New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 425019 | 196 (0.960) | 13 (0.070) | 10/146 | NT | 6.8% | intergenic (+34/‑392) | USA300HOU_RS01985/gpmA_1 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 425031 | 176 (0.950) | intergenic (+46/‑380) | USA300HOU_RS01985/gpmA_1 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TTAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATATTTGAAAATGTAGATAAGATAGGATTAAAAAGTAATAAATTAATAT > USA300TCH1516_ALE/424941‑425121 | ttAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGt < 1:2740260/91‑1 (MQ=255) ttAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGt < 2:3621709/91‑1 (MQ=255) tAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTc < 2:892858‑M2/91‑2 (MQ=255) tAATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTc > 1:3278501‑M2/1‑90 (MQ=255) aTTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTcat < 2:274144‑M2/91‑4 (MQ=255) aTTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTcat < 2:74001‑M2/91‑4 (MQ=255) 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gagCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTc < 1:1241188/91‑1 (MQ=255) gCTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCaa < 1:3050879/91‑1 (MQ=255) cTATGCGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAat > 2:2523239/1‑91 (MQ=255) cGTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGta > 1:1386481/1‑91 (MQ=255) gTAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGtat < 1:3522845/91‑1 (MQ=255) tAAATAATAAAAAAATTCAATTGGACATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGtatt < 1:3682886/91‑1 (MQ=255) tAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGtatt < 1:3809825/91‑1 (MQ=255) tAAATAATAAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGtatt < 1:789140/91‑1 (MQ=255) aaaTAATAAAAAAATTCAATTGTAAAGTGAAATAAAGATTGCATTCAGTTGTCATCGTTTTTATTTGCGTGAAAATGTTCAATATGtatga < 2:602772/91‑3 (MQ=255) ataataAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATtata > 2:1507465/1‑91 (MQ=255) ataataAAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATAGTCAATATGTATtata > 2:3032731/1‑91 (MQ=255) taataaAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTataa > 1:2448129/1‑91 (MQ=255) aataaAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTataat > 2:2789695/1‑91 (MQ=255) aataaAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTataat > 2:312075/1‑91 (MQ=255) aataaAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTataat > 1:2640417/1‑91 (MQ=255) ataaAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGGGAAAATGGTCAATATGTATTataata < 2:2239699/91‑1 (MQ=255) taaAAAAATTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAatat < 2:1180493/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATAtt < 2:2537209/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATAtt > 2:942282/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATAtt < 1:3856599/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATAtt < 1:270076/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGGGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATGttt < 2:598709/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATAttt > 2:1566809/1‑91 (MQ=255) aaaaTTCAATTGGAAATTGAAATAAAGATGGCATTCAGTTGTCATCTTTTTTATTTGCGTGAAAATGGTCAATATGTATTATAATATTTGa > 2:1326250/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |