| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1678311 | 179 (0.880) | 18 (0.110) | 9/132 | NT | 9.9% | intergenic (+57/+93) | glyQS/recO | Glycine‑‑tRNA ligase/DNA repair protein RecO |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1678323 | 179 (1.070) | intergenic (+69/+81) | glyQS/recO | Glycine‑‑tRNA ligase/DNA repair protein RecO | |||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
ACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACACATCTATGTGGCTACTTGAATACCTTTTATTATTTTATGTTATTGTTCC > USA300TCH1516_ALE/1678234‑1678413 | aCTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGc < 2:2674335‑M2/91‑2 (MQ=255) cTGAACAAACAAAATTCTAATTACAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGCGATACTGGTTAGTAAAATTGcc < 2:2556801‑M2/91‑3 (MQ=255) cTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGcc > 1:1989768‑M2/1‑89 (MQ=255) tGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGcca > 1:518355‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaaaaCAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATCTGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGccagt < 2:1573522‑M2/91‑6 (MQ=255) aaaaCAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGccagtat < 1:102018‑M2/91‑8 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |