| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 83 (1.340) | 47 (1.100) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
34/178 | NT | 45.2% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
ATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > USA300TCH1516_ALE/1998142‑1998417 | aTTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaaaa < 1:704734/140‑1 (MQ=38) agacAGTTGCCCTACGCATGGGGCCAGGCCGGCCATATGTTACAACAAATTGTGTCGAAGGACGGGTTCGAACCGCGGACCCTCTGCGTGTAAGGCAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAACACGGccg < 2:39320/137‑2 (MQ=2) aGTCAGTTGCTCTTCCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt < 2:39321/140‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt < 2:39324/140‑1 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 1:530724/1‑140 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg < 1:23225/140‑1 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAAGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATTACTGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 1:530986/1‑140 (MQ=255) aGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGCCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATGCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCa > 2:544038/1‑140 (MQ=255) aGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCa > 1:338119/1‑140 (MQ=255) aGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCGGGCa > 1:437894/1‑140 (MQ=255) ttGCTCTACCAATTGGGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 2:47699/140‑1 (MQ=255) ttGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 1:88046/140‑1 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCGATATGTAAGAATAAATGGTGTAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAAATGCCTGGCAACGt > 1:319511/1‑140 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGCATGCCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTTAGGGATAAACTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGt > 1:563787/1‑140 (MQ=17) tctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTc < 1:13687/140‑1 (MQ=255) ctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCt > 1:711524/1‑140 (MQ=255) tACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCTAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAGTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTa < 2:480066/140‑1 (MQ=255) aCCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTGAGGCTGCCTGGCAACGTTCTAc > 2:727634/1‑140 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTTAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGTCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 1:463156/140‑1 (MQ=255) aGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCACCGTTCTACTCTAGCGGAACg > 2:354002/1‑140 (MQ=255) ggCAATATGTAAGAATAAATGGTGGCGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGt < 1:391809/140‑1 (MQ=255) gCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGtt > 2:123091/1‑140 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(MQ=255) tggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAgg > 1:294465/1‑140 (MQ=255) tggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAgg > 1:4764/1‑140 (MQ=255) gaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCt < 1:33481/140‑1 (MQ=255) aTGCCGGGTTCGAACCGCCGGCCCTCTGCTTGTAAGCCGGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTa < 2:13198/140‑1 (MQ=255) ccGGGTCCGAGCCGCCCGCCCTCTGCTTGTAAGGCAGACGCTCTCCCAGCTCTGCTAATTCGCCGATTTAAAACTTCGTGGCAACGTTCTCCTCTGTCGGAACGTAAGGTCGACTACCTTCGTCGCTGAGGGGCTTAACt < 2:4820/139‑1 (MQ=9) accggTTCTAGCCGCCCACCCTCTGTTTTCAAGTCAGTTGCTCTCCTAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTGCTACTCGAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACt < 1:215551/137‑1 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tAAGGCAGATGCCCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACTTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCCGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGAc < 2:437290/140‑1 (MQ=255) aaGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCCACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAATTCGACTACAATCGACGATAAGGAGCGTAACTTCTGTGTTAG‑GCATGGGAACAGGTGTGAcc > 1:198751/1‑140 (MQ=14) aaGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGAcc < 2:711524/140‑1 (MQ=255) aGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGAcct > 1:692254/1‑140 (MQ=255) cAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGCACGTAAGTTCGACTACCATCGACGATAAAGAGCTTAACTTCTGTATTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGAcctcct > 1:31558/1‑140 (MQ=255) actctctCCCAGCTTAGCTAATTCTCCGATTAAAAACTGCCCGGAAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 1:248995/137‑1 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2:321547/140‑1 (MQ=255) ctctCCCACTTGCTCTAATTCTCCGATTTAAAACTGTCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtat < 1:252374/140‑1 (MQ=14) tctctcAGCTTCGCTAATTCTCCGATTTCAAACTGCCTCGCCACCTTCTTCTCTTGGGGAACGTAAGTTCGACTACCCTCCACGCTAAGGAGCTTAACTTTTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtata < 2:310891/140‑1 (MQ=14) tctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGGGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGAGCTCCTTGCtata > 2:192002/1‑140 (MQ=255) tctcCCAGCCGAGCTAATTCTCCTATTTAAAACTGGCTGGCAACGTTATACTCTAGCGGAACGTAAGTTGGACAACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GTATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtata < 1:124860/140‑1 (MQ=14) cttccAGCTGAGCCAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACCACCATCGGCGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 2:487484/137‑1 (MQ=255) tcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTGAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt > 2:450603/1‑140 (MQ=255) tcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt < 1:64305/140‑1 (MQ=255) cccGGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGACTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc < 2:406370/140‑1 (MQ=255) cccAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTGAATTGT‑TGTTTGTTCTTGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc > 1:560584/1‑140 (MQ=17) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGAGTGACCTCCTGGCTATACTCACCAg > 2:157376/1‑140 (MQ=255) tGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGACTGGTACCTTTTTACTTTGGTGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:17158/140‑1 (MQ=14) gAGCTGATTCTCCGATTGAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTCTCGGATCTTAAGGTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GGATGGGAACAGGTGTGACTTCCTTGCTATAGTCACCAGAc < 2:24546/140‑1 (MQ=14) tgCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAATGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:142526/139‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑TCATGGGAACAGGAGTGACCTCCTTGCAATAGTCACCAGACa > 1:266756/1‑140 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGCCa > 1:678310/1‑140 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 2:482765/140‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa > 1:197082/1‑140 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa > 2:35789/1‑140 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGACTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa > 1:397526/1‑140 (MQ=255) gCTAAGTGTCCGAGTTAAAACGGCCTCGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGCAAGTTCGACTACCCTCGACGCTAAGGGTCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 2:242144/140‑1 (MQ=11) cTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata > 2:687630/1‑140 (MQ=255) aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:530724/140‑1 (MQ=255) aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:530986/140‑1 (MQ=255) ttCTCCGATTTAAAACCGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGaa < 1:727634/140‑1 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAt > 2:565075/1‑140 (MQ=255) ttAAACCTCCCTGGCAACGTTCTGCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTACCTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTta < 2:89298/140‑1 (MQ=255) tAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTATGGGGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTACTTGCTATAGTCACCAGACATATTAATGAAAATtat > 1:284451/1‑140 (MQ=11) aaaaCTGCCTGGTAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACTATCGACGCTAAGGATCTTAACTTCTTTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata < 1:71969/140‑1 (MQ=255) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata < 1:354002/140‑1 (MQ=33) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata < 1:425427/140‑1 (MQ=33) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTAAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTAGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata > 1:288386/1‑140 (MQ=18) | ATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > USA300TCH1516_ALE/1998142‑1998417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |