BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	512620 =	83 (1.340)	47 (1.100) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	34/178	NT	45.2%	intergenic (+688/‑6075)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
*	?	USA300TCH1516_ALE	1998278 =	NA (NA)	47 (1.100) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	34/178	NT	45.2%	intergenic (‑6/+3329)	USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883	tRNA‑Val/tRNA‑Ala

Only 100 of 161 total aligned reads displayed.

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512759

gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa                                                                                                                                             >  1:250106/1‑140 (MQ=255)

 ggCGTTCAGTACAGATGACATAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                            <  2:481502/140‑1 (MQ=255)

 ggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                            <  2:556247/140‑1 (MQ=255)

  gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaa                                                                                                                                           >  1:395852/1‑140 (MQ=255)

   cacctgttcccatgccgaacccagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaatttttgttaagaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                          <  1:125705‑M1/4‑1 (MQ=255)

     ttCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg                                                                                                                                        >  1:340612/1‑140 (MQ=255)

         gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt                                                                                                                                    >  1:19767/1‑140 (MQ=255)

         gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATAACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt                                                                                                                                    >  1:272932/1‑140 (MQ=255)

             catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaaaaaaaAAAAAATTATTGAc                                                                                                                                <  1:153447‑M1/14‑1 (MQ=255)

             catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaatttaagttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                <  1:508979‑M1/14‑1 (MQ=255)

             catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgccagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAACTTCTTGAc                                                                                                                                <  2:144810‑M1/14‑1 (MQ=255)

             agagGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTAGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                <  2:473398/140‑1 (MQ=255)

             aGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                <  1:686066/140‑1 (MQ=255)

                      aGGTGTAAGTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGTCTGTATAATATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                       <  1:416040/140‑1 (MQ=255)

                       ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                      >  2:616377/1‑140 (MQ=255)

                        ttgtAATTTATACTGTTGTAAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                     <  2:16697/139‑1 (MQ=255)

                        gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                     <  2:86564/140‑1 (MQ=255)

                         agaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttgggtaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTCTTGACTTAAATGGtaat                                                                                                                    <  2:453571‑M1/26‑1 (MQ=255)

                            agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgctccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaa                                                                                                                 <  1:466795‑M1/29‑1 (MQ=255)

                            agttaagctccttagcgtcgatgatagtcaaaattactttgcgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatctaattttggttaaaaaataaaatggaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaa                                                                                                                 >  2:225660‑M1/112‑140 (MQ=255)

                                 agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                            <  2:656908‑M1/34‑1 (MQ=255)

                                    gtgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCATGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                         <  2:128834/139‑1 (MQ=255)

                                    cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCACCCAAAGCAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAAGGAAAATAAATATTAAAAAGTTATTTAGGTAAATGTTAATAAAGTGTAtaa                                                                                                         >  1:421248/1‑140 (MQ=255)

                                    cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTTATAAAATGTAtaa                                                                                                         >  1:577955/1‑140 (MQ=255)

                                       ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTTAAAGTTGATAAAATggataaata                                                                                                      <  2:714266‑M1/40‑4 (MQ=255)

                                        tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                     <  1:95195/140‑1 (MQ=255)

                                        tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                     <  2:340612/140‑1 (MQ=255)

                                          gcgtcgatggtagtggaacttacgttccgctagaggagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATGAAATGTATaattaatt                                                                                                   <  2:228639‑M1/43‑1 (MQ=255)

                                            gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                 >  1:103862‑M1/96‑140 (MQ=255)

                                             tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                                                <  1:459716‑M1/46‑1 (MQ=255)

                                              gCAGTTTGAAAGCCTGTATCGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                               >  1:385726/1‑140 (MQ=255)

                                               gatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagtactttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTAGATAAAATATATAAATAATTCATGt                                                                                              <  1:322400‑M1/48‑1 (MQ=255)

                                               cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGGATAATTAATTCTTGt                                                                                              >  2:74651/1‑140 (MQ=255)

                                                 tggtagtcgaacttacgctccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagacaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                            >  1:40896‑M1/91‑140 (MQ=255)

                                                   ttGAAAGTCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                          <  2:587257/140‑1 (MQ=255)

                                                      gtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                       <  1:81802‑M1/55‑1 (MQ=255)

                                                      aaaTCCTGTATAGTATTTATTTGTTGATGCAATCAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATGTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                       <  1:244608/140‑1 (MQ=255)

                                                      aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGATTCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                       <  1:653902/140‑1 (MQ=255)

                                                      aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATTATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                       <  2:705576/140‑1 (MQ=255)

                                                      aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                       <  2:117007/140‑1 (MQ=255)

                                                       gcgaacgtacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                      >  2:297951‑M1/85‑140 (MQ=255)

                                                        aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                     >  2:553087/1‑140 (MQ=255)

                                                        aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                     >  2:303351/1‑140 (MQ=255)

                                                        aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACAAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGATAAGaa                                                                                     >  2:345660/1‑140 (MQ=255)

                                                             ttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                >  1:656908‑M1/79‑140 (MQ=255)

                                                               ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                              <  2:624325/140‑1 (MQ=255)

                                                                 aGTATTGATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAATTTAAGATATAACTTGAAATACTAACGAAAATAAATGTTAAAAAAGTATTGACTTAAATGTTAATAAAAAGTATAATTAATTCATGTCGGAAAGAAAAATGAACa                                                                            <  2:16460/140‑1 (MQ=255)

                                                                  ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt                                                                           >  1:177827‑M1/74‑140 (MQ=255)

                                                                    tcgttaaaggagaacgttgacaggcaggtttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                         >  1:103257‑M1/72‑140 (MQ=255)

                                                                     tttatttGTTGAGGCAAACAAAACGACTGATGGGAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAATTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATGAATTCTTGTAGGTAAAAAAAATGAACATTGa                                                                        >  1:172867/1‑140 (MQ=255)

                                                                         tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTACTTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                    >  2:465830/1‑140 (MQ=255)

                                                                           tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTACCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                  >  1:282226/1‑140 (MQ=255)

                                                                           agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                  >  1:204765‑M1/65‑140 (MQ=255)

                                                                             ttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                                <  1:119404/140‑1 (MQ=255)

                                                                              agaccgttgcaatgcagtttattaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt                                                               >  2:418495‑M1/62‑140 (MQ=255)

                                                                              agaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATAGAAAACtgatt                                                               <  1:706520‑M1/79‑3 (MQ=255)

                                                                                 ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAACATTAATTTTTAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAAAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                            >  2:181477/1‑140 (MQ=255)

                                                                                 ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                            >  2:556536/1‑140 (MQ=255)

                                                                                 ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGAc                                                            >  1:131497/1‑140 (MQ=255)

                                                                                 ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTAAATAAAATGTATAATTAATTCTTATCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                            >  1:21204/1‑140 (MQ=255)

                                                                                 ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAACGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                            >  1:489147/1‑140 (MQ=255)

                                                                                   gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGAAAGAAAAAAAAACATTGAAGACTGAATGACaa                                                          <  1:7663‑M1/84‑1 (MQ=255)

                                                                                   aaaaaaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAGTAATGTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGGCaa                                                          <  2:101035/139‑1 (MQ=255)

                                                                                     aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATAGAAAACTGAATGACAata                                                        >  1:72454/1‑140 (MQ=255)

                                                                                      gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                       <  1:86764‑M1/87‑1 (MQ=255)

                                                                                        aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTGATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                     <  1:640016/140‑1 (MQ=255)

                                                                                         aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATatggc                                                    <  2:403087‑M1/90‑3 (MQ=255)

                                                                                         aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                    >  2:502856/1‑140 (MQ=255)

                                                                                          aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAGAATATGtga                                                   >  2:654037/1‑138 (MQ=255)

                                                                                          aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                   >  1:582780/1‑140 (MQ=255)

                                                                                           gtagttttttaatcatattttgtttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                  >  1:171175‑M1/49‑140 (MQ=255)

                                                                                           acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                  >  2:104596/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                 ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa                                            <  1:128007‑M1/98‑1 (MQ=255)

                                                                                                  aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                           >  1:114694/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                    ctTAAAAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATAAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAAATAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTCAATGACAATCTGTCAACGTTAATTc                                         <  1:365654/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                        caaattttggttaaaaaataaaatggagaagataaTTCGAGTCACTGTCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAAGTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                     >  1:55647‑M1/36‑140 (MQ=255)

                                                                                                        aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                     >  1:359194/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                           aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                  >  2:272410/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                              ttgtttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGACGGAGACTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt                               >  1:528208‑M1/30‑140 (MQ=255)

                                                                                                               tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                              <  2:459006‑M1/112‑1 (MQ=255)

                                                                                                               tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                              <  1:586985‑M1/112‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                            >  1:607662‑M1/27‑140 (MQ=255)

                                                                                                                 gttaaaaaataaaaaggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                            <  2:492211‑M1/114‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      ttACTAACGAAATTTATTTTTAATAAGTTATTTACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTTTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGTATACTGAATGACTTTATGTCAACGTTAATAAAAAAAAACGTAACTATaa                       <  2:382787/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      ttACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGGTAAGGCCAAAAAACGTAACTATaa                       <  2:334669/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      ttACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAAAATATCTAAACGTTCATTCAAAAAAACGTAAcgacaa                       >  2:359513/1‑135 (MQ=38)

                                                                                                                      aaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                       >  1:214426‑M1/22‑140 (MQ=255)

                                                                                                                        aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                     <  2:593592/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                    <  1:123831‑M1/122‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATCACAATATGTAAACGTTAAATCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                  <  1:225027‑M1/124‑1 (MQ=255)

                                                                                                                            actaaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                 <  2:282226/137‑1 (MQ=255)

                                                                                                                            aCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                 <  1:105898/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                              ctgcacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAATTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa               >  1:487507‑M1/14‑140 (MQ=255)

                                                                                                                              atagacgagaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACACTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATCCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa               >  1:706112‑M1/14‑140 (MQ=255)

                                                                                                                               tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATACGTAAcaaag              <  2:506887‑M1/128‑2 (MQ=255)

                                                                                                                               aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc              <  2:395852/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta          >  2:523563/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                                     aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt        >  2:521297/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                                      gataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt       <  2:582699‑M1/135‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                         aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGACGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATAACAAAATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATttatt    <  2:258156‑M1/138‑3 (MQ=255)

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512759

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.