| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2684290 | 146 (0.720) | 17 (0.100) | 9/136 | NT | 11.5% | intergenic (+49/+121) | mvaS/ogt | Hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase/Methylated‑DNA‑‑protein‑cysteine methyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2684307 | 138 (0.800) | intergenic (+66/+104) | mvaS/ogt | Hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase/Methylated‑DNA‑‑protein‑cysteine methyltransferase | |||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TCGTGAATATCACAGACCAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTCCTAATGCCTG > USA300TCH1516_ALE/2684217‑2684397 | tCGTGAATATCACAGACCAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATc > 1:1782232/1‑91 (MQ=255) ttcaataatgtgtcaaataggcataatgaattcattcaatacgaagtgttataaatagagaaCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATc > 2:3920123‑M1/63‑91 (MQ=255) tcaataatgtgtcaaataggcataatgaattcattcaatacgaagtgttataaatagagaaCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCg > 1:107670‑M1/62‑91 (MQ=255) caataatgtgtcaaataggcataatgaattcattcaatacgaagtgttataaatagagaaCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGt > 2:558835‑M1/61‑91 (MQ=255) gAATATCACAGACCAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCgtct > 1:3854860‑M2/1‑87 (MQ=255) tatCACAGACCAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCgtcttac < 1:519515‑M2/91‑8 (MQ=255) ccagACCAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAATCCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCgtcttactgct > 2:53831‑M2/2‑80 (MQ=255) acaGACCAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCgtcttactgct < 2:1261399‑M2/91‑12 (MQ=255) caGACCAGAGTAATCTGTGTATTTGAAAGACATTTAAATATAACCTAAAAACAGCAGTAAGACCACTTCTCATT‑GAAATCGTCTTActgct < 2:2298881/91‑1 (MQ=255) aCCAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTtc < 1:2210151/91‑1 (MQ=255) ccAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTtct > 2:1533201/1‑91 (MQ=255) ccAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTtct > 1:2814085/1‑91 (MQ=255) cAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTtctc < 1:2360405/91‑1 (MQ=255) agtagtCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTAt > 1:337605/1‑91 (MQ=255) agtagtCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTAt > 2:2519791/1‑91 (MQ=255) agtagtCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTAt > 2:3709852/1‑91 (MQ=255) agtagtCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTAt > 1:505383/1‑91 (MQ=255) agtagtCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGATGTTCTCTAt > 1:1927467/1‑91 (MQ=255) gtagtCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTAtt > 1:1420566/1‑91 (MQ=255) tagtCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGGTGTTCTCTAttt < 1:3026129/91‑1 (MQ=255) gtCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTtat < 1:2328671/91‑1 (MQ=255) gtCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTtat > 2:791205/1‑91 (MQ=255) gtCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTtat > 2:859063/1‑91 (MQ=255) tCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTtata < 1:3438389/91‑1 (MQ=255) cGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATaa < 2:1662169/91‑1 (MQ=255) cGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATaa < 1:947244/91‑1 (MQ=255) cGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATaa < 1:1713366/91‑1 (MQ=255) ggTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAac > 1:2757756/1‑91 (MQ=255) gtgtATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAaca > 2:3347290/1‑91 (MQ=255) gtgtATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAaca < 2:710487/91‑1 (MQ=255) tgtATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAacac < 1:1034874/91‑1 (MQ=255) tATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACtt < 2:3922936/91‑1 (MQ=255) tATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACtt < 1:3115782/91‑1 (MQ=255) tATTTAAAACACATAC‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACtt > 2:1943727/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCgtcttactgctgcttttaggttttattatatg > 2:3402675‑M2/1‑59 (MQ=255) tttAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCg > 2:956680/1‑91 (MQ=255) tttAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCg > 2:234282/1‑91 (MQ=255) ttAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGt < 2:373082/91‑1 (MQ=255) aaaaCACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTAt > 1:455924/1‑91 (MQ=255) aaaCACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTAtt > 1:2283372/1‑91 (MQ=255) aaCACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtg > 1:1508241/1‑91 (MQ=255) aaCACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtg < 2:1550671/91‑1 (MQ=255) aaCACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtg < 1:3564879/91‑1 (MQ=255) acacATAT‑AATAAAACCTAAGAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtga < 2:613034/91‑1 (MQ=255) acacATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtga < 1:2397091/91‑1 (MQ=255) cacaTAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgaa < 1:1006092/91‑1 (MQ=255) caTAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgactg > 2:1123959/1‑91 (MQ=255) caTAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgaatg > 1:26607/1‑91 (MQ=255) caTAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgaatg > 1:82514/1‑91 (MQ=255) atat‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgaatga > 1:349963/1‑91 (MQ=255) tat‑aATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATtgaatgaa < 2:1589195/91‑1 (MQ=255) at‑aataAAACCTAAGAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTgaatgaat < 1:3792317/91‑1 (MQ=255) at‑aataAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTgaatgaat < 2:3281022/91‑1 (MQ=255) at‑aataAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTgaatgaat < 1:2471481/91‑1 (MQ=255) aaaaCCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCAtt < 1:366905/91‑1 (MQ=255) aaaCCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTa < 1:2474284/91‑1 (MQ=255) aaCCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTAt > 2:1790256/1‑91 (MQ=255) aCCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTAGTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATg < 2:3549071/91‑1 (MQ=255) ccTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGc > 1:1116981/1‑91 (MQ=255) ccTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTAATGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGc > 2:2550057/1‑91 (MQ=255) tAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCt > 2:669113/1‑91 (MQ=255) aaGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTAtt > 2:2481758/1‑91 (MQ=255) aaCAGCAGTAAGACGATTTC‑AATTAGAAGTGGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTAttt < 1:3751380‑M1/89‑1 (MQ=255) CAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGa > 2:213181‑M1/1‑91 (MQ=255) CAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGa < 2:2907262‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCAGTAGGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTACTGCTCTCTACTTATAACACTTCGTATTGAGTGAATTCAATATGCCTATTTGac < 2:3671836‑M1/91‑1 (MQ=255) cagTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCgtcttactgctgcttttaggttttattatatgtgttttaaatacaccgactactctggtctgtga < 1:1901118‑M2/91‑66 (MQ=255) CAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGacac < 2:1999110‑M1/91‑1 (MQ=255) AGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGAcaca < 1:3450041‑M1/91‑1 (MQ=255) AGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCATATTTGAcaca < 2:1802061‑M1/91‑1 (MQ=255) GTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACat < 2:3889214‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACatt < 1:393514‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACatt < 2:2118115‑M1/91‑1 (MQ=255) aGACCACTTCTAATT‑GAAATCgtcttactgctgcttttaggttttattatatgtgttttaaatacaccgactactctggtctgtgatattc < 1:1904488‑M2/91‑71 (MQ=255) AGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACattat > 2:170009‑M1/1‑91 (MQ=255) AGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACattat < 1:849834‑M1/91‑1 (MQ=255) GACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACattatt > 1:2201292‑M1/1‑91 (MQ=255) GACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACattatt > 2:2008712‑M1/1‑91 (MQ=255) 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tAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTc < 1:2709906/91‑1 (MQ=255) tAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTc < 2:330446/91‑1 (MQ=255) tAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTc < 1:2600394/91‑1 (MQ=255) tAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTACTTGACACATTATTGAAGTTTTc > 2:3185154/1‑91 (MQ=255) aaTT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTcc > 2:1009779/1‑91 (MQ=255) aaTT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTcc < 2:1189218/91‑1 (MQ=255) aaTT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTcc < 2:2653977/91‑1 (MQ=255) aaTT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTcc > 1:3410174/1‑91 (MQ=255) aTT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTCCt > 1:597117/1‑91 (MQ=255) aTCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTCCTAATGcc < 2:281111/91‑1 (MQ=255) tCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTCCTAATGCCt < 1:68045/91‑1 (MQ=255) tCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTCCTAATGCCt < 1:3839560/91‑1 (MQ=255) tCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTCCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTCCTAATGCCt < 1:3355146/91‑1 (MQ=255) cGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTCCTAATGCCTg > 2:3028881/1‑91 (MQ=255) | TCGTGAATATCACAGACCAGAGTAGTCGGTGTATTTAAAACACATAT‑AATAAAACCTAAAAGCAGCAGTAAGACCACTTCTAATT‑GAAATCGTCTTACTGCTGTTCTCTATTTATAACACTTCGTATTGAATGAATTCATTATGCCTATTTGACACATTATTGAAGTTTTCCTAATGCCTG > USA300TCH1516_ALE/2684217‑2684397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |