| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 75971 = | 237 (1.240) | 25 (0.160) | 12/128 | NT | 13.3% | intergenic (+29/‑244) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 76020 = | 136 (0.900) | intergenic (+78/‑195) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAG > USA300TCH1516_ALE/75931‑76110 | tattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTa > 1:2491276‑M1/41‑91 (MQ=255) ttGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAt < 1:2203511/91‑1 (MQ=255) ttGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAt < 2:2150655/91‑1 (MQ=255) gTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttt > 2:1483198/1‑91 (MQ=255) taaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttt < 1:3207547/91‑1 (MQ=255) aaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttttt > 1:2624655/1‑91 (MQ=255) aaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttttt < 1:1772257/91‑1 (MQ=255) aataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttttt > 2:3222200/1‑91 (MQ=255) ataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTta < 1:905725/91‑1 (MQ=255) taaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaa > 1:459812/1‑91 (MQ=255) taaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaa > 2:1739027/1‑91 (MQ=255) cATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATaaa > 1:2863184/1‑91 (MQ=255) cATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATaaa < 1:2838170/91‑1 (MQ=255) cATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATaaa > 1:1147471/1‑91 (MQ=255) 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gAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAttt > 2:2238633/1‑91 (MQ=255) gAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAttt < 2:1146679/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGCGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTaa > 1:3078344/1‑91 (MQ=255) aTTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAat > 2:32559/1‑91 (MQ=255) ttattaATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAatat < 1:398158/91‑1 (MQ=255) tattaATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATATACGTAATGAATTTAAtata > 2:3780419/1‑91 (MQ=255) ttaATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAAc > 1:3777730/1‑91 (MQ=255) ttaATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAAc < 1:3017528/91‑1 (MQ=255) taATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGTGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACt > 2:2502972/1‑91 (MQ=255) ttCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAat < 2:3127082/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAata < 1:820320/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAata > 1:2225095/1‑91 (MQ=255) AAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATAtt > 1:1028676‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaagcctaaatactctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtg > 1:2095374‑M2/49‑91 (MQ=255) aaaagcctaaatactctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAACGAATTTCATATCACTAATATtg > 1:3696188‑M2/49‑91 (MQ=255) AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtg < 1:1808094‑M1/91‑1 (MQ=255) 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ACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAATCGTAATGTATTTAATATAACTGATATTGCTGCACCTGTAt > 2:445094‑M1/1‑91 (MQ=255) tctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCa > 1:1829104‑M2/35‑91 (MQ=255) TTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTGTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCa > 1:1099498‑M1/1‑91 (MQ=255) ttCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCAc < 1:2939704/91‑1 (MQ=255) ttCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCAc < 1:1647820/91‑1 (MQ=255) tctcACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACt > 1:54090/1‑91 (MQ=255) cacaAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAg < 1:860557/91‑1 (MQ=255) cacaAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAg < 2:459136/91‑1 (MQ=255) 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ttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAAt > 2:195273‑M2/5‑91 (MQ=255) ttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAAt < 1:3566772‑M2/87‑1 (MQ=255) ttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATcc > 2:1819035‑M2/3‑91 (MQ=255) ttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATcc < 2:3520524‑M2/89‑1 (MQ=255) tTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCa > 1:1305962‑M2/2‑91 (MQ=255) tATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAg > 2:1754701/1‑91 (MQ=255) | ATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAG > USA300TCH1516_ALE/75931‑76110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |