| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1975 = | NA (NA) | 504 (0.050) | 23/138 | NT | 14.9% | intergenic (+208/+118) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2042 = | 3344 (0.280) | intergenic (+275/+51) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 4272 total aligned reads displayed.
CGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACATTCGTCTGCAAGTTTAgttaagggttc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2064‑1975‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGT > NC_012417/2042‑2143 CGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACATTCGTCTGCAAGTTTAG > 2:2040387/1‑91CGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACATTCGTCTGCAAGTTTAG > 1:2508638/1‑91CGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACATTCGTCTGCAAGTTTAG > 1:1689805/1‑91CGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACATTCGTCTGCAAGTTTAG > 2:2196746/1‑91CGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACATTCGTCTGCAAGTTTAG > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |