| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 64 | 411 (0.740) | 34 (0.100) +TTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAAT |
16/94 | NT | 22.1% | intergenic (–/‑168) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | = 27041 | 0 (0.000) | intergenic (‑194/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– | |||||
CTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/11‑64‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTTA < CP000731/27041‑27002 ||||||||||||||||||||||||||||||||| CTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTACATAAAC > 1:3084854/1‑91 ACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAG > 1:2393569/1‑91 ACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGAAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAG > 1:2714106/1‑91 AACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATAT > 1:1205711/1‑91 AACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATAT > 1:107419/1‑91 CAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAG > 1:1713557/1‑91 AAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGC > 1:2729174/1‑91 AAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCT > 2:1937568/1‑91 AAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACCTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCT > 1:3299506/1‑91 AACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTT > 2:670759/1‑91 AACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTT > 2:3091155/1‑91 ACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTA > 1:2456166/1‑91 CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTAT > 2:1316631/1‑91 CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTAT > 2:3623543/1‑91 CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATC > 2:581264/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:2210837/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 2:1009104/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:3745505/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 2:2093802/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:2809881/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 2:3719884/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:784392/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:1674320/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:688895/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 2:291741/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 2:465909/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:2439064/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:1486920/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 1:3310965/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 2:2156791/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 1:2518332/1‑91 CTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGG > 1:1242953/1‑91 CTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGCTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGG > 2:1391096/1‑91 ACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTT > 1:2639980/1‑91 TGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTTA > 1:2751882/1‑91 ||||||||||||||||||||||||||||||||| CTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/11‑64‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTTA < CP000731/27041‑27002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |