| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1 = | 0 (0.000) | 31 (0.020) +ATAAAAAGAC |
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| ? | NC_012417 | 3071 = | 1228 (0.590) | intergenic (‑397/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 2725 total aligned reads displayed.
TAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2980‑3125 | aCTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CC > 1:2731083‑M1/1‑91 (MQ=255) cTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCC > 2:1870315‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCC < 2:920036‑M1/91‑1 (MQ=255) tCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCC < 2:2086640‑M1/91‑1 (MQ=255) tCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCC > 2:2181694‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGATTATATAAATATAGCTGTAACTGCTTATACTATAGTCTTTACCCGCGCTTTAGTGCGAGAAAGGAAACTTTGCCACTCAC‑A‑A‑A‑cccc > 2:1038110/1‑91 (MQ=255) 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tatatataGCAGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACATGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTAtatt < 2:65368/91‑1 (MQ=255) atatataACTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTAtatta < 2:1354651/91‑1 (MQ=255) tatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTAtattat > 1:2390424/1‑91 (MQ=255) tataTCTGTAACTGTTGATAGTACAGTGTTGAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTGGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATAttatta < 1:3566581/91‑1 (MQ=255) aGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAgg > 2:2868501/1‑91 (MQ=255) gCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCACAGTTATATTATTAAGgt > 2:1172039/1‑91 (MQ=255) tGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGgtgt < 1:3011744/91‑1 (MQ=255) tAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCg > 2:3815552/1‑91 (MQ=255) 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gATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTG‑AAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTaaa > 2:566706/1‑91 (MQ=255) tatTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaat < 2:455188/91‑1 (MQ=255) atTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaata < 1:3298063/91‑1 (MQ=255) ttACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaataa > 1:1789248/1‑91 (MQ=255) ttACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaataa < 1:489664/91‑1 (MQ=255) ttACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaataa > 1:1414268/1‑91 (MQ=255) aCAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATa < 2:3387184‑M2/91‑2 (MQ=255) gtgtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATactg > 1:3077174‑M2/1‑87 (MQ=255) 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TAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAA‑A‑A‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2980‑3125 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |