| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1034056 | 120 (0.590) | 16 (0.100) | 8/130 | NT | 12.9% | intergenic (+45/+36) | USA300TCH1516_00960/USA300TCH1516_00961 | hypothetical protein/Lipoate‑‑protein ligase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1034070 | 119 (0.720) | intergenic (+59/+22) | USA300TCH1516_00960/USA300TCH1516_00961 | hypothetical protein/Lipoate‑‑protein ligase 1 | |||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
ATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATAT > USA300TCH1516_ALE/1033966‑1034146 | atcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTa > 2:3161590‑M1/77‑91 (MQ=255)atatACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTA > 1:3745487‑M1/1‑91 (MQ=255)atatACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGAATATTCTTA > 2:3140832‑M1/1‑91 (MQ=255) ataCGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAAc > 2:2205247/1‑91 (MQ=255) aagaggCAAAAAACCAACATTTGGAGGAATTTCTCGGTGAATAACATTGATACGAATTCCATAACGCATTCATAAAAGGACTATTCTTAAc < 2:3593265/87‑1 (MQ=255) aCGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAt > 1:2507017/1‑91 (MQ=255) aCGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAt > 2:1888508/1‑91 (MQ=255) aCGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAt < 1:2469298/91‑1 (MQ=255) cGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAtc > 2:3344751/1‑91 (MQ=255) cGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAtc > 1:1933785/1‑91 (MQ=255) ggCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAtct < 1:3649368/91‑1 (MQ=255) gaaGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAtctc < 2:2586823/89‑1 (MQ=255) cAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCa < 2:3059183/91‑1 (MQ=255) cAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCa < 1:2286074/91‑1 (MQ=255) cAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCa < 2:2072848/91‑1 (MQ=255) atgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCa > 2:1269305‑M1/69‑91 (MQ=255) aGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCAt < 1:325508/91‑1 (MQ=255) aaTACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATAc < 2:241059/91‑1 (MQ=255) aaTACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATAc < 1:2880971/91‑1 (MQ=255) aTACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACa < 1:2323531/91‑1 (MQ=255) tACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACAt < 1:2204965/91‑1 (MQ=255) aCAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATg < 2:3716204/91‑1 (MQ=255) cAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAcatgtatgagatgtt < 1:1385432‑M1/91‑16 (MQ=255) cAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGt < 1:1398215‑M2/91‑2 (MQ=255) cAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGt < 1:2125808‑M2/91‑2 (MQ=255) atatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtgataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGt > 2:3252824‑M1/62‑91 (MQ=255) atatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGt > 1:1060669‑M1/62‑91 (MQ=255) tatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑a > 2:2711307‑M1/61‑91 (MQ=255) tatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑a > 2:2439945‑M1/61‑91 (MQ=255) tatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑a > 1:1766871‑M1/61‑91 (MQ=255) tatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑a > 1:3270430‑M1/61‑91 (MQ=255) aaaaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGta < 1:3927611‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaa > 1:3027859‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaa < 1:1191743‑M2/91‑4 (MQ=255) aaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAcatgtatgagatgttaag < 2:3123986‑M1/91‑19 (MQ=255) catcatttcggtgacatagatagaaatgaattaattagattaatgtcataaacaattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGa > 2:2781572‑M1/58‑91 (MQ=255) aaTTTGGAGGCATTTCTTGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaaga < 2:3750133‑M2/91‑6 (MQ=255) aaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaaga < 1:1718609‑M2/91‑6 (MQ=255) aaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaaga < 1:3342896‑M2/91‑6 (MQ=255) tttGGGTGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAcatgtatgagatgttaagaat < 2:2739998‑M1/91‑22 (MQ=255) tttGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaat < 2:731109‑M2/91‑8 (MQ=255) ttGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAcatgtatgagatgttaagaata < 1:861381‑M1/91‑23 (MQ=255) tGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatag > 1:1434421‑M2/1‑82 (MQ=255) tGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatag > 1:1621183‑M2/1‑82 (MQ=255) tGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatag < 1:2116129‑M2/91‑10 (MQ=255) gAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtc < 2:1719868‑M2/91‑12 (MQ=255) ggCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtcct < 2:2309045‑M2/91‑14 (MQ=255) ggCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtcct > 2:910237‑M2/1‑78 (MQ=255) ggCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtcct > 1:281670‑M2/1‑78 (MQ=255) tctcGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATc < 1:2094917/91‑1 (MQ=255) tcGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGt < 2:1680744/91‑1 (MQ=255) gTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTa > 2:1759683/1‑91 (MQ=255) gTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAAAAGTCCTTTAATCGTTTa > 2:538877/1‑91 (MQ=255) aaTAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGa < 2:1466017/91‑1 (MQ=255) aaCATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACAt < 1:1023137/91‑1 (MQ=255) aCATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACAtt < 1:265144/91‑1 (MQ=255) aCATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACAtt > 1:1093628/1‑91 (MQ=255) ttGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAAt > 2:2626702/1‑91 (MQ=255) tGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATc < 1:3588691/91‑1 (MQ=255) ttCGGATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCATAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCtaa < 2:1367149/91‑1 (MQ=255) ttCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCtaa < 2:403009/91‑1 (MQ=255) cGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCtaatt > 2:1983523/1‑91 (MQ=255) cGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCtaatt < 1:3637309/91‑1 (MQ=255) ttCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTaattaatt < 1:2062537/91‑1 (MQ=255) ttCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTaattaatt < 1:1466201/91‑1 (MQ=255) ccATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCa < 2:2025519/91‑1 (MQ=255) ccATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCa < 2:1445284/91‑1 (MQ=255) atgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTA‑CATGTATGAGATGTTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCAt < 2:3493639‑M1/76‑1 (MQ=255) aTAACGCAATCATAAAAGGACTCTTCTTATCATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATg < 2:725395/91‑1 (MQ=255) aTAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATg < 2:289465/91‑1 (MQ=255) aCGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtct > 1:2780133/1‑91 (MQ=255) cAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatc < 1:1252736/91‑1 (MQ=255) aaTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccg < 1:1294234‑M2/91‑56 (MQ=255) aaTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatct > 1:3427428/1‑91 (MQ=255) aaTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatct < 1:3803082/91‑1 (MQ=255) aaTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatct > 1:912667/1‑91 (MQ=255) aTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatcta < 1:775476/91‑1 (MQ=255) aTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTACTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtatatcta > 2:761816/1‑91 (MQ=255) AAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAc > 1:262467‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAc < 1:2951994‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGGACTATTCTTAcatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgc > 2:523162‑M1/1‑14 (MQ=255) AGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCATTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCg < 2:3551167‑M1/91‑1 (MQ=255) ggACTATTCTTAcatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcct > 1:1697607‑M1/1‑12 (MQ=255) gACTATTCTTAcatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctc < 2:846397‑M1/91‑81 (MQ=255) gACTATTCTTAcatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctc < 2:56115‑M1/91‑81 (MQ=255) cTATTCTTAcatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctcca > 1:1621085‑M1/1‑9 (MQ=255) tATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaa < 1:989274‑M2/91‑70 (MQ=255) ATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAaataa < 2:1832871‑M1/91‑1 (MQ=255) ttCTTAcatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaat > 2:2306579‑M1/1‑6 (MQ=255) TCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATg > 2:384073‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATg > 1:440795‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTAcatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaattt < 2:2931972‑M1/91‑88 (MQ=255) CTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTCATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGa < 2:618299‑M1/91‑1 (MQ=255) tAcatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaattttt < 1:1659414‑M1/91‑90 (MQ=255) tAACATCTCATACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaattttt < 2:2827185‑M2/91‑76 (MQ=255) tAACATCTCATACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaactttt < 2:2653179‑M2/91‑76 (MQ=255) acatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaatttttg > 1:3236684‑M1/1‑1 (MQ=255) acatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaatttttg < 1:64854‑M1/91‑91 (MQ=255) acatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaatttttg < 1:2938289‑M1/91‑91 (MQ=255) acatgtatgagatgttaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaatttttg < 2:2188811‑M1/91‑91 (MQ=255) | ATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATAT > USA300TCH1516_ALE/1033966‑1034146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |