1:675024/91‑1 (MQ=255) atgaatgaCTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGTTCTTTTTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCATCTTGTTTTCTa > 2:293630/1‑91 (MQ=255) atgaatgaCTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTa > 1:3665980/1‑91 (MQ=255) atgaCTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAAttt > 2:1765232/1‑91 (MQ=255) atgaCTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAAttt > 1:306147/1‑91 (MQ=255) aCTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTtgtg > 2:3264833/1‑91 (MQ=255) cTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGc > 2:782363/1‑91 (MQ=255) ttttAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCa < 1:3209293/91‑1 (MQ=255) ttttAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCa < 1:2103761/91‑1 (MQ=255) tttAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCAt < 2:909692/91‑1 (MQ=255) tttAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCAt < 1:2991738/91‑1 (MQ=255) ttAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCAtt > 2:711133/1‑91 (MQ=255) aTAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCat > 1:1543345/1‑91 (MQ=255) tAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTTCTTTGTAAAAGGTGGGGGTCCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTCATTTGTGCATTCata > 1:3756047/1‑91 (MQ=255) gTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTGGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTATTTTGTGCTTTCatata < 1:1315729/91‑1 (MQ=255) tGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCatatat > 1:2750662/1‑91 (MQ=255) tGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCatatat < 1:844564/91‑1 (MQ=255) aTTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCg < 2:1499840/91‑1 (MQ=255) gTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGTGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGttt > 2:2791166/1‑91 (MQ=255) ttCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTa > 1:2602371/1‑91 (MQ=255) 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gATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGttgttg < 1:3253336/91‑1 (MQ=255) gATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGttgttg < 1:643572/91‑1 (MQ=255) gATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGttgttg < 1:1011305/91‑1 (MQ=255) aTCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGa < 1:1183165/91‑1 (MQ=255) aTCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGa < 2:2603257/91‑1 (MQ=255) cTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAat > 2:2672866/1‑91 (MQ=255) gCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattca < 1:2454815‑M2/91‑60 (MQ=255) tttGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATAtttt < 2:2752766/91‑1 (MQ=255) ttGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATAttttt > 1:1893916/1‑91 (MQ=255) tGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTg < 1:2401211/91‑1 (MQ=255) gTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTgg < 1:3721809/91‑1 (MQ=255) gTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTgg > 1:3631422/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGaa < 2:577679/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGaa < 2:2255571/91‑1 (MQ=255) aaGGTGGtcgccacaaaggtcccccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaa < 2:109683‑M1/91‑85 (MQ=255) aaGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaa < 1:2056136‑M2/91‑69 (MQ=255) aaGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAAtt < 1:2116932/91‑1 (MQ=255) aGGTGGtcgccacaaaggtcccccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaag < 1:109301‑M1/91‑86 (MQ=255) aGGTGGtcgccacaaaggtcccccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaag > 1:2618726‑M1/1‑6 (MQ=255) ggtggtcgccacaaaggtcccccaccttctacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaagg > 2:2035741‑M1/1‑5 (MQ=255) ggTGGGGGACCTTTGTGGCGAccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaagg < 2:3277355‑M2/91‑71 (MQ=255) ggTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAATTGt < 2:338173/91‑1 (MQ=255) gtggtcgccacaaaggtcccccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaagga < 2:3573959‑M1/91‑88 (MQ=255) gtggtcgacacaaaggtcccccaccttttaaaaaaaaaaaaaaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaagga < 2:1041149‑M1/91‑88 (MQ=255) gTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAATTGta < 2:2079119/91‑1 (MQ=255) tggtcgccacaaaggtcccccaccttttaccaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggag > 2:1467138‑M1/1‑3 (MQ=255) tggtcgccacaaaggtcccccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggag > 2:3727521‑M1/1‑3 (MQ=255) tggtcgccacaaaggtcccccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggag > 1:3483349‑M1/1‑3 (MQ=255) tGGGGGACCTTTGTGGCGAccaccttttacaaagcaagatgaaaaagtgtttgaacaatcaccattaaaagccattcatcgaattaaggac < 2:1580926‑M2/91‑73 (MQ=255) tGGGGGACCTTTGTGGCGAccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggag < 1:1367606‑M2/91‑73 (MQ=255) tGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAATTGtat > 1:3601132/1‑91 (MQ=255) ggtcgccacaaaggtcccccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggagc > 1:1739624‑M1/1‑2 (MQ=255) ggtcgccacaaaggtcccccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggagc < 1:3215353‑M1/91‑90 (MQ=255) gggggACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAATTGtata < 1:213034/91‑1 (MQ=255) gtcgccacaaaggtcccccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaaccatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggagca > 2:3917959‑M1/1‑1 (MQ=255) gtcgccacaaaggtcccccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggagct > 2:3181256‑M1/1‑1 (MQ=255) gtcgccacaaaggtcccccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggagct > 2:2528717‑M1/1‑1 (MQ=255) ggggACCTTTGTGGCGAccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggagct < 2:429959‑M2/91‑75 (MQ=255) | TCGTTTCATGTTAATCCAGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAATTGTATAT > USA300TCH1516_ALE/754311‑754491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |