| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 127847 | 137 (0.720) | 17 (0.100) | 11/138 | NT | 11.3% | intergenic (+67/+262) | lctP_1/spa | L‑lactate permease/Immunoglobulin G‑binding protein A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 127871 | 149 (0.910) | intergenic (+91/+238) | lctP_1/spa | L‑lactate permease/Immunoglobulin G‑binding protein A | |||||
TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/127747‑127847‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatcgaactagACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTAT < USA300TCH1516_ALE/127871‑127783 TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGA > 2:285134/1‑91TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGA > 2:3256090/1‑91TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGA > 1:12524/1‑91TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGA < 1:3721661/91‑1TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGA < 2:824354/91‑1TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGA < 2:824392/91‑1 GTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAA < 1:2661280/91‑1 GTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAA < 1:2038491/91‑1 TTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAAT < 1:1969564/91‑1 TTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATC < 2:2059934/91‑1 TGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCG > 2:2263984/1‑91 TGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTAGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCG > 2:2998640/1‑91 GGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCAGTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATGATTCATGAATCGA > 1:3879686/1‑91 GGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGA < 2:606104/91‑1 GGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGA > 2:1955342/1‑91 GGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGA > 1:1179904/1‑91 GACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAA > 1:1320769/1‑91 GACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAA > 1:4504/1‑91 ACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAAC < 1:2671456/91‑1 ACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAAC < 1:31853/91‑1 ACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAAC < 1:32029/91‑1 ACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAAC > 2:3470544/1‑91 ACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAAC < 1:2569301/91‑1 CGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATC > 1:2162297/1‑86 CGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATC < 2:2162297/86‑1 TTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAG < 1:2613847/91‑1 TTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAG < 2:2041839/91‑1 TTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAG < 2:678067/91‑1 TTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAG < 2:1151064/91‑1 CTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCA‑TGCATTTC < 2:1029326/91‑1 ATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTA < 2:2237010/91‑1 ATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACT < 2:1144801/91‑1 TAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTA < 1:1962849/91‑1 AAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAG < 2:1158631/91‑1 AAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAG < 1:1745228/91‑1 AAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAG < 1:3252199/91‑1 AATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGT < 1:450030/91‑1 AATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGT < 1:449921/91‑1 ATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTT < 1:885658/91‑1 ATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTT < 2:724431/91‑1 TAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTC < 2:1841795/91‑1 TAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTC < 2:1841963/91‑1 TAATGTTGTCACATGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAAATATTCATGAATCGAACTAGACAAAATGCTCATTGCATTTCGTACTAGATC < 2:1841770/91‑1 TCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATG < 1:3644276/91‑1 AATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTT < 1:2134048/91‑1 ATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATG < 1:1190143/91‑1 AATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAAC > 1:1334619/1‑91 AATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAAC > 1:106726/1‑91 AATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAAC < 2:9604/91‑1 AATCGAACTAGACAAGATGCTCAATGCATTTCGTACTAGCTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAAC < 1:1154247/91‑1 ATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACA > 2:970864/1‑91 ATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACA > 2:2649975/1‑91 ATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACA > 2:970939/1‑91 TCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACAT < 1:2146731/91‑1 TCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACAT > 1:315044/1‑91 TCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACAT > 2:200286/1‑91 TCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACAT > 2:3622179/1‑91 CGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATT > 2:2483126/1‑91 CGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATT > 2:937662/1‑91 CGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATT > 2:1458990/1‑91 CGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATT > 2:1457492/1‑91 CGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATT < 2:2458870/91‑1 AACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTAT < 1:805642/91‑1 ACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATT > 2:1351130/1‑91 ACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATT < 2:3350764/91‑1 ACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATT > 2:2561808/1‑91 CTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTT < 1:891275/91‑1 CTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTT > 2:2866264/1‑91 CTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTT > 2:2192377/1‑91 CTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTT < 2:2636061/91‑1 CTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTT > 1:1737032/1‑91 TAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTA > 2:3795120/1‑91 TAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTA < 1:1435638/91‑1 AGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTAT < 2:328047/91‑1 AGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTAT < 2:1317454/91‑1 AGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTAT > 1:328047/1‑91 TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/127747‑127847‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatcgaactagACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTAT < USA300TCH1516_ALE/127871‑127783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |