| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2497906 = | 106 (1.180) | 3 (0.040) | 3/256 | 14.2 | 3.0% | intergenic (+11/+75) | USA300HOU_RS12865/treP_2 | hypothetical protein/PTS system trehalose‑specific EIIBC component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2497975 = | 97 (1.170) | intergenic (+80/+6) | USA300HOU_RS12865/treP_2 | hypothetical protein/PTS system trehalose‑specific EIIBC component | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TTCGGTATGAATGTGCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTAACTGTTATAGCAATGAT > USA300TCH1516_ALE/2497770‑2498046 | ttcGGTATGAATGTGCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGTATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTa > 3:108615/1‑141 (MQ=255) tATGAATGTGCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACa < 4:226776/141‑1 (MQ=255) aTGAATGTGCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAg < 2:82184/141‑1 (MQ=255) gAATGTGCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCt < 4:291579/141‑1 (MQ=255) gAATGTGCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCt < 3:96492/141‑1 (MQ=255) gAATGTGCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCt < 4:201162/141‑1 (MQ=255) aaTGTGCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCtt > 4:235207/1‑141 (MQ=255) aaTGTGCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCtt > 1:329068/1‑141 (MQ=255) tgtgCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATCTATCTTGGCTTATTGTGGGAGGTCTTTCATTCATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTaa > 2:338695/1‑141 (MQ=255) tgtgCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTaa > 1:154824/1‑141 (MQ=255) tgtgCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTaa < 1:246648/141‑1 (MQ=255) tgCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAg > 1:675459/1‑141 (MQ=255) gCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGt > 1:560898/1‑141 (MQ=255) gTTGCCAATTGATAACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTCTATCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTATACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGATATGACTGCTTATAttttt > 4:207631/1‑140 (MQ=255) ttGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCa > 2:344785/1‑141 (MQ=255) gCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATc < 2:154824/141‑1 (MQ=255) cAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCt < 4:118477/141‑1 (MQ=255) cAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCt < 1:347088/141‑1 (MQ=255) aaTTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTa < 1:3590/141‑1 (MQ=255) aTTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTAt < 2:632130/141‑1 (MQ=255) ttGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTCTTGTGGAAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTAtt > 4:275965/1‑141 (MQ=255) tgatgaCCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTg > 3:286845/1‑141 (MQ=255) gatgaCCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTACATTACAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGc < 2:203965/141‑1 (MQ=255) tgaCCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCAt < 4:279555/141‑1 (MQ=255) gaCCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCAtt > 3:86966/1‑141 (MQ=255) aCCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCAttt > 2:347508/1‑141 (MQ=255) aCCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCAttt > 3:87289/1‑141 (MQ=255) ccATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTg > 1:554272/1‑141 (MQ=255) gTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATg > 2:545670/1‑141 (MQ=255) gTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATg > 3:284435/1‑141 (MQ=255) ttATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGa < 4:3784/141‑1 (MQ=255) tatCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGAt < 2:552203/141‑1 (MQ=255) ttGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACtt > 1:70745/1‑141 (MQ=255) tGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACttt > 1:646207/1‑141 (MQ=255) attattGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGAt > 1:525008/1‑141 (MQ=255) attattGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGAt < 1:642840/141‑1 (MQ=255) attattGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGAt > 2:210700/1‑141 (MQ=255) tattGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTa < 2:394341/141‑1 (MQ=255) tattGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTa > 4:163788/1‑141 (MQ=255) tattGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTa < 1:178626/141‑1 (MQ=255) attGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTAc > 2:216193/1‑141 (MQ=255) ttGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACt < 3:184113/141‑1 (MQ=255) ttGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACt > 3:85783/1‑141 (MQ=255) tgtgGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTg > 2:361882/1‑141 (MQ=255) gtaggtaTTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCAt > 3:273886/1‑141 (MQ=255) ggtaTTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATAcc < 1:357216/141‑1 (MQ=255) ggtaTTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATAcc > 4:245930/1‑141 (MQ=255) gtaTTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACct > 1:22691/1‑141 (MQ=255) aTTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACctct < 2:600495/141‑1 (MQ=255) tttCATTAATTCTTGTCGTATTTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCtt < 2:50682/141‑1 (MQ=255) tttCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCtt > 2:611063/1‑141 (MQ=255) tttCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCtt > 2:502907/1‑141 (MQ=255) tttCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCtt > 1:115299/1‑141 (MQ=255) tCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACCGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCtttt < 2:500243/141‑1 (MQ=255) tCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCt > 4:20864/1‑80 (MQ=255) tCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGGAATGACTGATCCTTTGATTACTGTCATACCTCtttt > 1:203476/1‑141 (MQ=255) tCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCtttt > 1:265354/1‑141 (MQ=255) cATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCttttt > 1:490464/1‑141 (MQ=255) aTTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCtttttt > 2:472791/1‑141 (MQ=255) ttAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCttttttt < 1:142509/141‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTc > 1:332084/1‑141 (MQ=255) ttCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTc < 1:338695/141‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTc > 1:332076/1‑141 (MQ=255) tGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTCTTCTAcc > 2:248021/1‑140 (MQ=255) gTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACaa > 1:450131/1‑141 (MQ=255) gTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACaa > 1:89891/1‑141 (MQ=255) gTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAActt < 1:477516/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAActtct > 3:259817/1‑141 (MQ=255) aaTTGTTAGTATTTT‑TTATATCCGGAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAActtct < 1:519453/141‑1 (MQ=255) aTTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAActtctt > 1:14858/1‑141 (MQ=255) ttGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCttt > 1:512989/1‑141 (MQ=255) aatATTTTCGTAT‑GGCGTAAACTGAAAGTATACATCAATTAAAAGGTAGGACAGCGTCAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACAGATACTCTGATACCTGTCATCCCTCTTAATTAAGTCTACAACTTCTTTATTTg < 2:93847/139‑1 (MQ=255) aGTATTCTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTg > 4:244629/1‑141 (MQ=255) tttCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGctttt > 1:440746/1‑141 (MQ=255) tttCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGctttt < 4:277003/141‑1 (MQ=255) cTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAGATTAAAAAGTATGACAGCTTAAAGTGTCATCCTATTGCATGTGCAATGACTGATACTTTGCTTAGTGTCATACCTCGTTTTTTATTCTGCAACTGCTTTATTTGcttttctt < 2:80350/141‑1 (MQ=255) cTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGcttttctt < 4:272238/141‑1 (MQ=255) ttAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGcttttcttt < 1:4916/141‑1 (MQ=255) tAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGcttttctttt < 3:214267/141‑1 (MQ=255) aT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTa > 2:16997/1‑141 (MQ=255) t‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCGTCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAg > 1:347401/1‑141 (MQ=255) ggCGTAATCTGAAATTATAACTAACTTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGACTACTGTCATATCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGa < 4:291998/141‑1 (MQ=255) ggCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGa < 3:216933/141‑1 (MQ=255) gacGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCCTACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGa < 4:291981/139‑1 (MQ=255) gCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGAt > 1:132784/1‑141 (MQ=255) aaCAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACTTTTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTATATaattt > 4:25502/1‑138 (MQ=255) aGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTaa > 1:305661/1‑141 (MQ=255) gAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTaaa > 1:346381/1‑141 (MQ=255) aaaTTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAg < 1:472791/141‑1 (MQ=255) aTTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTa < 3:138274/141‑1 (MQ=255) ataACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTAACt < 1:545670/141‑1 (MQ=255) cTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTAACTGTta > 2:200373/1‑141 (MQ=255) aaTTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTAACTGTTATAg < 2:286447/141‑1 (MQ=255) aaTTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTAACTGTTATAg < 2:210650/141‑1 (MQ=255) tAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTAACTGTTATAGCaa < 2:86604/141‑1 (MQ=255) aaaGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTAACTGTTATAGCAatg > 2:275169/1‑141 (MQ=255) aGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTTTTCAATTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTATTTAAAATTAAAGTAACTGTTATAGCAatgtt > 4:38949/1‑139 (MQ=255) aGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTAACTGTTATAGCAatgat > 3:85243/1‑141 (MQ=255) aGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTAACTGTTATAGCAatgat > 1:516209/1‑141 (MQ=255) aGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTAAATGTTATAGCAatgat > 2:370337/1‑141 (MQ=255) | TTCGGTATGAATGTGCCGTTGCCAATTGATGACCATAGTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTAT‑GGCGTAAACAGAAATTATAACTAAATTAAAAGGTATGACAGCTTAAAGTTTCATCCTATTGCATTTGCAATGACTGATACTTTGATTACTGTCATACCTCTTTTTTTATTCTACAACTTCTTTATTTGCTTTTCTTTTAGATAAAATTAAAGTAACTGTTATAGCAATGAT > USA300TCH1516_ALE/2497770‑2498046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |