New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 754401 | 164 (0.810) | 22 (0.120) | 12/146 | NT | 12.6% | coding (379/459 nt) | USA300HOU_RS03685 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 754417 | 155 (0.830) | coding (363/459 nt) | USA300HOU_RS03685 | hypothetical protein |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
AGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAATTGTATATCTTCCCATTATGATGC > USA300TCH1516_ALE/754328‑754507 | aGCTCCTTAGTTCGATGACTGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAc > 2:2528729‑M2/1‑90 (MQ=255) aGCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAc > 1:3506552‑M2/1‑90 (MQ=255) gCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAcc < 1:3215353‑M2/91‑3 (MQ=255) gCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAcc > 1:1432965‑M2/1‑89 (MQ=255) gCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAcc < 2:3315336‑M2/91‑3 (MQ=255) gCTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAcc > 1:1739624‑M2/1‑89 (MQ=255) cTCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAcca > 1:3767361‑M2/1‑88 (MQ=255) tCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGTCGAccac < 2:1041149‑M2/91‑5 (MQ=255) tCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAccac > 2:3479760‑M2/1‑87 (MQ=255) tCCTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACATTTGTGGCGAccac < 2:3573916‑M2/91‑5 (MQ=255) cTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAccacct < 1:109301‑M2/91‑7 (MQ=255) cTTAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAccacct > 1:2618204‑M2/1‑85 (MQ=255) ttAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGAccacctt < 2:109906‑M2/91‑8 (MQ=255) tAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTg > 1:1557147/1‑91 (MQ=255) tAATTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTg < 2:284133/91‑1 (MQ=255) aTTCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGtt > 1:2832037/1‑91 (MQ=255) ttCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGttt > 1:2077645/1‑91 (MQ=255) ttCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGttt < 2:324820/91‑1 (MQ=255) tCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGtttt < 1:2966302/91‑1 (MQ=255) tCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGtttt > 2:3131021/1‑91 (MQ=255) tCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGtttt < 2:2895963/91‑1 (MQ=255) tCGATGAATGACTTTTAATAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGtttt < 1:3665495/91‑1 (MQ=255) 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tAGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCata > 1:3756028/1‑91 (MQ=255) aGTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCatat > 2:2525616/1‑91 (MQ=255) gTGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCatata < 2:3331941/91‑1 (MQ=255) tGATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCatatat < 1:844564/91‑1 (MQ=255) gATTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGATTTCTAATTTGTGCATTCATATATc > 1:3687782/1‑91 (MQ=255) aTTGTTCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCg < 2:1499840/91‑1 (MQ=255) tCAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTAt > 2:2275195/1‑91 (MQ=255) cAAACACTTTTTGATCTTGCTTTGTAAAAGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATc < 2:1667860/91‑1 (MQ=255) 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aaGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAAtt < 1:2116932/91‑1 (MQ=255) aGGTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAATTg < 1:2649369/91‑1 (MQ=255) ggTGGGGGACCTTTGTGGCGAccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaagcactattaaaagtcattcatcgacttaagg < 2:558542‑M2/91‑71 (MQ=255) ggTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAATTGt < 2:337994/91‑1 (MQ=255) ggTGGGGGACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAATTGt < 1:3818821/91‑1 (MQ=255) gggggACCTTTGTGGCGACCACCTTGTTTTCTAATTTGTGCATTCATATATCGTTTATCTAATAGTTGTTGAATATTTTTGGAATTGtata < 1:213034/91‑1 (MQ=255) ggggACCTTTGTGGCGAccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggagct < 2:262397‑M2/91‑75 (MQ=255) ggggACCTTTGTGGCGAccaccttttacaaagcaagatcaaaaagtgtttgaacaatcactattaaaagtcattcatcgaattaaggagct < 1:3604248‑M2/91‑75 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |