| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1030896 | 178 (0.870) | 10 (0.060) | 8/134 | NT | 5.7% | intergenic (+19/‑117) | ktrB_1/yfkN_2 | Ktr system potassium uptake protein B/Trifunctional nucleotide phosphoesterase protein YfkN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1030919 | 181 (1.060) | intergenic (+42/‑94) | ktrB_1/yfkN_2 | Ktr system potassium uptake protein B/Trifunctional nucleotide phosphoesterase protein YfkN | |||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
ATCATTATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGT > USA300TCH1516_ALE/1030806‑1030986 | tcattATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGttt > 2:1453412/1‑91 (MQ=255) tcattATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGttt < 1:16674/91‑1 (MQ=255) cattATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTa > 2:2676362/1‑91 (MQ=255) attATGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAg > 1:2754102/1‑91 (MQ=255) tGATAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTaa > 1:3205092/1‑91 (MQ=255) aTAGCAGGACGTCGAGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATg > 1:676144/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |