| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 25306 = | 268 (0.480) | 42 (0.090) | 16/138 | NT | 15.9% | intergenic (+204/‑42) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 25340 = | 213 (0.440) | intergenic (+238/‑8) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 857 total aligned reads displayed.
TTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGA > CP000731/25216‑25396 | tttCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTacac > 2:2588143/1‑91 (MQ=255) ttctgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCt > 2:2468156‑M1/90‑91 (MQ=255) ttctgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCt < 1:47968‑M1/2‑1 (MQ=255) ttctgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCt > 1:1344797‑M1/90‑91 (MQ=255) ttCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACt < 2:3075459/91‑1 (MQ=255) tctgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacccc < 2:1589417‑M1/3‑3 (MQ=255) tctgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTc < 2:2377141‑M1/3‑1 (MQ=255) tCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTc > 2:2432751/1‑91 (MQ=255) ctgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCa > 2:1174894‑M1/88‑91 (MQ=255) tgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCAt < 1:3672164‑M1/5‑1 (MQ=255) gaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATa < 2:3231066‑M1/6‑1 (MQ=255) atataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATa < 1:837390‑M2/91‑2 (MQ=255) tataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaa > 2:2189263‑M2/1‑89 (MQ=255) aaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATaa < 1:2744316‑M1/7‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |