New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 260284 = | 171 (0.900) | 10 (0.060) | 9/138 | NT | 6.8% | intergenic (‑398/‑190) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 260324 = | 129 (0.790) | intergenic (‑438/‑150) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
TACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGACT > USA300TCH1516_ALE/260234‑260414 | taCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaaa > 2:1194850/1‑91 (MQ=255) taCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTCTTACACaaa > 1:3481415/1‑91 (MQ=255) ccTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAg < 2:2090944/91‑1 (MQ=255) cTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGt < 2:2108384/91‑1 (MQ=255) cTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGt < 2:1370608/91‑1 (MQ=255) aaTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACa > 1:3615864/1‑91 (MQ=255) aaTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACa > 1:1793486/1‑91 (MQ=255) aTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAg > 2:2904087/1‑91 (MQ=255) aTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAg > 2:2297224/1‑91 (MQ=255) tAACTGTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGtt < 2:3579185/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTa > 1:2686063/1‑82 (MQ=255) aaCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGttt < 1:1659659/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGttt > 1:661009/1‑91 (MQ=255) aaCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGttt < 1:399672/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGttt < 1:2278428/91‑1 (MQ=255) aCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTc < 2:2675221/91‑1 (MQ=255) aCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAGTAGTACAGTTTc < 1:2977871/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt < 2:3765380/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt < 2:906058/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt > 1:1054195/1‑91 (MQ=255) ttttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTa < 2:1665496/91‑1 (MQ=255) ttttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTa > 1:1676965/1‑91 (MQ=255) ttttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTa > 1:3208324/1‑91 (MQ=255) tttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTAt > 1:3816921/1‑91 (MQ=255) ttAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATg < 2:3689570/91‑1 (MQ=255) ttaaGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGt < 1:2420419/89‑1 (MQ=255) tAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGt > 2:1037083/1‑91 (MQ=255) tAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGt < 1:700585/91‑1 (MQ=255) aatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatttgtgtaacagtaatatgctaattgcattctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGt > 1:3786139‑M2/73‑91 (MQ=255) aaaGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGtt > 2:1698446/1‑91 (MQ=255) aGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTATAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGtttt < 2:1599941/91‑1 (MQ=255) gCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACCCAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTg > 2:3361139/1‑91 (MQ=255) gCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTg > 1:1578398/1‑91 (MQ=255) cAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGa > 2:72936/1‑91 (MQ=255) aTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGaca < 1:2623207/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGaca < 1:2512981/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGaca < 1:2960424/91‑1 (MQ=255) tGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacat < 2:2248756/91‑1 (MQ=255) tGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacat < 1:2887997/91‑1 (MQ=255) aaaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacataca > 1:891734/1‑91 (MQ=255) aaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacatacat > 1:200256/1‑91 (MQ=255) tAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACAttt > 2:1842131/1‑91 (MQ=255) gTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtga > 1:1300950/1‑91 (MQ=255) gAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatg < 2:455904/91‑1 (MQ=255) gAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatg < 1:717802/91‑1 (MQ=255) aaCATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatga > 2:792299/1‑91 (MQ=255) aaCATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatga > 1:3403811/1‑91 (MQ=255) aCATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGaa > 2:335618/1‑91 (MQ=255) cATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGaaa < 2:2353035/91‑1 (MQ=255) aTTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGaaaa < 2:3208324/91‑1 (MQ=255) actaatttgtgtaacagtaatatgctaattgcattctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt > 1:2641614‑M2/47‑91 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc > 1:1533678/1‑91 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc < 1:452566/91‑1 (MQ=255) tgttgtGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACAt < 1:304133/91‑1 (MQ=255) 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ctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATg < 1:2119209‑M2/80‑1 (MQ=255) tgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGc > 2:3021231‑M2/11‑91 (MQ=255) gttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCt < 2:2513616‑M2/82‑1 (MQ=255) gttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCt < 2:2514024‑M2/82‑1 (MQ=255) ttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTa < 1:2317538‑M2/83‑1 (MQ=255) ttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTa > 2:1227279‑M2/9‑91 (MQ=255) tacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTAc > 2:2056426‑M2/8‑91 (MQ=255) acacaaACTAGTACAGTTTCTATGTTTTGAAATACATTTGATGAAAATTGTACATAAATTATAAGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACa < 2:2041629‑M2/85‑1 (MQ=255) caaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATg > 1:332677‑M2/4‑91 (MQ=255) aaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATg < 2:2214866‑M2/88‑1 (MQ=255) aaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATAAATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAAGGa > 1:358935‑M2/3‑91 (MQ=255) aATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATGATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAc < 2:3189225‑M2/90‑1 (MQ=255) aATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAc > 2:3782178‑M2/2‑91 (MQ=255) aATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAc > 1:314365‑M2/2‑91 (MQ=255) | TACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGACT > USA300TCH1516_ALE/260234‑260414 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |