| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 127847 | 137 (0.720) | 17 (0.100) | 11/138 | NT | 11.3% | intergenic (+67/+262) | lctP_1/spa | L‑lactate permease/Immunoglobulin G‑binding protein A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 127871 | 149 (0.910) | intergenic (+91/+238) | lctP_1/spa | L‑lactate permease/Immunoglobulin G‑binding protein A | |||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
TTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGAAAGTGTTGAGGCGTT > USA300TCH1516_ALE/127757‑127937 | tttATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAG < 2:1151064‑M1/91‑1 (MQ=255)tttATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAG < 2:2041839‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGt > 1:2047589/1‑91 (MQ=255) taCTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACg < 1:2485729/91‑1 (MQ=255) taCTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACg < 1:719140/91‑1 (MQ=255) taCTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACg < 2:2465534/91‑1 (MQ=255) taCTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACg > 2:1334619/1‑91 (MQ=255) taCTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACg < 2:3375566/91‑1 (MQ=255) aCTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAGTTATTCATGAATCGAACTAGTACGa > 1:3602125/1‑91 (MQ=255) aCTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGa > 2:94841/1‑91 (MQ=255) aCTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGa > 2:2461875/1‑91 (MQ=255) aCTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGa > 1:3325246/1‑91 (MQ=255) aCTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGa > 2:1697671/1‑91 (MQ=255) cTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGaa < 1:1071849/91‑1 (MQ=255) gTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCa < 1:274801/91‑1 (MQ=255) tAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAAt < 1:3861415/91‑1 (MQ=255) tAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAAt > 1:118398/1‑91 (MQ=255) tAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAAt < 1:245625/91‑1 (MQ=255) aaTATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATg > 2:416808/1‑91 (MQ=255) atatTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGa > 1:2138956/1‑91 (MQ=255) tatTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAg < 2:2426555/91‑1 (MQ=255) atTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGc > 2:1526189/1‑91 (MQ=255) atTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGc < 1:994321/91‑1 (MQ=255) ttCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCa < 1:2200048/91‑1 (MQ=255) ttCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCa > 2:861336/1‑91 (MQ=255) cTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGacaagatgctcatgcatttc < 2:1029326‑M1/91‑21 (MQ=255) cTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATc < 1:2382899/91‑1 (MQ=255) cTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATc > 2:3540391/1‑91 (MQ=255) taaatataaataATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCt < 2:2189210/91‑1 (MQ=255) aatataaataATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTg < 2:2154594/91‑1 (MQ=255) atataaataATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGacaagatgctcattgcatttcgta < 2:2237010‑M1/91‑25 (MQ=255) atataaataATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGt > 2:2486664/1‑91 (MQ=255) taaataaTGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTcta < 1:1435638‑M2/91‑4 (MQ=255) aaataaTGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctag < 1:891275‑M2/91‑5 (MQ=255) aaataaTGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctag > 1:1737032‑M2/1‑87 (MQ=255) aaataaTGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctag < 2:2636061‑M2/91‑5 (MQ=255) aataatGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGacaagatgctcattgcatttcgtactagt < 1:450030‑M1/91‑30 (MQ=255) aataatGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagt > 2:2561808‑M2/1‑86 (MQ=255) aataatGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagt > 2:1351130‑M2/1‑86 (MQ=255) ataatGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGacaagatgctcattgcatttcgtactagtt < 2:724431‑M1/91‑31 (MQ=255) ataatGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagtt < 1:805642‑M2/91‑7 (MQ=255) taatGTTGTCACATGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAAATATTCATGAATCGAACTAGacaaaatgctcattgcatttcgtactagatc < 2:1841770‑M1/91‑32 (MQ=255) aatGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagttcg > 2:1458990‑M2/1‑83 (MQ=255) atGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagttcga > 2:200286‑M2/1‑82 (MQ=255) atGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagttcga < 1:2146731‑M2/91‑10 (MQ=255) tgttgtCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagttcgat > 2:970864‑M2/1‑81 (MQ=255) gttgtCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagttcgatt < 2:9604‑M2/91‑12 (MQ=255) ttgtCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGAttt > 1:2678346/1‑91 (MQ=255) tgtCATTTGAATCCAAGTGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGAtttt > 1:1472134/1‑91 (MQ=255) gtCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGAttttt > 2:497879/1‑91 (MQ=255) tCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatg < 1:3644276‑M1/91‑40 (MQ=255) cTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAAt < 1:503832/91‑1 (MQ=255) ggATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGcc > 2:3652254/1‑91 (MQ=255) ggATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGcc < 2:166269/91‑1 (MQ=255) gATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCt < 1:3368055/91‑1 (MQ=255) ttCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTaa < 2:3452903/91‑1 (MQ=255) cAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTaaaa > 1:1578593/1‑91 (MQ=255) cAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTaaaa < 1:1697671/91‑1 (MQ=255) aaTGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAAt < 1:371070/91‑1 (MQ=255) aTGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATg < 2:1405513/91‑1 (MQ=255) aTGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATg > 1:2611217/1‑91 (MQ=255) gACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTc > 2:1939125/1‑91 (MQ=255) aCATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAATAATGTCa > 1:2726058/1‑91 (MQ=255) aCATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCa < 1:1195701/91‑1 (MQ=255) cATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagttcgattcatgaataattagatttaaaat < 1:1190143‑M2/91‑34 (MQ=255) tttAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCatata > 1:2671381/1‑91 (MQ=255) ttAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCatatat > 1:3285297/1‑91 (MQ=255) tAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATg < 2:2651150/91‑1 (MQ=255) aaTCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTa < 1:1767069/91‑1 (MQ=255) aTCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTaa < 1:3166571/91‑1 (MQ=255) attattCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCaga > 1:471181/1‑91 (MQ=255) attattCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCaga > 1:2786227/1‑91 (MQ=255) ttattCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCagag < 2:2355905/91‑1 (MQ=255) ttCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAg < 1:2807832/91‑1 (MQ=255) tCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCGTCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGa > 2:3563338/1‑91 (MQ=255) tCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGa > 1:1394805/1‑91 (MQ=255) cATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGaa < 2:3170604/91‑1 (MQ=255) aTGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGaaa < 1:439132/91‑1 (MQ=255) tGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGAAGAAAg < 2:306061/91‑1 (MQ=255) aaTCGAACTAGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaac > 1:106726‑M1/1‑11 (MQ=255) aaTCGAACTAGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaac > 1:1334619‑M1/1‑11 (MQ=255) aaTCGAACTAGacaagatgctcaatgcatttcgtactagctcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaac < 1:1154247‑M1/91‑81 (MQ=255) aaTCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGAAAgtg < 1:1817789/91‑1 (MQ=255) tCGAACTAGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacat > 1:315044‑M1/1‑9 (MQ=255) tCGAACTAGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacat > 2:3622179‑M1/1‑9 (MQ=255) tCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGAAAGTGtt < 2:1888986/91‑1 (MQ=255) cGAACTAGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacatt > 2:1457492‑M1/1‑8 (MQ=255) gAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacatta < 2:1841795‑M2/91‑61 (MQ=255) aaCTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacattat < 1:885658‑M2/91‑62 (MQ=255) aCTAGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacattatt < 2:3350764‑M1/91‑87 (MQ=255) aCTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGAAAGTGTTGAgg > 2:1642652/1‑91 (MQ=255) aCTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGAAAGTGTTGAgg > 2:1128702/1‑91 (MQ=255) cTAGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacattattt > 2:2866264‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTctagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacattattt < 2:1158631‑M2/91‑64 (MQ=255) cTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGAAAGTGTTGAGGc < 2:2670289/91‑1 (MQ=255) tAGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacattattta > 2:3795120‑M1/1‑3 (MQ=255) aGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacattatttat < 2:328047‑M1/91‑90 (MQ=255) aGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacattatttat < 2:1317454‑M1/91‑90 (MQ=255) aGacaagatgctcattgcatttcgtactagttcgattcatgaataattagatttaaaatgtcatttgaatccaagtgacaacattatttat > 1:328047‑M1/1‑2 (MQ=255) gTACGATATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGAAAGTGTTGAGGCGtt > 1:3011431/1‑91 (MQ=255) | TTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGAAAGTGTTGAGGCGTT > USA300TCH1516_ALE/127757‑127937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |