| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 147873 | 148 (0.780) | 10 (0.060) | 6/142 | NT | 6.5% | intergenic (+31/‑314) | butA/wbgU | Diacetyl reductase [(S)‑acetoin forming]/UDP‑N‑acetylglucosamine 4‑epimerase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 147897 | 158 (0.940) | intergenic (+55/‑290) | butA/wbgU | Diacetyl reductase [(S)‑acetoin forming]/UDP‑N‑acetylglucosamine 4‑epimerase | |||||
CTGGTAAAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/147775‑147873‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatccttaCTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAATTG < USA300TCH1516_ALE/147897‑147808 CTGGTAAAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATA < 2:635076/91‑1CTGGTAAAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATA < 2:3197964/91‑1CTGGTAAAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATA > 1:2901301/1‑91 TGGTAAAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAA < 1:2642534/91‑1 GGTAAAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAA < 1:1487988/91‑1 GGTAAAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAA > 2:1640830/1‑91 AAAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCC > 2:1476321/1‑91 AAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCT < 1:1277774/91‑1 AAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCT < 2:965074/91‑1 AAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCT < 1:2240563/91‑1 AGACTCTGATTACATTTCTGGACAAACAATAATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTCATGATAAATAAATCCTT > 2:477193/1‑91 AGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTT > 2:740252/1‑91 AGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTT > 2:477063/1‑91 AGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTT < 1:2830593/91‑1 AGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTT > 2:477459/1‑91 AGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCT < 2:1645367/90‑1 AGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCT > 1:1645367/1‑90 GACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTA > 2:1792057/1‑91 GACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTA > 1:161895/1‑91 GACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTA > 2:1471990/1‑91 GACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTA < 2:2471495/91‑1 GACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTA > 2:2516606/1‑91 GACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTA < 2:2666862/91‑1 GACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTA > 1:3019247/1‑91 AATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATA < 1:2328207/91‑1 TGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATT < 1:2471093/91‑1 ATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTT < 1:3119046/91‑1 ATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTT < 1:3117937/91‑1 ATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTT < 2:366876/91‑1 ATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCAGCCACTAATGATAAATAAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTT < 1:3117980/91‑1 TGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTA < 2:737071/91‑1 TGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTA < 1:2346188/91‑1 GGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTAT < 1:3725640/91‑1 GTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATCTATCATT < 1:575365/91‑1 AAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTAC > 2:264453/1‑91 AAATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTAC < 2:490937/91‑1 AATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACA > 1:1372846/1‑91 AATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACA > 2:1583438/1‑91 AATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGA > 1:2997207/1‑71 AATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGA < 2:2997207/71‑1 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGCCGATTATTAACGGAACCTCTTACGACCATCTACga > 1:978004/1‑89 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTTACGGAATCTCATACCACCATCTACAA < 2:2209731/91‑1 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAA < 2:2179930/91‑1 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAA < 2:316497/91‑1 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAA < 2:2870170/91‑1 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAA > 2:1997451/1‑91 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAA < 1:1264046/91‑1 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAA > 1:1826648/1‑91 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAA > 1:978221/1‑91 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAA < 1:955686/91‑1 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAA < 1:954705/91‑1 ATCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAA < 1:954612/91‑1 TCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAAT > 1:1534333/1‑91 TCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAAT > 1:1533130/1‑91 TCCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAAT > 1:1792057/1‑91 CCTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATA > 2:2545186/1‑91 CTTACTGCTAGGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAA < 2:476047/91‑1 CTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAA > 2:1424420/1‑91 CTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAA < 1:3751998/91‑1 CTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAA < 1:3751986/91‑1 CTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAA > 1:3657036/1‑91 CTTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAA > 1:3656453/1‑91 TTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAAT > 2:3634257/1‑91 TTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAAT < 1:3545825/91‑1 TTACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAAT < 1:1672048/91‑1 TACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAATT > 2:2038652/1‑91 TACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAATT > 1:762/1‑91 TACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAATT > 1:696167/1‑91 TACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAATT < 1:2470559/91‑1 ACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACCATAATTG > 1:1935799/1‑91 ACTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAATTG > 1:1903409/1‑91 CTGGTAAAGACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/147775‑147873‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatccttaCTGCTAAGTGATTAAACTTAACAATAAGGATTTATTTATCATTAGTGGATGATTATTAACGGAATCTCATACCACCATCTACAATAATTG < USA300TCH1516_ALE/147897‑147808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |