| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2679162 = | 83 (0.920) | 5 (0.060) | 4/266 | 13.8 | 5.9% | intergenic (+34/‑355) | USA300HOU_RS13790/ssaA2_4 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2679186 = | 80 (0.930) | intergenic (+58/‑331) | USA300HOU_RS13790/ssaA2_4 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACT > USA300TCH1516_ALE/2679046‑2679325 | cAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTAt > 2:432208/1‑141 (MQ=255)cAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTAt > 2:352807/1‑141 (MQ=255) tCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTAttttt < 1:432208/141‑1 (MQ=255) tCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTAttttt < 1:260764/141‑1 (MQ=255) ccATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTa > 1:504695/1‑141 (MQ=255) cATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTaa > 2:191487/1‑141 (MQ=255) tCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGtt > 4:39418/1‑141 (MQ=255) cTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTAt > 1:225402/1‑141 (MQ=255) aaaGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGc > 1:404369/1‑141 (MQ=255) gCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTAc > 3:232960/1‑141 (MQ=255) tatcAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACCATGATACATGAATACATAGAGACACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGCTTGCAGGGCGCTCTTTTTAATGTTATTGCTACAtt > 4:278516/3‑141 (MQ=255) ctcAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACAttt > 2:477003/1‑141 (MQ=255) tcAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTa > 3:275500/1‑141 (MQ=255) aGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGt < 1:363569/141‑1 (MQ=255) tACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGtat < 2:80535/141‑1 (MQ=255) aCCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATTTATACAGGGATACACACCAACTCAGGCTAGCGCTCTTTTTGCATGTCTCTATTTTGAAGGTTATTGCTACATTTAGtata > 1:678560/1‑141 (MQ=255) aCCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGtata > 2:521790/1‑141 (MQ=255) aaTTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGa < 2:529229/141‑1 (MQ=255) aTTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGAt > 3:127975/1‑141 (MQ=255) tAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTg < 1:230467/141‑1 (MQ=255) tAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTg < 4:32898/141‑1 (MQ=255) aaaCGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGAtggt > 2:239530/1‑138 (MQ=255) cGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTAt < 2:195845/141‑1 (MQ=255) cGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTAt > 2:116698/1‑141 (MQ=255) ggCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTAttt < 4:205911/141‑1 (MQ=255) ggCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTAAAATGATACATGAATACATGGAGTCAGATCATCTCATGTTAGCGCTTTCATTGCAGGGCGCTATTTTTTGTGTTATTGCTAAATTTAGTATATTGTGATTTCTAttt < 4:146225/141‑1 (MQ=255) gCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATGTAGTATATTGTGATTGCTAtttt > 2:8044/1‑141 (MQ=255) cACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATtttc < 2:128686/141‑1 (MQ=255) cACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATtttc > 1:501608/1‑141 (MQ=255) tATCAGTTTTCAACCAATTCACGAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATtttcttt > 2:652546/1‑141 (MQ=255) cAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATATATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCaa > 4:249318/1‑140 (MQ=255) cAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAg > 3:99434/1‑141 (MQ=255) cAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAg > 1:439296/1‑141 (MQ=255) ttttCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTta > 1:559704/1‑141 (MQ=255) tCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAg > 1:672768/1‑141 (MQ=255) cAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGa < 1:275950/141‑1 (MQ=255) aaCCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGaa > 1:164311/1‑141 (MQ=255) ccAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAAcc > 3:231088/1‑141 (MQ=255) cAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCa > 4:98661/1‑141 (MQ=255) cAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCa < 3:61616/141‑1 (MQ=255) aaTTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGGGTCACATAATCTCATGTCAGAGCTTAGATAGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTCGTATATTGTGATGGCTATTTTCTGTGAGTtatacatcgtg > 2:678883/1‑134 (MQ=255) aTTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATg < 4:168311/141‑1 (MQ=255) tCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTa < 3:233750/141‑1 (MQ=255) acaAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTAcc < 1:19411/141‑1 (MQ=255) aaaTGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCtt > 1:558972/1‑141 (MQ=255) aaaTGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCtt > 1:522561/1‑141 (MQ=255) aTGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCtttt < 2:515241/141‑1 (MQ=255) tACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCttttttt < 1:2101/141‑1 (MQ=255) aCAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCtttttttt < 1:363499/141‑1 (MQ=255) aTGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTaaa > 1:93227/1‑141 (MQ=255) aTGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTaaa > 2:498866/1‑141 (MQ=255) gATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATc < 4:168258/141‑1 (MQ=255) aTGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCGTGTACCTTTTTTTTAAATCAtttt < 4:101383/141‑1 (MQ=255) tGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTta > 1:121560/1‑141 (MQ=255) tGAATACATAGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTta < 2:286407/141‑1 (MQ=255) aaTACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTtata > 4:287811/1‑141 (MQ=255) ggAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTccc > 3:10833/1‑141 (MQ=255) tCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTa > 2:600152/1‑141 (MQ=255) catcatCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAata > 1:619556/1‑141 (MQ=255) tcatcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATc < 1:671633/141‑1 (MQ=255) catcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAATTCATTTTATATTTTCCCACTAATATcc > 2:635054/1‑141 (MQ=255) atcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATTATTTTATATTTTCCCACTAATATCCg > 4:97201/1‑141 (MQ=255) tGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATTATTTTATATTTTACCACTAATATCTGCTGTTa > 2:40069/1‑141 (MQ=255) gttcgacctctTATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTaa < 2:198335/134‑1 (MQ=255) gTTAGCGCTCGGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTTTTTTCTTTCAGTTATACAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTaa < 2:502067/141‑1 (MQ=255) gcgcTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTaatcaa > 1:393291/1‑141 (MQ=255) cgcTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTaatcaat > 1:290679/1‑141 (MQ=255) gcTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTTACACTAATATCCGCTGTTaataaatt > 2:156193/1‑140 (MQ=255) gcTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTaatcaatc > 4:158485/1‑141 (MQ=255) tctGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCt < 2:199346/141‑1 (MQ=255) tctGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCt < 4:9503/141‑1 (MQ=255) tGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGa < 1:203012/141‑1 (MQ=255) aTTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACa > 1:106237/1‑141 (MQ=255) ttGCAGTGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACGTTTAGTATATTGTGATTGTTATTTTCTTTCAGTTATATAATTATATACATTTTTTTTATATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACAt < 4:139920/141‑1 (MQ=255) gtaGGGCGATATTTTTACTGTTATTGATATATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTACATACTTTTATTTTTTCCCTCTAATATACGCTGTTAATCAATCCTGACATcc < 2:678560/139‑1 (MQ=255) gCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATcc > 1:148996/1‑141 (MQ=255) aGGGTGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTTAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTATTATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCtt < 4:268663/141‑1 (MQ=255) aGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCtt > 1:296473/1‑141 (MQ=255) aGGGCGCTATTTTTAANGTTATTGCTACANTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCtt > 1:419191/1‑141 (MQ=255) gggCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTg < 1:513943/141‑1 (MQ=255) ggggtATTTTTGATGTTATTGCTACTTGTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTGAAATCATTTTATGTGTTCGCACGAGTAGCCGCGGTTGATCAATCCTGGCATCCTTGTa < 2:576069/137‑1 (MQ=255) gcgcTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTa < 1:292065/141‑1 (MQ=255) gcgcTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTa < 2:383538/141‑1 (MQ=255) aTTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACt < 4:10833/141‑1 (MQ=255) | CAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACT > USA300TCH1516_ALE/2679046‑2679325 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |