| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 17189 = | 357 (0.640) | 32 (0.070) | 13/138 | NT | 9.3% | intergenic (‑128/+119) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021/USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | IS431 mec transposase/bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| ? | CP000731 | 17225 = | 319 (0.670) | intergenic (‑164/+83) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021/USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | IS431 mec transposase/bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein | |||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
TTTTATAGAGCAGATTAAAGCATTTATTTTAGGTGTAGTTGAAGGGTTGACAGAATTTGCTCCAGTATCATCAACAGGTCATATGATTATTGTTGATGATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/17289‑17189‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgttgatgataCTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGCTCTATAAAACCCATTTTTCTCCTCCTTTTAACTT > CP000731/17225‑17314 TTTTATAGAGCAGATTAAAGCATTTATTTTAGGTGTAGTTGAAGGGTTGACAGAATTTGCTCCAGTATCATCAACAGGTCATATGATTATT < 2:3828196/91‑1TTTTATAGAGCAGATTAAAGCATTTATTTTAGGTGTAGTTGAAGGGTTGACAGAATTTGCTCCAGTATCATCAACAGGTCATATGATTATT > 2:3494341/1‑91TTTTATAGAGCAGATTAAAGCATTTATTTTAGGTGTAGTTGAAGGGTTGACAGAATTTGCTCCAGTATCATCAACAGGTCATATGATTATT < 1:32426/91‑1TTTTATAGAGCAGATTAAAGCATTTATTTTAGGTGTAGTTGAAGGGTTGACAGAATTTGCTCCAGTATCATCAACAGGTCATATGATTATT > 1:2094433/1‑91 TTTATAGAGCAGATTAAAGCATTTATTTTAGGTGTAGTTGAAGGGTTGACAGAATTTGCTCCAGTATCATCAACAGGTCATATGATTATTG < 2:1907990/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |