| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1034056 | 120 (0.590) | 16 (0.100) | 8/130 | NT | 12.9% | intergenic (+45/+36) | USA300TCH1516_00960/USA300TCH1516_00961 | hypothetical protein/Lipoate‑‑protein ligase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1034070 | 119 (0.720) | intergenic (+59/+22) | USA300TCH1516_00960/USA300TCH1516_00961 | hypothetical protein/Lipoate‑‑protein ligase 1 | |||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
ACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTG > USA300TCH1516_ALE/1033980‑1034159 | cAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGt > 1:2865832‑M2/1‑90 (MQ=255) cAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGt < 1:1398215‑M2/91‑2 (MQ=255) agatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgataAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGt > 2:3613399‑M1/62‑91 (MQ=255) tatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTa > 2:2439945‑M1/61‑91 (MQ=255) tatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTa > 2:2711323‑M1/61‑91 (MQ=255) aaaaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGta > 2:3132358‑M2/1‑89 (MQ=255) aaaaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGta < 1:3927611‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaa < 1:1191743‑M2/91‑4 (MQ=255) aaaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaa > 1:3027859‑M2/1‑88 (MQ=255) catcatttcggtgacatagatagaaatgaattaattagattaatgtcataaacaattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGa > 2:2781572‑M1/58‑91 (MQ=255) aaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaaga < 1:3342896‑M2/91‑6 (MQ=255) tGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatag > 1:1434421‑M2/1‑82 (MQ=255) tGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatag > 1:1621085‑M2/1‑82 (MQ=255) tGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatag > 1:808062‑M2/1‑82 (MQ=255) tttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGt > 1:1357955‑M1/53‑91 (MQ=255) gAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtc < 2:846397‑M2/91‑12 (MQ=255) ggCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtcct < 1:2070893‑M2/91‑14 (MQ=255) ggCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtcct < 2:2309045‑M2/91‑14 (MQ=255) gCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtcctt > 2:523162‑M2/1‑77 (MQ=255) gtgtctcGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAACGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTACTTTa < 2:2544173/88‑1 (MQ=255) tttCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTaa < 2:1375849/91‑1 (MQ=255) tcGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGt < 2:1680745/91‑1 (MQ=255) ggTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGttt > 1:3077067/1‑91 (MQ=255) gTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTa > 2:1759733/1‑91 (MQ=255) gTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTa > 2:1759683/1‑91 (MQ=255) tGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTAt > 1:273945/1‑91 (MQ=255) tGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTAt > 2:2906668/1‑91 (MQ=255) aaTAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGa < 2:1466017/91‑1 (MQ=255) tAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACa > 1:959442/1‑91 (MQ=255) aaCATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACAt < 1:1023137/91‑1 (MQ=255) aCATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACAtt < 1:265144/91‑1 (MQ=255) aTTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTaa > 1:3642581/1‑91 (MQ=255) aTTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTaa > 1:654216/1‑91 (MQ=255) aTTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTaa > 2:55212/1‑91 (MQ=255) ttGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAAt > 2:2626702/1‑91 (MQ=255) ttGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAAt > 1:1647240/1‑91 (MQ=255) ttGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAAt > 2:212040/1‑91 (MQ=255) tGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATc < 2:3947902/91‑1 (MQ=255) gATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCt < 1:210766/91‑1 (MQ=255) ttCGGATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCATAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCtaa < 2:1367149/91‑1 (MQ=255) ttCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGCCCTTTAATCGTTTATGCCATTAATCtaa > 1:3580668/1‑91 (MQ=255) ttgAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCGTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCtaat < 2:21928/89‑1 (MQ=255) tCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCtaat > 1:1734721/1‑91 (MQ=255) cGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCtaatt > 2:1984391/1‑91 (MQ=255) cGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCtaatt < 1:3637309/91‑1 (MQ=255) ttCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTaattaatt < 1:2062343/91‑1 (MQ=255) ttCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTaattaatt > 1:1794340/1‑91 (MQ=255) cATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCAt < 2:2176287/91‑1 (MQ=255) aTAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATg < 2:725840/91‑1 (MQ=255) aCGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtct > 1:2780496/1‑91 (MQ=255) aCGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtct > 2:374559/1‑91 (MQ=255) cAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatc < 1:1252736/91‑1 (MQ=255) aaTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatct > 1:912667/1‑91 (MQ=255) aaTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatct < 1:3803082/91‑1 (MQ=255) aaTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatct < 1:3802765/91‑1 (MQ=255) aaTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatct > 1:3427428/1‑91 (MQ=255) aTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatcta < 1:775476/91‑1 (MQ=255) aTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatcta > 1:411046/1‑91 (MQ=255) aTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTACTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtatatcta > 2:761816/1‑91 (MQ=255) tCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTctatctat > 1:248363/1‑91 (MQ=255) cATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTTATCTAATTAATTCATGTCTATCTATg < 2:2245737/91‑1 (MQ=255) tAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTc < 1:1697/91‑1 (MQ=255) aaaaGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCa > 2:3191468/1‑91 (MQ=255) AAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAc > 2:425141‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAc < 1:2905758‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAc > 1:262529‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAcc > 2:1951288‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAcc > 1:2536124‑M1/1‑91 (MQ=255) AGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCATTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCg < 2:3551167‑M1/91‑1 (MQ=255) GGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGa > 1:1473365‑M1/1‑91 (MQ=255) tATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaa < 1:989274‑M2/91‑70 (MQ=255) aTTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcacccaaa < 2:2739998‑M2/91‑71 (MQ=255) tCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaatt < 1:1078448‑M2/91‑73 (MQ=255) TCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATg > 1:2322371‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATg > 2:384073‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATg < 1:2945452‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATg > 2:2072603‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTAACATCTCATACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaattt < 1:2191642‑M2/91‑74 (MQ=255) TTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGat > 1:2263080‑M1/1‑91 (MQ=255) tAACATCTCATACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaattttt < 2:2827185‑M2/91‑76 (MQ=255) tAACATCTCATACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaactttt < 2:2653179‑M2/91‑76 (MQ=255) aaCATCTCATACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaatttttg < 2:3114288‑M2/91‑77 (MQ=255) aCATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGAtata < 2:3447118/91‑1 (MQ=255) cATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATaa < 2:59015/91‑1 (MQ=255) cATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATaa > 1:3691662/1‑91 (MQ=255) cATCTCAAACAAGTAAGAATAGTCCTGTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATaa < 2:1582306/91‑1 (MQ=255) tctcATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAAt > 2:1979032/1‑91 (MQ=255) tctcATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAAt < 2:3265810/91‑1 (MQ=255) ctcATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATc > 2:634198/1‑91 (MQ=255) tcATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCa < 1:534834/91‑1 (MQ=255) tcATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCa < 1:1309985/91‑1 (MQ=255) tcATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCa > 1:3265611/1‑91 (MQ=255) cATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCat > 1:1461751/1‑91 (MQ=255) cATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCat > 2:1741115/1‑91 (MQ=255) aTACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCata > 1:2120847/1‑91 (MQ=255) tACATGtaagaatagtccttttatgattgcgttatggaattcgaatcaatgttattcaccgagaaatgcctccaaatttttgtattctgcc < 1:1025858‑M2/91‑86 (MQ=255) tACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCatat > 2:3820789/1‑91 (MQ=255) aCATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATAtt < 2:2579106/91‑1 (MQ=255) taTGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTc < 2:3921849/90‑1 (MQ=255) tGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTg > 2:2936061/1‑91 (MQ=255) | ACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTG > USA300TCH1516_ALE/1033980‑1034159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |