| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1138356 | 199 (0.980) | 13 (0.070) | 9/140 | NT | 6.8% | intergenic (‑121/+82) | isdB/isdA | Iron‑regulated surface determinant protein B/Iron‑regulated surface determinant protein A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1138378 | 181 (1.020) | intergenic (‑143/+60) | isdB/isdA | Iron‑regulated surface determinant protein B/Iron‑regulated surface determinant protein A | |||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
TCAACTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAGTGTGACGATGATTTATTTAGA > USA300TCH1516_ALE/1138266‑1138446 | cAACTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGtt > 2:268205/1‑91 (MQ=255) cAACTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGtt < 1:140712/91‑1 (MQ=255) aaCTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTta < 1:3626890/91‑1 (MQ=255) attGATAATGATTATCAGTTGATTACGTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTtat > 2:3872787/3‑91 (MQ=255) aCTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTtat < 2:1715981/91‑1 (MQ=255) cTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTtata > 2:3659247/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |