| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2388299 | 138 (0.680) | 20 (0.130) | 11/126 | NT | 14.9% | intergenic (+34/+68) | ribZ_1/sarV | Riboflavin transporter RibZ/HTH‑type transcriptional regulator SarV |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2388344 | 121 (0.760) | intergenic (+79/+23) | ribZ_1/sarV | Riboflavin transporter RibZ/HTH‑type transcriptional regulator SarV | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTAC > USA300TCH1516_ALE/2388254‑2388434 | gaagtgttaagcgttacaaactaaaaactTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACt > 1:41989‑M1/30‑91 (MQ=255)gCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCTATTATGATGTACt > 2:275379/1‑91 (MQ=255)gCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACt > 2:1861935/1‑91 (MQ=255) ccATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTg > 1:1954103‑M2/1‑90 (MQ=255) ccATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCAAGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATATACTg < 1:3670911‑M2/91‑2 (MQ=255) aagtgttaagcgttacaaactaaaaactTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTg > 1:2227179‑M1/29‑91 (MQ=255) aagtgttaagcgttacaaactaaaaactTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTg > 1:628184‑M1/29‑91 (MQ=255) aagtgttaagcgttacaaactaaaaactTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTg > 1:166916‑M1/29‑91 (MQ=255) cATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTga < 1:1898390‑M2/91‑3 (MQ=255) gAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattg > 1:2068965‑M2/1‑86 (MQ=255) aCTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggc < 1:1535212‑M2/91‑8 (MQ=255) tAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcat > 1:1595537‑M2/1‑82 (MQ=255) tAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcat > 2:132569‑M2/1‑82 (MQ=255) gcgttacaaactaaaaactTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATg > 2:2879059‑M1/20‑91 (MQ=255) aaaTATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatg < 1:1633617‑M2/91‑11 (MQ=255) aaaTATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatg < 2:3367051‑M2/91‑11 (MQ=255) aaaTATCTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatg < 2:2151128‑M2/91‑11 (MQ=255) atTTATATTCAAAAGTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAGGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgcttt > 1:1035869‑M2/1‑77 (MQ=255) atTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGCTGTACTgcttggcatgcttt < 2:3804312‑M2/91‑15 (MQ=255) ttATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgcttttt > 2:3632478‑M2/1‑75 (MQ=255) atatTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTaa < 2:2814092/91‑1 (MQ=255) atatTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTAATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTaa > 2:2435671/1‑91 (MQ=255) tCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGttt < 1:706142/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGtt < 2:676894/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGtt < 2:503482/91‑1 (MQ=255) TAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGttt < 1:2718551‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTg < 1:3089872‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGt < 1:1863305‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgatttgcatgctttttatttttgaatataaata < 2:1191069‑M2/91‑34 (MQ=255) AAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTaa < 1:3707777‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAAc > 1:2545170‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAAc < 2:2087991‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAAc < 1:1079173‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAAc < 2:2658480‑M1/91‑1 (MQ=255) gCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatt < 2:1772262‑M2/91‑36 (MQ=255) GCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACg > 2:1711762‑M1/1‑91 (MQ=255) GCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATATACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACg < 1:2590933‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatattta < 1:3763630‑M2/91‑38 (MQ=255) tGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatttag < 1:2306339‑M2/91‑39 (MQ=255) ccAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcttgctttttatttttgaatataaatatttagtt < 1:3357425‑M2/91‑41 (MQ=255) ccAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatttagtt < 1:1752027‑M2/91‑41 (MQ=255) cAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcctcctttttatttttgactataaacatctagttc < 2:2663357‑M2/91‑42 (MQ=255) cAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatttagttc < 1:1006693‑M2/91‑42 (MQ=255) CAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAac > 1:3826960‑M1/1‑91 (MQ=255) CAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAac < 1:1510649‑M1/91‑1 (MQ=255) CAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAac > 1:2903179‑M1/1‑91 (MQ=255) ATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAacac > 1:2443204‑M1/1‑91 (MQ=255) gatctGTTCATCATGTGTCTGTCCCCAAGACGCAAGTATGATGTAGTGAGTGGCATGCTTTTTAAGCTTTTAGTTTGTAGCGCTGAACACt < 2:30356/89‑1 (MQ=255) TCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACt < 1:2687790‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACt > 2:587235‑M1/1‑91 (MQ=255) ctctATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatttagttcatgg < 2:1547359‑M2/91‑46 (MQ=255) ctATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCt > 1:3224826/1‑91 (MQ=255) aTTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTAt > 2:2230948/1‑91 (MQ=255) catcatTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTc > 2:712870/1‑91 (MQ=255) catcatTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTc > 1:1344253/1‑91 (MQ=255) atcatTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTAGTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCt < 2:3120420/91‑1 (MQ=255) atcatTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCt < 1:143425/91‑1 (MQ=255) catTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCttt > 1:3101381/1‑91 (MQ=255) atTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTa < 2:2549325/91‑1 (MQ=255) atTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTa > 2:870894/1‑91 (MQ=255) atTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTa < 1:734372/91‑1 (MQ=255) ttGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGt > 2:2385543/1‑91 (MQ=255) 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aCGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACaa > 1:3537615/1‑91 (MQ=255) aCGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACaa > 2:1838741/1‑91 (MQ=255) aCGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACaa < 1:2934217/91‑1 (MQ=255) cGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAAt < 1:108475/91‑1 (MQ=255) cGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAAt < 2:1462272/91‑1 (MQ=255) cGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAAt > 2:479038/1‑91 (MQ=255) gCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAAtt > 1:589274/1‑91 (MQ=255) cacctATGACGTACTGATTGGCCGGCTTCTCAAGATTTTAGTCTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAAttt > 2:2919391/5‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |