| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2431245 = | 103 (1.050) | 3 (0.030) | 3/276 | 11.6 | 3.2% | coding (285/693 nt) | birA_2 | Bifunctional ligase/repressor BirA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2431338 = | 83 (0.910) | coding (378/693 nt) | birA_2 | Bifunctional ligase/repressor BirA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAATAAATTAAAATGTCGGAAAACAGCATTGGGAGTGTCATATGTTGTGTGTCATCAAATTTAATATAAAAGTCCATGCGTTTAAGCAATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGCTTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2431400‑2431245‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttttatatTAAATTTGATGACACACAACATATGACACTCCCAATGCTGTTTTCCGACATTTTAATTTATTGTACAGAACGAAATGTGATGTTAGTAGATCATAGGGTTGATGATAATATTAAAGCTGAAAACGTTATATTTATTGGCCTTTTGTG > USA300TCH1516_ALE/2431338‑2431484 aAATAAATTACAATGTCGGAAAACAGCATTGGGAGTGTCATATGTTGTGTGTCATCAAATTTAATATAAAAGTCCATGCGTTTAAGCAATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGC < 2:893261/147‑1aAATAAATTAAAATGTAGGAAAACAGCATTGGGAGTGTCATATGTTGGGTGTCATCTAATTTAATATTATAGTCCATGCGTTTAAGCTATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGC < 2:322318/147‑1 AATAAATTAAAATGTCGGAAAACAGCATTGGGAGTGTCATATGTTGTGTGTCATCAAATTTAATATAAAAGTCCATGCGTTTAAGCAATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGCT > 2:531966/1‑148 AATAAATTAAAATGTCGGAAAACAGCATTGGGAGTGTCATATGTTGTGTGTCATCAAATTTAATATAAAAGTCCATGCGTTTAAGCAATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGCT > 2:340293/1‑148 TAAATTAAAATGTCGGAAAACAGCATTGGGAGTGTCATATGTTGTGTGTCATCAAATTTAATATAAAAGTCCATGCGTTTAAGCAATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGCTTT < 2:574388/148‑1 AAATTAAAATGTCGGAAAATAGTCTTGGGCGTGTCCTATGTTGTGTGTTATCAAATTTAATATAAAAGTTCATGCGTTTAATCAATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGCTTTT < 2:933934/148‑1 AAATTAAAATGTCGGAAAACAGCATTGGGAGTGTCATATGTTGTGTGTCATCAAATTTAATATAAAAGTCCATGCGTTTAAGCAATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATGATTGCGTTGATTTCGCTTTT > 1:10923/1‑148 AAATTAAAAGGTCGGAAAACAGCATTGGGAGTGTCATATGTTGTGTGTCATCAAATTTAATATAAAAGTCCATGCGTTTAAGCAATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGCTTTT < 2:408277/148‑1 TTAAAATGTCGGAAAACAGCATTGGGAGTGTCATATGTTGTGTGTCATCAAATTTAATATAAAAGTCCATGCGTTTAAGCAATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTCATTTCGCTTTTATA > 2:306192/1‑148 GTCATCAAATTTAATATAAAAGTCCATGCGTTTAAGCAATTTACTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGCTTTTATATTAAATTTGATGCCACACAACATATGACACTCCCAATGCTGTT > 2:450051/1‑148 CATCAAATTTAATATAAAAGTCCATGCGTTTAAGCAATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGCTTTTATATTAAATTTGATGACACACAACATATGACACTCCCAATGCTGTTTT > 1:504508/1‑148 CTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGCTTTTATATTAAATTTGATGACACACAACATATGACACTCCCAATGCTGTTTTCCGACATTTTAATTTATTGTACAGAACGAAATGTGATGTTAGTAGATCATAGGGTTGATGAT < 2:504508/148‑1 TTATATTAAATTTGATGACACACAACATATGACACTCCCAATGCTGTTTTCCGACATTTTAATTTATTGTACAGAACGAAATGTGATGTTAGTAGATCATAGGGTTGATGATAATATTAAAGCTGAAAACGTTATATTTATTGGCCTT > 1:957448/1‑148 TTATATTAAATTTGATGACACACAACATATGACACTCCCAATGCTGTTTTCCGACATTTTAATTTATTGTACAGAACGAAATGTGATGTTAGTAGATCATAGGGTTGATGATAATATTAAAGCTGAAAACGTTATATTTATTGGCCTT < 2:398080/148‑1 TTAAATTTGATGACACACAACATATGACACTCCCAATGCTGTTTTCCGACATTTTAATTTATTGTACAGAACGAAATGTGATGTTAGTAGATCATAGGGTTGATGATAATATTAAAGCTGAAAACGTTATATTTATTGGCCTTTTGTG < 1:582178/148‑1 TTAAATTTGATGACACACAACATATGACACTCCCAATGCTGTTTTCCGACATTTTAATTTATTGTACAGAACGAAATGTGATGTTAGTAGATCATAGGGTTGATGATAATATTAAAGCTGAAAACGTTATATTTATTGGCCTTTTGTG < 1:582006/148‑1 TTAAATTTGATGACACACAACATATGACACTCCCAATGCTGTTTTCCGACATTTTAATTTATTGTACAGAACGAAATGTGATGTTAGTAGATCATAGGGTTGATGATAATATTAAAGCTGAAAACGTTATATTTATTGGCCTTTTGTG < 2:480250/148‑1 TTAAATTTGATGACACACAACATATGACACTCCCAATGCTGTTTTCCGACATTTTAATTTATTGTACAGAACGAAATGTGATGTTAGTAGATCATAGGGTTGATGATAATATTAAAGCTGAAAACGTTATATTTATTGGCCTTTTGTG > 1:183921/1‑148 TTAAATTTGATGAAACAAAACATATGACACTCCCAATGCTGTTTTCCGACATTTTAATTTATTGTACAGAACGAAATGTGATGTTAGTAGATCATAGGGTTGATGATAATATTAAAGCTGAAAACGTTATATTTATTGGCCTTTTGTG < 1:406753/148‑1 CAATAAATTAAAATGTCGGAAAACAGCATTGGGAGTGTCATATGTTGTGTGTCATCAAATTTAATATAAAAGTCCATGCGTTTAAGCAATTTTCTTAAGCGTGTTTGTGGAAGACTTAAACATTGTTTTATAATTGCGTTGATTTCGCTTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2431400‑2431245‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttttatatTAAATTTGATGACACACAACATATGACACTCCCAATGCTGTTTTCCGACATTTTAATTTATTGTACAGAACGAAATGTGATGTTAGTAGATCATAGGGTTGATGATAATATTAAAGCTGAAAACGTTATATTTATTGGCCTTTTGTG > USA300TCH1516_ALE/2431338‑2431484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |