New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1030896 | 178 (0.870) | 10 (0.060) | 8/134 | NT | 5.7% | intergenic (+19/‑117) | ktrB_1/yfkN_2 | Ktr system potassium uptake protein B/Trifunctional nucleotide phosphoesterase protein YfkN |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1030919 | 181 (1.060) | intergenic (+42/‑94) | ktrB_1/yfkN_2 | Ktr system potassium uptake protein B/Trifunctional nucleotide phosphoesterase protein YfkN |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
AGAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTCGAAAATGGTAAACTAGTAACAATGAGAGGTGT > USA300TCH1516_ALE/1030829‑1031009 | gAACCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGa < 1:3801516‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGaa < 2:2307679‑M2/91‑3 (MQ=255) aaCCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGaa > 1:435005‑M2/1‑89 (MQ=255) aCCAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATCTAGATTTTAACTGGaac < 1:3388655‑M2/91‑4 (MQ=255) cAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGaactt < 1:3633820‑M2/91‑6 (MQ=255) cAGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGaactt < 1:9160‑M2/91‑6 (MQ=255) aGATAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGaactta > 1:2407311‑M2/1‑85 (MQ=255) aTAACTTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGCTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGaacttaga < 2:788241‑M2/91‑9 (MQ=255) aTAAATTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGaacttaga < 1:1632561‑M2/91‑9 (MQ=255) aTTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGaacttagattgc > 1:3571218‑M2/1‑79 (MQ=255) aTTCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGaacttagattgc > 1:2364799‑M2/1‑79 (MQ=255) aTTCCATGATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGTaacttagattgc > 1:1687967‑M2/1‑79 (MQ=255) ttCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGaacttagattgct < 1:2667036‑M2/91‑14 (MQ=255) ttCCATTATCCAAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGaacttagattgct < 1:820305‑M2/91‑14 (MQ=255) 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aaaGAACGTATTCAAATTGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGt < 2:207493/91‑1 (MQ=255) aGAACGAATTCAAAAAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGAATTTAACTGGAACTTAGAATGCTTTTTTAGTTTGTAt > 2:298344/1‑91 (MQ=255) aCGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTAtttt < 1:526836/91‑1 (MQ=255) aCGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTAtttt > 2:3688764/1‑91 (MQ=255) cGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTTTTTTGTtttttt > 2:706434/1‑91 (MQ=255) cGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTAttttt < 2:2216706/91‑1 (MQ=255) cGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTAttttt > 2:3484851/1‑91 (MQ=255) gTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTa > 2:2597582/1‑91 (MQ=255) 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atataataGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGAc < 1:3719880/91‑1 (MQ=255) acataataGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGAc < 1:551031/89‑1 (MQ=255) ataataGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGa > 1:1127593/1‑91 (MQ=255) taataGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGAt > 1:2218423/1‑91 (MQ=255) taataGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGAt < 1:2246897/91‑1 (MQ=255) aataGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGAtt > 1:3193328/1‑91 (MQ=255) aataGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGAtt < 2:882895/91‑1 (MQ=255) ataGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGCTTg > 2:951724/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |