| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_012417 | = 1066 | 15 (0.840) | coding (129/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
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TTTGGAATGTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTTTTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACATACAGCATT < 1:670221/149‑1 AATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTTTTTCTGGAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACACTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCA < 2:66262/149‑1 TCGAAAAGCAAAAGTATTATTTAAGTTATGAGTGATAACTGATGTTTTTAATGATTGTTTTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACACTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAA < 1:1446889/149‑1 aAAAATCAAAAATATTATTTAAGACATTAGTAATAACTGATGTCTTTTTTTATTGAATTAATGAAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACACTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAA < 2:1357609/148‑1 GAAAAGCAAAATTATTATTTAACACATTATTGATATCTGATGTCTTTTTTTATTGTTTTTCTGTAAAAAAGGGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACACTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAA < 1:457689/149‑1 aatTTATTATTAAAGAAATTAGTTATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTATTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACACTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAG < 1:343190/146‑1 TCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACCAAAATAAGACAGCACTTTTTTACAGAAAAACAATAAAAAAAGACATCAGTTATCACTAATGTC > 2:167583/1‑149 CTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGCACTTTTTTACAGAAAAACAATAAAAAAAGACATCAGTTATCACTAATTGATTAAATAATAATTT > 1:1249708/1‑149 GACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAA‑CAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGCTTTTTCTTCT < 2:1742916/149‑1 AGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTTTTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/1464‑1623‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtgacactacaTACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAA‑CAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGCTTTTTCTTCT < NC_012417/1066‑927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |