| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 25306 = | 268 (0.480) | 42 (0.090) | 16/138 | NT | 15.9% | intergenic (+204/‑42) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 25340 = | 213 (0.440) | intergenic (+238/‑8) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGACATTTATGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/25406‑25306‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acatttatgagGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATTTACCTTCAGAAA > CP000731/25340‑25429 GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGA < 1:1002420/91‑1GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGA < 1:708094/91‑1GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGA < 1:706773/91‑1GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGA < 1:1301864/91‑1GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACATCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGA > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |