| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 75971 = | 237 (1.240) | 25 (0.160) | 12/128 | NT | 13.3% | intergenic (+29/‑244) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 76020 = | 136 (0.900) | intergenic (+78/‑195) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/76076‑75971‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCA > USA300TCH1516_ALE/76020‑76109 taATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA < 2:269747/89‑1TGATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAACAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA > 1:1099498/1‑91 ATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGT > 1:1043192/1‑91 ATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGT < 2:3618152/91‑1 ATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGT > 1:1266134/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/76020‑76109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |