| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 260284 = | 171 (0.900) | 10 (0.060) | 9/138 | NT | 6.8% | intergenic (‑398/‑190) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 260324 = | 129 (0.790) | intergenic (‑438/‑150) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase | |||||
TTCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/260384‑260284‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > USA300TCH1516_ALE/260324‑260413 TTCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTC > 1:3249046/1‑91TTCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTC > 1:300217/1‑91 TCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT > 1:3069331/1‑91 CACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTG > 2:2337557/1‑91 CACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTG < 2:221651/91‑1 ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT > 1:1364615/1‑91 CATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTT > 2:1691177/1‑91 CATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTT > 2:178628/1‑91 CATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTT < 2:2166325/91‑1 TAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTAC < 1:3253044/91‑1 TAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTAC < 1:3253033/91‑1 TAAATTACGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTAC < 2:3445925/91‑1 aatTTATGTCCAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGCAACTGTACTAATTTGTGTCACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACA > 2:27996/4‑91 AATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGT > 1:3786139/1‑91 ACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGT > 1:2641614/1‑91 TTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAA > 2:1211823/1‑91 GTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATT > 1:2027527/1‑91 GTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAA > 1:53299/1‑91 TAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAA > 1:1350903/1‑91 AATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAA > 1:286288/1‑91 AATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAA > 1:286276/1‑91 ATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAA > 2:2293970/1‑91 AATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACA > 1:3354074/1‑91 CTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAGAAATCACAACAAACATG > 1:1339694/1‑91 CTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATG < 1:2119209/91‑1 CTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATG < 2:1793486/91‑1 TGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGC > 2:3020740/1‑91 TGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGC > 2:3021231/1‑91 TGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGC > 2:2093339/1‑91 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT < 2:2514024/91‑1 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT < 2:2513633/91‑1 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT < 2:2513616/91‑1 TTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTA > 2:2986197/1‑91 TTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTA < 1:2317538/91‑1 TTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTA > 2:1227279/1‑91 TACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTAC > 2:2056426/1‑91 TACACAAAGTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTAC < 2:995246/91‑1 ACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGTAAAAAATCACAACAAACATGCTACA > 1:3615590/1‑91 ACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACA < 2:2041776/91‑1 ACACAAACTAGTACAGTTTCTATGTTTTGAAATACATTTGATGAAAATTGTACATAAATTATAAGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACA < 2:2041629/91‑1 aAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATG < 2:2214866/90‑1 CAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATG > 1:332677/1‑91 CAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATG > 1:332710/1‑91 CAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATG > 1:1509588/1‑91 AAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATAAATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAAGGA > 1:358935/1‑91 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATGATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC < 2:3189225/91‑1 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > 1:2281316/1‑91 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > 1:314365/1‑91 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC < 2:3062659/91‑1 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC < 1:1281366/91‑1 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > 2:3782178/1‑91 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > 1:314508/1‑91 TTCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/260384‑260284‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > USA300TCH1516_ALE/260324‑260413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |