| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 147873 | 148 (0.780) | 10 (0.060) | 6/142 | NT | 6.5% | intergenic (+31/‑314) | butA/wbgU | Diacetyl reductase [(S)‑acetoin forming]/UDP‑N‑acetylglucosamine 4‑epimerase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 147897 | 158 (0.940) | intergenic (+55/‑290) | butA/wbgU | Diacetyl reductase [(S)‑acetoin forming]/UDP‑N‑acetylglucosamine 4‑epimerase | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAGCGAAGTTCTTAAG > USA300TCH1516_ALE/147783‑147963 | gACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTA > 2:1792057‑M1/1‑91 (MQ=255) tctGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTg > 1:2224907/1‑91 (MQ=255) ctGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGt < 2:277103/91‑1 (MQ=255) ctGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGt > 1:2083458/1‑91 (MQ=255) ctGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGt < 2:1599569/91‑1 (MQ=255) ctGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCAACTAATGATAAATAAATCCTTATTGt < 2:2207324/91‑1 (MQ=255) gATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTa < 1:748009/91‑1 (MQ=255) gATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTa < 1:814099/91‑1 (MQ=255) attacattacTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTaa > 2:2150999/1‑91 (MQ=255) attacattacTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTaa > 1:3045839/1‑91 (MQ=255) ttacattacTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAg > 1:885340/1‑91 (MQ=255) ttacattacTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAg > 2:1590904/1‑91 (MQ=255) tacattacTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGt < 2:419780/91‑1 (MQ=255) tacattacTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGt < 2:2509067/91‑1 (MQ=255) attacTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTa > 2:1119050/1‑91 (MQ=255) acaaacaaTTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCAGTTa > 1:3121353/1‑91 (MQ=255) aaacaaTTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGc < 1:2540550/91‑1 (MQ=255) cAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGt > 1:1903409‑M2/1‑90 (MQ=255) aaTTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGta < 1:2470559‑M2/91‑3 (MQ=255) attattGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaa < 1:1672048‑M2/91‑4 (MQ=255) ttattGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaag < 1:3751998‑M2/91‑5 (MQ=255) ttattGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaag > 1:3657036‑M2/1‑87 (MQ=255) attGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaagga > 1:1534333‑M2/1‑85 (MQ=255) ttGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggat < 2:2870170‑M2/91‑8 (MQ=255) ttGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggat < 2:316497‑M2/91‑8 (MQ=255) ttGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggat < 1:954612‑M2/91‑8 (MQ=255) ttGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTAAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggat < 2:2209731‑M2/91‑8 (MQ=255) tGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggatt > 1:1372846‑M2/1‑83 (MQ=255) gTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggattt > 2:264453‑M2/1‑82 (MQ=255) gTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggattt < 2:490937‑M2/91‑10 (MQ=255) aGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGAttttt > 1:2187449/1‑91 (MQ=255) aTGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttattt < 1:3117937‑M1/91‑38 (MQ=255) aTGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttattt < 2:366876‑M1/91‑38 (MQ=255) aTGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTa < 1:3181112/91‑1 (MQ=255) tggtggTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAg < 1:2494671/91‑1 (MQ=255) ggtggtATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTAATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGTTTTTTTAGt > 1:3031471/1‑91 (MQ=255) gtATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatctatcatt < 1:575365‑M1/91‑44 (MQ=255) tATGAGATTCCGTTAATAATCATCCTCTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACt < 2:1225866/91‑1 (MQ=255) tATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACAAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACt < 2:1371594/91‑1 (MQ=255) tATGAGATTCCGTTAATAATCAGCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACt < 2:3129485/91‑1 (MQ=255) tGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTa < 2:3725599/91‑1 (MQ=255) gagaTTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAg > 2:2337174/1‑91 (MQ=255) gagaTTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAg > 2:2522296/1‑91 (MQ=255) ttCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAgg < 1:1008175/91‑1 (MQ=255) tCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggatt > 1:2997207‑M2/1‑63 (MQ=255) tCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAggg < 1:1640830/91‑1 (MQ=255) ccGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGa < 1:1949987/91‑1 (MQ=255) ttAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAgtg > 2:1953212/1‑91 (MQ=255) ttAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAgtg > 2:1171292/1‑91 (MQ=255) ttAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAgtg > 2:1171221/1‑91 (MQ=255) taataaTCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAgtgt > 2:2234454/1‑91 (MQ=255) taataaTCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAgtgt > 2:1572931/1‑91 (MQ=255) ataatCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTAt > 2:2408995/1‑91 (MQ=255) ataatCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTAt < 1:1200103/91‑1 (MQ=255) aatCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTg < 1:1758749/91‑1 (MQ=255) aatCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTg < 1:2929070/91‑1 (MQ=255) atcatcCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTgg < 1:1101557/91‑1 (MQ=255) atcatcCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTgg < 2:885340/91‑1 (MQ=255) atcatcCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTgg < 2:1447620/91‑1 (MQ=255) tcatcCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGt > 1:1065564/1‑91 (MQ=255) catcCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTa > 2:1311591/1‑91 (MQ=255) catcCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTa > 2:680263/1‑91 (MQ=255) catcCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAACGGAGTGTATTGGTa < 2:3299045/91‑1 (MQ=255) atcCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAg < 1:3333797/91‑1 (MQ=255) atcCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAg < 2:1688687/91‑1 (MQ=255) ccACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGaa < 2:2635251/91‑1 (MQ=255) cTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTCAGGATTTTTTAGTGCTCTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAAt > 2:3483095/1‑91 (MQ=255) aaTGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATta > 2:109206/1‑91 (MQ=255) aaTGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATta < 1:2382784/91‑1 (MQ=255) tGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATtaat < 2:2897153/91‑1 (MQ=255) gATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATtaata > 2:3391759/1‑91 (MQ=255) ataaataaATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccacc < 1:3725640‑M2/91‑53 (MQ=255) taaataaaTCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccacca < 2:737071‑M2/91‑54 (MQ=255) taaataaaTCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAg < 1:3489450/91‑1 (MQ=255) aaataaatCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggatttatttatcattagtggctgattattaacggaatctcataccaccat < 1:3117980‑M2/91‑55 (MQ=255) ataaatCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAGCGa > 2:182517/1‑91 (MQ=255) taaatCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAGCGaa < 1:2280188/91‑1 (MQ=255) aaatCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAGCGAAg > 1:2049304/1‑91 (MQ=255) aatCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacgga < 2:2997207‑M1/71‑64 (MQ=255) atCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggccgattattaacggaacctcttacgaccatctacga > 1:978004‑M1/1‑7 (MQ=255) atCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaa > 1:1826648‑M1/1‑7 (MQ=255) atCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaa < 2:2179930‑M1/91‑85 (MQ=255) atCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaa < 1:1264046‑M1/91‑85 (MQ=255) atCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaa > 2:1997451‑M1/1‑7 (MQ=255) atCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaa < 1:955686‑M1/91‑85 (MQ=255) atCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaa > 1:978221‑M1/1‑7 (MQ=255) atCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAGCGAAGtt < 1:2732034/91‑1 (MQ=255) atCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAGCGAAGtt > 1:2915625/1‑91 (MQ=255) tCCTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaat > 1:1533130‑M1/1‑6 (MQ=255) tCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAGCGAAGTTc < 1:648317/91‑1 (MQ=255) tCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAGCGAAGTTc > 1:1237184/1‑91 (MQ=255) cTTActgctaggtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaataa < 2:476047‑M1/91‑88 (MQ=255) cTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaataa > 1:3656453‑M1/1‑4 (MQ=255) cTTActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaataa < 1:3751986‑M1/91‑88 (MQ=255) cTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAGCGAAGTTCtt > 1:1862239/1‑91 (MQ=255) cTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAGCGAAGTTCtt < 2:618388/91‑1 (MQ=255) ttActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaataat < 1:3545825‑M1/91‑89 (MQ=255) ttActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaataat > 2:3634257‑M1/1‑3 (MQ=255) tActgctaagtgattaaacttaacaataaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaataatt > 2:2038652‑M1/1‑2 (MQ=255) tATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGtaaggatttatttatcattagtggatgattattaacggaatctcataccaccatctacaataatt < 1:2328207‑M2/91‑66 (MQ=255) | GACTCTGATTACATTACTGGACAAACAATTATTGTAGATGGTGGTATGAGATTCCGTTAATAATCATCCACTAATGATAAATAAATCCTTATTGTTAAGTTTAATCACTTAGCAGTAAGGATTTTTTAGTGCACTTAGAAGGGAGTGTATTGGTAGAAAATTAATAAGCGAAGTTCTTAAG > USA300TCH1516_ALE/147783‑147963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |