New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1138356 | 199 (0.980) | 13 (0.070) | 9/140 | NT | 6.8% | intergenic (‑121/+82) | isdB/isdA | Iron‑regulated surface determinant protein B/Iron‑regulated surface determinant protein A |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1138378 | 181 (1.020) | intergenic (‑143/+60) | isdB/isdA | Iron‑regulated surface determinant protein B/Iron‑regulated surface determinant protein A |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
TGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAGTGTGACGATGATTTATTTAGATTCTTTTCTTTTGAAAAGTAAT > USA300TCH1516_ALE/1138288‑1138468 | gATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGa < 1:3850594‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTACTTGTATTGTACATTGAAATGGTAGTTAATTGCAACGTTATTCTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGac > 1:424599‑M2/1‑89 (MQ=255) ttACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGaca < 1:2776123‑M2/91‑4 (MQ=255) aCTTCTATTGTACATTGCAATGTTAGTTCATTCCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTCTGTTATAGATTATGCAATATCTATCacata < 2:1016746‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATCACATATGTTATAGATTATGAAATATCTATGacatat < 2:3919926‑M2/91‑7 (MQ=255) tgtattgtaCATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGacataggt > 1:864664‑M2/1‑83 (MQ=255) 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ttaATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATaaaaaa > 2:1516700/1‑91 (MQ=255) ttaATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATaaaaaa > 2:3406430/1‑91 (MQ=255) ttaATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATaaaaaa > 2:413457/1‑91 (MQ=255) ttaATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATaaaaaa < 2:3747891/91‑1 (MQ=255) taATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAat < 2:2960351/91‑1 (MQ=255) taATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAat < 2:359020/91‑1 (MQ=255) caaTTGCACCGTTATTTTATAAAACACTAACCTCTGTTCTAGATTATGAAATCTCTATGACATCGGCTCAATAAAATTTACCATaaacaac > 2:3953178/2‑90 (MQ=255) aaTTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAata < 2:1117889/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |